Présentation Alain Viari (pdf, 8 Mo)

19 Pages·2014·8.05 MB·English

Modèles et Outils BioInformatiques
pour la Biologie et la Santé
@ INRIA
Rencontre Inria Industrie
Lyon – 11 Février 2014
Alain Viari
1
INRIA & le domaine bioinformatique
1 Institut de recherche en sciences
du numérique
•  Sciences informatiques et mathématiques
DEVELOPPEMENT
RECHERCHE
TECHNOLOGIQUE
ENSEIGNEMENT
ET
EXPERIMENTATION ET TRANSFERT
FORMATION ET
INNOVATION
Un établissement public à caractère scientifique et technologique
sous la double tutelle du ministère de la Recherche
et du ministère de l’Industrie
3
8 Centres de recherche INRIA
Inria LILLE
Nord Europe
Inria PARIS -
Rocquencourt
Inria NANCY
Grand Est
Inria SACLAY
Île-de-France
Inria RENNES
Bretagne
Atlantique
Inria GRENOBLE
Rhône-Alpes
Inria BORDEAUX
Sud-Ouest
Inria SOPHIA ANTIPOLIS
Méditerranée
~ 170 équipes-projets / ~ 140 en partenariat (Universités, CNRS, )
INRA, INSERM, ...
4
5 domaines de recherche
1
Mathématiques appliquées,
Calcul et Simulation
2
Algorithmique, Programmation,
Logiciels et Architectures
3
Réseaux, Systèmes et Services,
Calcul distribué
4
Perception, Cognition, Interaction
5 Santé, Biologie et Planète
numériques
5
5 domaines de recherche
1
Mathématiques appliquées, MC2, NanoD,
Calcul et Simulation Popix
2 Contraintes
Algorithmique, Programmation,
Logiciels et Architectures
3
Réseaux, Systèmes et Services,
Avalon
Calcul distribué
Orpailleur, Zenith
4
Perception, Cognition, Interaction
Amib, Bamboo, Bang, Beagle,
5 Santé, Biologie et Planète
Bonsai, Dracula, Dyliss, Ibis,
numériques
GenScale,
6
Actions transversales et de développement
INRIA Project-Labs

Regate (2009-2013) : modélisation en physiologie
Colage(2009-2013) : biologie synthétique
Monica (2014) modélisation cancérologie

Algae In Silico (2014) bioproduction par microalgues
IHUs : Strasbourg (Mix-surg), Bordeaux (Lyric), Paris (ICM)
Actions de Développement Technologique

Open Alea modélisation de l’architecture et la croissance
des plantes (avec Inra & Cirad)

InAlgae contrôle de bioréacteur ouvert (avec Inra)

Monolix modélisation en pharmacocinétique/dynamique
7
2
Démonstrations
Données Moléculaires
Structures 3D
DiMoVo
Discrimination entre “vrais” complexes biologiques
et simples contacts cristallographiques
Amib (Saclay)
Hex – KPax – KbDock Rigide Flexible
Docking rapide protéine-protéine
criblage de banques structurales
Orpailleur (Nancy)
Norine
Peptides non-ribosomiques; BD et outils de criblage
Bonsai (Lille)
Samson
CAO moléculaire – dynamique moléculaire adaptative
NanoD (Grenoble)
Données Moléculaires
NGS – Génomique - Transcriptomique
Crac, SortMeRNA
Structure d’indexation de séquences pour le NGS;
Criblage ARNr en métagénomique
Bonsai (Lille)
ViDJil
Détection et quantification par NGS
de recombinants lymphocytaires
Bonsai (Lille)
KisSplice
Assembleur RNAseq sans génome de référence
Bamboo (Grenoble)
Génomique comparative
Klast
Criblage de banques – haute performance
Genscale (Rennes)
Magus
Plateforme d’annotation et d’analyse
comparative de génomes
Magnome (Bordeaux)