Pourquoi apprendre le langage R

302 Pages·2016·4.36 MB·French

Pourquoi apprendre le langage R ?
Démonstration d'une infime partie des possibilités
G. San Martin
[email protected]
Centre Wallon de Recherche Agronomique
DDDDoooommmmaaaaiiiinnnneeee dddd''''uuuuttttiiiilllliiiissssaaaattttiiiioooonnnn
+
Analyses statistiques
Langage de script
"classique"
Graphiques
Reporting
Manipulation de données
Etc...
2
RRRR ppppoooouuuurrrr mmmmaaaannnniiiippppuuuulllleeeerrrr ddddeeeessss ddddoooonnnnnnnnééééeeeessss
Quelques exemples
Opérations possibles sur un jeu de données
biogéographique classique : espèce, localisation, date,
plante hôte, ...
Sélection de colonnes et de lignes

Agrégation de données, tableaux croisés
(nombre d'espèces par carré UTM, table plantes x espèces)
Fusion de tables et vectorisation de calculs
(calcul indices Ellenberg)
Application d'une série d'opérations à un sous ensemble de données
(liste des 10 espèces de plantes les plus fréquentées pour chaque insecte)
Boucles et ré-échantillonnage
(nombre de plantes dans un sous-échantillon aléatoire)
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Exemples en « live »
4
RRRR ppppoooouuuurrrr ffffaaaaiiiirrrreeee ddddeeeessss AAAAnnnnaaaallllyyyysssseeeessss SSSSttttaaaattttiiiissssttttiiiiqqqquuuueeeessss
Pratiquement toutes les méthodes existantes
sont disponibles et en particulier les plus récentes
>7000 “packages” sur le CRAN
http://cran.r-project.org/
“Task views”
http://cran.r-project.org/web/views/
Exceptions :
Certains programmes spécialisés plus avancés
(Structural Equation Modelling, ENFA,...)
Souvent, logiciels commandés depuis R
Pex : BUGS familly : WinBugs, OpenBugs, Jags
Certaines méthodes évitées par choix
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RRRR ppppoooouuuurrrr ffffaaaaiiiirrrreeee ddddeeeessss AAAAnnnnaaaallllyyyysssseeeessss SSSSttttaaaattttiiiissssttttiiiiqqqquuuueeeessss
L'analyse de données peut-être vue au sens très large...
Exemple :
Analyse de signaux acoustiques de chauves-souris
Package seewave
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Exemples en « live »
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RRRR ppppoooouuuurrrr ffffaaaaiiiirrrreeee ddddeeeessss GGGGrrrraaaapppphhhhiiiiqqqquuuueeeessss
Différents systèmes graphiques :
Base
Lattice, ggplot2 (Grid)
RGL, opengl : 3D, manipulables
Tout se règle en ligne de commande !
Possibilité d'exporter en vectoriel et d'éditer dans un
logiciel adapté (pex Inkscape)
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Exemples en « live »
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RRRR ccccoooommmmmmmmeeee llllaaaannnnggggaaaaggggeeee ddddeeee ssssccccrrrriiiipppptttt
Script :
Succession de commandes que l'on « demande » à
l'ordinateur d'effectuer
(sans compilation)
Possibilité de commander d'autres logiciels
Répétition des mêmes tâches
(boucles, fonctions,etc...)
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