Jason Bourne neemt een missie aan om zijn enige vriend in de CIA te redden. Martin Lindros verdween in Afrika, terwijl hij zendingen uraniumerts volgde. Bourne weet Lindros terug te halen en laat zich overreden om met hem het geldspoor te volgen van de terroristen die nucleair materiaal kochten.
Het spoor leidt naar Odessa, maar zodra ze daar zijn wordt Bourne gehinderd door verwarrende flashbacks van onbekende plaatsen en gebeurtenissen. Is hij het slachtoffer van brainwashing? En is de man die hij gered heeft wel de echte Martin Lindros?