Virologický ústav SAV Správa o činnosti Virologického ústavu SAV za rok 2004

114 Pages·2007·0.93 MB·English

Virologický ústav SAV

Správa o činnosti Virologického ústavu SAV
za rok 2004

Bratislava
Január 2005

1
Obsah osnovy Správy o činnosti VÚ SAV za rok 2004

I. Základné údaje o organizácii
II. Vedecká činnosť
III. Vedecká výchova a pedagogická činnosť
IV. Medzinárodná vedecká spolupráca
V. Spolupráca s vysokými školami, inými domácimi výskumnými inštitúciami a s
hospodárskou sférou pri riešení výskumných úloh
VI. Aktivity pre Národnú radu SR, vládu SR, ústredné orgány štátnej správy SR a iné
subjekty
VII. Aktivity v orgánoch SAV
VIII. Vedecko-organizačné a popularizačné aktivity; ceny a vyznamenania
IX. Činnosť knižnično-informačného pracoviska
X. Hospodárenie organizácie
XI. Nadácie a fondy pri organizácii
XII. Iné významné činnosti
XIII. Vyznamenania, ocenenia a ceny udelené pracovníkom organizácie v roku 2004
(mimo SAV)
XIV. Poskytovanie informácií v súlade so zákonom o slobode informácií
XV. Problémy a podnety pre činnosť SAV

PRÍLOHY
1. Menný zoznam zamestnancov k 31. 12. 2004
2. Projekty riešené na pracovisku
3. Vedecký výstup - bibliografické údaje výstupov
4. Údaje o pedagogickej činnosti organizácie
5. Údaje o medzinárodnej vedeckej spolupráci

2
I. Základné údaje o VÚ SAV
1. Kontaktné údaje:

Názov: Virologický ústav SAV
Riaditeľ: doc.RNDr.Jaromír Pastorek,DrSc.
Zástupca riaditeľa: MVDr.Juraj Kopáček,CSc.
Vedecký tajomník: RNDr.František Kostolanský,CSc.
Predseda vedeckej rady: RNDr.Marcela Kúdelová,CSc.
Adresa sídla: Dúbravská cesta č.9, 845 05 Bratislava

Názvy a adresy detašovaných pracovísk: VÚ SAV nemé žiadne detašované
pracoviská
Vedúci detašovaných pracovísk: žiadni

Typ organizácie: Virologický ústav SAV je od svojho vzniku v roku 1953 rozpočtovou
organizáciou

2. Počet a štruktúra zamestnancov
ŠTRUKTÚRA K K F P
ZAMESTNANCOV do 35 ved.
K
rokov prac.
M Ž M Ž
Celkový počet 131 12 47 18 22 123 120
zamestnancov
Vedeckí pracovníci 40 3 6 18 22 37 36
Odborní pracovníci VŠ 30 4 17 27 26
Odborní pracovníci ÚS 31 2 6 31 30
Ostatní pracovníci 13 1 3 13 12
Doktorandi v dennej forme 17 2 15 15 15
doktorandského štúdia

Priemerný vek všetkých kmeňových zamestnancov k 31.12. 2004: 43
Priemerný vek kmeňových vedeckých pracovníkov k 31.12.2004: 46

V Prílohe č. 1 je uvedený menný zoznam pracovníkov k 31.12.2004 s vyznačením úväzku a
riešiteľskej kapacity.

3
3. Štruktúra vedeckých pracovníkov (kmeňový stav k 3l.l2.2004)

Pracovníci s hodnosťou Vedeckí pracovníci v
stupňoch

DrSc. CSc.,PhD. prof. doc. I. IIa. IIb.
8 33 0 3 7 24 -

4. Iné dôležité informácie k základným údajom o organizácii a zmeny za posledné
obdobie (v zameraní, v organizačnej štruktúre a pod.)

V sledovanom období roka 2004 nedošlo vo VÚ SAV Bratislava oproti predošlému
hodnotenému obdobiu k žiadnym zmenám v organizačnej štruktúre ústavu a ani v zameraní
pracoviska.

Po poslednej zmene v roku 2002 zostáva organizačné členenie ústavu nasledovné:

vedecká oblasť:
• vedecké projekty

nevedecké organizačné jednotky:
• právno-organizačný úsek
• ekonomický úsek
• technický úsek

4
II. Vedecká činnosť

1. Domáce projekty ;
ŠTRUKÚRA PROJEKTOV Počet Pridelené financie na r. 2004
1. Vedecké projekty VEGA, na
ktoré bol v r. 2004 udelený
19 2.137.000,- Sk
grant
2. Projekty APVT, na ktoré bol 5 4.555.000,- Sk
v roku 2004 udelený grant
3. Vedecko-technické
projekty, na ktoré bol v r. 2004
1 400.000,- Sk
udelený grant
4. Projekty riešené v rámci 4 29.488.000,- Sk
ŠPVV a ŠO
5. Projekty riešené v centrách 1 500.000,- Sk
excelentnosti SAV
6. Iné projekty (ústavné, na 4 1.060.000,- Sk
objednávku rezortov a pod.)

Bližšie vysvetlenie je v Prílohe č. 2

2. Najvýznamnejšie výsledky vedeckej práce:
a) základného výskumu

Názov projektu:
Molekulová charakterizácia genómu nedávno objavených, z epidemiologického hľadiska
významných foriem vírusu šarky slivky – príspevok k osvetleniu evolúcie potyvírusov
(Molecular chcaracterization of recently discovered epidemiologically important forms of
Plum pox virus – a contribution to the clearing the potyvirus evolution)
Vedúci projektu: RNDr. Zdeno Šubr, CSc.
Doba riešenia: 01/2003 – 12/2005
Evidenčné číslo: 2/3017/23

Názov projektu:
Funkčná analýza génov kódujúcich neštruktúrne proteíny rastlinných vírusov rodu Potyvirus
a stanovenie ich molekulárnej variability
(Functional analysis of genes coding for potyviral nonstructural proteins and determination of
their molecular variability)
Vedúci projektu: Ing. Miroslav Glasa, PhD.
Doba riešenia: 09/2002 – 09/2005
Evidenčné číslo: APVT-51-011802

Dosiahnuté výsledky vyššie uvedených projektov:
Vírus šarky slivky (PPV, rod Potyvirus) patrí k najvýznamnejším vírusovým patogénom
ovocných drevín z rodu Prunus a hospodársky poškodzuje celosvetovú ovocinársku
produkciu. Donedávna boli rozpoznané dve hlavné kmene izolátov vírusu šarky - PPV-M a
PPV-D. Použitím vylepšených metód kmeňovej typizácie sme identifikovali skupinu izolátov,
5
ktoré vznikli jedinečnou homológnou rekombináciou medzi PPV-M a PPV-D (rekombinačný
bod bol lokalizovaný v 3´terminálnej oblasti NIb génu). Hoci sa rekombinácia vo
všeobecnosti pokladá za dôležitý zdroj variability RNA vírusov a účinný nástroj pre korekciu
RNA vírusových genómov, zmienky o prirodzených rekombinantných izolátoch medzi
rastlinnými vírusmi sú stále zriedkavé. Našimi experimentami sme dokázali, že
rekombinantné izoláty vírusu šarky slivky tvoria evolučne úspešnú a fylogeneticky
homogénnu skupinu izolátov so spoločným pôvodom, širokým geografickým zastúpením a
časovou genetickou stabilitou. Zároveň sme zostavili možný epidemiologický scenár ich
rozšírenia v strednej a východnej Európe. Dosiahnuté výsledky viedli k vytvoreniu a
medzinárodnej akceptácii novej PPV podskupiny (PPV-Rec). Určila sa kompletná sekvencia
genómu reprezentatívneho rekombinantného izolátu vírusu šarky slivky (PPV BOR-3). Na
základe dodatočnej komparatívnej analýzy sme zistili, že konvenčné PPV kmene (M, D, Rec)
zdieľajú spoločnú, ancestrálne rekombinovanú 5´ terminálnu oblasť. V rozpore s doterajšími
názormi preto naše výsledky potvrdzujú, že RNA-RNA rekombinácia hrala dôležitú úlohu v
evolučnej histórii vírusu šarky slivky.

Plum pox virus (PPV, Potyvirus genus), the agent responsible for the Sharka disease, is the
most important viral pathogen of Prunus trees and poses a serious threat to stone fruit
cultivation worldwide. Until recently, two main strains of PPV isolates have been recognized,
PPV-M and PPV-D. Through the use of improved strain-typing methods we have identified a
group of isolates derived from a single homologous recombination event between PPV-M
and PPV-D (cross-over in the 3´terminal part of the NIb gene). Although the recombination is
generally thought to be an important source of variability and an efficient tool to repair viral
RNA genomes, reports on natural recombinant isolates within plant viruses are still limited.
Our experiments evidenced that recombinant PPV isolates represent an evolutionarily
successful and phylogenetically homogeneous group of isolates with a common history, wide
geographical distribution and temporal genetic stability. We provided for the first time a
possible epidemiological scenario for their dispersion throughout central and eastern Europe.
The name PPV-Rec was internationally accepted for this coherent ensemble of isolates. The
complete genome sequence of a representative recombinant isolate (PPV BOR-3) was
determined. In addition, comparative sequence analysis demonstrated, that common PPV
strains (M, D, Rec) share an ancestrally recombined 5' part of their genome. Our results thus
confirme that, contrary to which was assumed, RNA-RNA recombination has played a
significant role in the evolutionary history of Plum pox virus.
Publikácie:
Glasa M, Palkovics L, Komínek P, Labonne G, Pittnerová S, Kúdela O, Candresse T, Šubr Z
(2004): Geographically and temporally distant natural recombinant isolates of Plum pox virus
(PPV) are genetically very similar and form a unique PPV subgroup. Journal of General
Virology 85 (2004) 2671-2681

b) aplikačného typu (uviesť používateľa)

Projekt zameraný na spoluprácu s podnikateľským subjektom

Názov projektu:
Diagnostika infekcií rickettsiového a chlamýdiového pôvodu. Výskum, vývoj a štandardizácia
kontrolných antigénov a sér pre diagnostické kity
(Diagnosis of infections of rickettsial and chlamydial origin. Research, development and
standardization of control antigens and sera for diagnostic kits)

Zmluva o podmienkach poskytnutia účelových prostriedkov - grantu na riešenie vedeckého
projektu uzatvorená medzi Virologickým ústavom SAV a poskytovateľskou organizáciou Ing.
Miloslav Mikula – Dolfin, Vavilovova 5, 851 05 Bratislava, IČO 11910275 dňa16.2.2004.
6
Vedúci projektu: Ing. Rudolf Toman, DrSc.
Doba riešenia: 02/2004 -12/2006
Spoluriešiteľská inštitúcia: Ing. Miloslav Mikula – Dolfin,s.r.o., Vavilovova 5, 851 05
Bratislava, IČO 11910275.
Dosiahnuté výsledky:
Q horúčka, najčastejšie sa vyskytujúce ochorenie rickettsiového pôvodu, prebieha hlavne
ako chrípke podobné ochorenie, alebo atypická pneumónia, často s postihnutím pečene.
Najvážnejšiou komplikáciou môže byť endokarditída, zvyčajne s fatálnym následkom.
Chlamýdiové infekcie spôsobujú široké spektrum akútnych a chronických ochorení u ľudí a
zvierat. Napr. Chlamydia trachomatis serovary A, B, Ba a C spôsobujú endemický trachom.
Serovary D-K sú príčinou sexuálne prenosných infekcií u ľudí a v súčasnosti spôsobujú v
priemyselne vyspelých krajinách najčastejšie diagnostikované sexuálne prenosné ochorenia.
V rámci našich štúdií zameraných na objasnenie mechanizmov patogenézy a imunity pri
týchto ochoreniach sme vypracovali originálne metódy diagnostiky rickettsiových a
chlamýdiových nákaz, ktoré sa uplatnili v celosvetovom merítku. Ich základom je vývoj a
príprava unikátnych antigénových preparátov. Najmä v oblasti diagnostiky Q horúčky je k
dispozícii celá paleta preparátov umožňujúca širokú škálu sérologických vyšetrení na
špičkovej úrovni, ktorú však vzhľadom na celosvetové trendy treba neustále dopĺnať a
vylepšovať. Cieľom projektu je výskum, vývoj a príprava nových diagnostických prípravkov
pre diagnostiku infekcií rickettsiového a chlamýdiového pôvodu. Konkrétnou úlohou v prvej
etape je vývoj, príprava a štandardizácia kontrolných antigénov a sér pre mikroaglutinačnú
reakciu, reakciu väzby komplementu a ELISA.

Q fever, a most common disease of rickettsial origin, appears as a flue-like illness or atypical
pneumonia, or less frequently as granulomatous hepatitis. Persistent infections may be
associated with endocarditis. Chlamydial infections cause a wide spectrum of acute and
chronic diseases in humans and animals. For example, Chlamydia trachomatis serovars A,
B, Ba and C cause endemic trachoma. Serovars D-K cause sexually trasmitted diseases in
men and women and are at present the most frequently diagnosed sexually transmitted
infections in the industrial countries.
In the framework of our studies aimed at elucidation of mechanisms of pathogenesis and
immunity of these diseases we have developed original methods for diagnosing rickettsial
and chlamydial infections that had been accepted worldwide. They are based on R&D of
original antigen preparations. Mainly in the field of Q fever diagnosis, a whole set of
preparations is available that enables a top level diagnosis of the disease. A rapid
development in the field requires a constant improvement and preparation of new
diagnostics. A major goal of the project is R&D of new preparations for diagnosing rickettsial
and chlamydial infections. In the first period, emphasis will be laid on R&D and
standardization of both control antigens and sera for microagglutination and complement
fixation reactions, and for ELISA.

c) medzinárodných vedeckých projektov (uviesť zahraničného partnera alebo
medzinárodný program)

Projekt MVTS na podporu Integrovaného projektu 6. Rámcového programu EU

Názov projektu 6FP:
Vývoj nových protinádorových terapeutických stratégií pomocou cieleného zásahu molekulo-
vých dráh regulovanych kyslíkom. Biológia, prístrojové vybavenie, potenciálne liečivá
(Targeting newly discovered oxygen-sensing cascades for novel cancer treatments. Biology,
equipment, drug candidates)
Akronym: EUROXY
7
Zodpovedný riešiteľ z VÚ SAV: RNDr. Silvia Pastoreková, DrSc.
Doba riešenia: 02/2004-01/2009
Evidenčné číslo: LSHC-CT-2003-502932
Dosiahnuté výsledky:
Kyslé extracelulárne pH (pHe) je typickou vlastnosťou nádorového mikroprostredia, ktorá má
vplyv na rozvoj nádorového ochorenia a výsledky protinádorovej liečby. Doposiaľ sa verilo,
že kyslé pHe je dôsledkom akumulácie kyseliny mliečnej nadmerne produkovanej
v nádorových bunkách glykolýzou najmä počas hypoxie. Avšak metabolické profily nádorov
s poruchou glykolýzy ukázali, že ďalším dôležitým zdrojom acidózy je CO a naznačili možnú
2
účasť karbonickej anhydrázy (CA), ktorá katalyzuje premenu CO na bikarbonát a protón.
2
Nádorovo-asociovaná izoforma CA IX je najlepším kandidátom na túto funkciu, pretože má
vysoko aktívnu extracelulárnu katalytickú oblasť, jej expresia je indukovaná hypoxiou
a výskyt v nádoroch koreluje so zlou prognózou. V tejto práci sme podali prvý priamy dôkaz
o úlohe CA IX v kontrole pHe. Ukázali sme, že CA IX okysľuje kultivačné médium v hypoxii,
ale nie v normoxii. Táto acidifikácia môže byť narušená deléciou aktívneho miesta enzýmu
CA IX a inhibovaná selektívnymi sulfónamidmi, ktoré sa viažu iba na hypoxické bunky
obsahujúce CA IX. Naše nálezy podporujú názor, že hypoxia reguluje nielen hladinu, ale aj
aktivitu CA IX. Tým sa zvyšuje extracelulárna acidóza, čo môže mať významný dopad na
nádorovú progresiu.

Acidic extracellular pH (pHe) is a typical attribute of a tumor microenviroment, which has an
impact on cancer development and treatment outcome. It was believed to result from an
accumulation of lactic acid excessively produced by glycolysis especially under hypoxia.
However, metabolic profiles of glycolysis-impaired tumors have revealed that CO is a
2
significant source of acidity, thereby indicating a contribution of carbonic anhydrase (CA),
which catalyzes conversion of CO to bicarbonate and proton. The tumor-associated CA IX
2
isoform is the best candidate, because its extracellular enzyme domain is highly active,
expression is induced by hypoxia and correlates with poor prognosis. This study provides the
first direct evidence for the role of CA IX in the control of pHe. We show that CA IX can
acidify the pH of the culture medium in hypoxia but not in normoxia. This acidification can be
perturbed by deletion of the enzyme active site and inhibited by CA IX-selective
sulfonamides, which
bind only to hypoxic cells containing CA IX. Our findings suggest that hypoxia regulates both
expression and activity of CA IX in order to enhance the extracellular acidification, which may
have important implications for tumor progression.
Publikácie:
Švastová E, Hulíková A, Rafajová M, Zaťovičová M, Gibadulinová A, Casini A, Cecchi A,
Scozzafava A, Supuran CT, Pastorek J, Pastoreková S (2004). Hypoxia activates the
capacity of tumor-associated carbonic anhydrase IX to acidify extracellular pH. FEBS Letters,
577 (2004) 439-445.

Výber najvýznamnejších výsledkov urobený v súčinnosti s vedeckou radou ústavu.

8
3. Vedecký výstup (Knižné publikácie sú uvedené v Prílohe č. 3)

PUBLIKAČNÁ*, PREDNÁŠKOVÁ A EDIČNÁ ČINNOSŤ Počet v r. 2004 a
doplnky z r. 2003
1. Vedecké monografie vydané doma 2
2. Vedecké monografie vydané v zahraničí 0
3. Knižné odborné publikácie vydané doma 0
4. Knižné odborné publikácie vydané v zahraničí
0
5. Knižné popularizačné publikácie vydané doma 0
6. Knižné popularizačné publikácie vydané v zahraničí 0
7. Kapitoly v publikáciách ad 1/ 3
8. Kapitoly v publikáciách ad 2/ 3
9. Kapitoly v publikáciách ad 3/ 0
10. Kapitoly v publikáciách ad 4/ 0
11. Kapitoly v publikáciách ad 5/ 0
12. Kapitoly v publikáciách ad 6/ 0
13. Vedecké práce v časopisoch evidovaných v Current 32
Contents
14. Vedecké práce v ostatných časopisoch
8
15. Vedecké práce v zborníkoch
15a/ recenzovaných 3
15b/ nerecenzovaných 0
16. Recenzie vedeckých prác vo vedeckých časopisoch 56
17. Prednášky a vývesky na vedeckých podujatiach s min. 30% 67
zahraničnou účasťou
18. Ostatné prednášky a vývesky 1
19. Vydávané periodiká evidované v Current Contents 1
20. Ostatné vydávané periodiká 0
21. Vydané alebo editované zborníky z vedeckých podujatí 0
22. Vysokoškolské učebné texty 0
23. Vedecké práce uverejnené na internete 0
24. Preklady vedeckých a odborných textov 0

* Žiadna publikácia nie je aj na elektronickom nosiči alebo iba na elektronickom nosiči

9
4. Vedecké recenzie, oponentúry

Vyžiadané recenzie rukopisov monografií a vedeckých prác v Počet v r. 2004 a
zahraničných časopisoch, príspevkov na konferencie doplnok z r. 2003
s medzinárodnou účasťou, oponovanie grantových projektov
107

5. Citácie

Počet v r. 2003
CITÁCIE
a doplnok za r. 2002
Citácie vo WOS 661
Citácie podľa iných indexov a báz s uvedením 9
prameňa
Citácie v monografiách, učebniciach a iných 0
knižných publikáciách

6. Patentová a licenčná činnosť
a) Vynálezy, na ktoré bol udelený patent v roku 2004
• na Slovensku : žiadne
• v zahraničí : žiadne
b) Vynálezy prihlásené v roku 2004
• na Slovensku: žiadne
• v zahraničí:

Krajina: USA
PCT International Application
Referencia: MST-2390 PCT
Názov: MN/CA IX AND CANCER PROGNOSIS (MN/CA IX a prognóza rakoviny)
Prihlasovateľ: Bayer Healthcare, Institute of Virology
Autori-pôvodcovia: Ebert M, Rocken C, Pastorekova S, Zavada J, Pastorek J
c) Predané licencie
• na Slovensku: žiadne
• v zahraničí: žiadne

7. Komentáre k vedeckému výstupu a iné dôležité informácie k vedeckým
aktivitám pracoviska:

V roku 2004 sme udržiavali relatívne dobrú publikačnú aktivitu, hlavne kvalitu časopisov
v ktorých publikovali pracovníci ústavu. Potešiteľná je aj skutočnosť, že si aj naďalej
udržiavame vysokú aktivitu v získavaní vedeckých projektov. Tieto aktivity sú hlavne
zamerané na projekty VEGA, APVT, Štátne programy výskumu a vývoja, Centrum
1 0