Valeur informative d'indicateurs ante et post-mortem pour la détection des dangers biologiques

300 Pages·2017·2.94 MB·French

by  Julien Fosse

Valeur informative d’indicateurs ante et post-mortem
pour la détection des dangers biologiques pour le
consommateur de viande porcine
Julien Fosse
To cite this version:
Julien Fosse. Valeur informative d’indicateurs ante et post-mortem pour la détection des dangers
biologiques pour le consommateur de viande porcine. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes
1, 2008. Français. ￿NNT: ￿. ￿tel-00437076v2￿
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N° ORDRE : 3783

THESE

présentée

DEVANT L'UNIVERSITE DE RENNES 1

pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE DE RENNES 1
Mention : BIOLOGIE

PAR

Julien FOSSE

Equipes d'accueil : UMR Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM 1014)
UMR Bio-agression, Epidémiologie et Analyse de Risques (BIOEPAR 1300)
Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes - INRA
Encadrement : Madame Catherine Magras, Maître de conférences
Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes - UMR SECALIM 1014
Ecole doctorale : Vie-Agro-Santé
Composante universitaire : Sciences de la Vie et de l'Environnement

VALEUR INFORMATIVE D'INDICATEURS
ANTE ET POST MORTEM POUR LA DETECTION
DES DANGERS BIOLOGIQUES POUR LE
CONSOMMATEUR DE VIANDE PORCINE

SOUTENUE LE 1er DECEMBRE 2008 DEVANT LA COMMISSION D'EXAMEN

COMPOSITION DU JURY :

Rapporteurs : Madame Christine Vernozy-Rozand, Professeur
Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon, URSP Microbiologie Alimentaire et Prévisionnelle

Monsieur Francis Mégraud, Professeur
Université Victor Segalen Bordeaux 2, UFR Sciences Médicales 3 - INSERM, U 853

Examinateurs : Madame Gwennola Ermel, Professeur
Université de Rennes 1, UFR Sciences de la Vie et de l'Environnement - CNRS, UMR 6026 ICM

Madame Régine Talon, Directrice de recherches
INRA, Centre de Clermont-Theix, UR 370 Microbiologie

Monsieur François Madec, Ingénieur de recherches
AFSSA, Laboratoire de Ploufragan,UR EBEP

Directeur de thèse : Monsieur Henri Seegers, Professeur
Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes - INRA, UMR 1300 BIOEPAR
J. Fosse - Valeur informative d'indicateurs ante et post mortem pour la détection des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine.

Remerciements

A Madame Christine VERNOZY-ROZAND
Professeur de l'Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon
Directrice de l’URSP Microbiologie Alimentaire et Prévisionnelle

A Monsieur Francis MEGRAUD,
Professeur de l'Université Victor Segalen Bordeaux 2, UFR Sciences Médicales 3
Directeur de l’Unité INSERM 853 Infections à Helicobacter, Inflammation et Cancer
Pour avoir accepté d'être rapporteurs de cette thèse,
Nous leur exprimons notre profonde gratitude.

A Madame Gwennola ERMEL
Professeur de l'Université de Rennes 1, UFR Sciences de la Vie et de l'Environnement
UMR CNRS-Université de Rennes 6026 Interactions cellulaires et moléculaires

A Madame Régine TALON
Directrice de recherches de l’Institut National de Recherche Agronomique
Directrice de l’Unité de Recherches 370 Microbiologie, centre de Clermont-Theix

A Monsieur François MADEC
Ingénieur de recherches de l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments
Responsable de l’Unité de Recherches Epidémiologie et Bien-Etre du Porc, laboratoire de Ploufragan

Pour avoir accepté de participer à ce jury de thèse en tant qu'examinateurs,
Nous leur exprimons nos remerciements les plus sincères.

A Monsieur Henri SEEGERS,
Professeur de l'Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes
Directeur de l’UMR INRA-ENVN 1300 Bio-Agression, Epidémiologie et Analyse des Risques
Pour avoir accepté de diriger cette thèse,
Pour les conseils prodigués durant sa réalisation.

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Ce travail n'aurait pu être réalisé sans le soutien financier du Ministère de l'Agriculture et de la Pêche
et l'appui des éleveurs et des abatteurs qui nous ont ouvert leurs portes. Nous leur exprimons ici notre
profonde gratitude.

Cette thèse a été menée à l'Ecole nationale vétérinaire de Nantes, au sein de l'UMR ENVN-INRA-
Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM), en collaboration avec l'UMR ENVN-INRA
Bio-Agression, Epidémiologie et Analyses des Risques (BIOEPAR).

Nous tenons plus particulièrement à présenter nos remerciements à :

Madame Catherine MAGRAS
UMR ENVN-INRA Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM)
Pour avoir encadré ce travail au quotidien,
Pour son investissement personnel, déterminant quant au règlement des difficultés rencontrées,
Pour son attachement à voir développée une recherche finalisée interdisciplinaire de qualité.

Monsieur Albert ROSSERO
UMR ENVN-INRA Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM)
Pour sa disponibilité constante et son appui à la résolution des problèmes techniques,
Pour nous avoir apporté son aide lors de la campagne de prélèvements
Pour son appui à la réalisation des analyses de biologie moléculaire et de bactériologie.

Monsieur Michel LAROCHE
UMR ENVN-INRA Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM)
Pour l'aide apportée à la campagne de prélèvements et à la réalisation des analyses,
Pour nous avoir apporté ses conseils et son expertise en biostatistique.

Monsieur Nicolas OUDOT
Unité d'Hygiène et Qualité des Aliments, ENVN
Pour l'appui apporté à la campagne de prélèvements et d'analyses,
Pour son sens de l' organisation,
Pour son humilité, une qualité en voie de disparition.

Madame Pascale GILLI-DUNOYER
Ministère de l'Agriculture et de la Pêche, Direction générale de l'Alimentation
Pour avoir soutenu ce projet lors de sa conception en 2004,
Pour nous avoir permis d'obtenir les financements publics indispensables à l'aboutissement de ce travail.

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J. Fosse - Valeur informative d'indicateurs ante et post mortem pour la détection des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine.
Madame Janine FORESTI
Unité d'Hygiène et Qualité des Aliments, ENVN
Pour l'aide apportée au règlement des difficultés logistiques et administratives,
Pour l'élégance de ses silences.

Mademoseille Nabila HADDAD
UMR ENVN-INRA Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM)
Pour l'appui technique apporté à la campagne de prélèvements,
Pour son énergie et ses qualités humaines.

Madame Françoise ARMAND
UMR INRA-ENVN Bio-Agression, Epidémiologie et Analyses des Risques (BIOEPAR)
Pour nous avoir apporté son aide lors de la campagne de prélèvements en abattoir,
Pour l'appui technique aux analyses bactériologiques et de biologie moléculaire.

Monsieur Jean-Yves AUDIART
UMR INRA-ENVN Bio-Agression, Epidémiologie et Analyses des Risques (BIOEPAR)
Pour nous avoir apporté son aide lors de la campagne de prélèvements en élevage et à l'abattoir.

Monsieur Geoffrey TRASSART
Unité d'Hygiène et Qualité des Aliments, ENVN
Pour nous avoir apporté son aide lors de la campagne de prélèvements en élevage et à l'abattoir.

Madame Florence JUGIAU et Madame Florence RAMA
Unité d'Hygiène et Qualité des Aliments, ENVN
Pour l'appui technique à la préparation des milieux de culture.

Cette thèse a également bénéficié de collaborations avec différents laboratoires. Nous souhaitons ainsi
remercier :

Monsieur Thierry VALLEE
Institut Départemental d'Analyse et de Conseil (IDAC)
Pour sa disponibilité et son investissement personnel.

Monsieur Alexandre LECLERCQ
Centre National de Référence des Listeria - Institut Pasteur, Paris
Pour les conseils relatifs à l'identification des Yersinia et Listeria.

Madame Elisabeth CARNIEL
Centre National de Référence de la Peste et autres Yersinioses - Institut Pasteur, Paris
Pour l'aide apportée au typage des souches de Yersinia enterocolitica.
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Nous souhaitons également remercier les membres de notre comité de thèse et l'ensemble des
chercheurs qui ont accepté de contribuer à nos réflexions :

Madame Anne GALLAY
Institut de Veille Sanitaire, Département des Maladies Infectieuses

Monsieur Gilles SALVAT
AFSSA-Ploufragan, Laboratoire d'études et de recherche avicoles, porcines et piscicoles

Monsieur Alain CHARON
Ministère de l'Agriculture, Conseil général de l'Agriculture, de l'Alimentation et des Espaces Ruraux

Madame Nathalie BAREILLE, Madame Catherine BELLOC,
Monsieur François BEAUDEAU, Monsieur Xavier MALHER
UMR INRA-ENVN Bio-Agression, Epidémiologie et Analyses des Risques (BIOEPAR)

Enfin, nous tenons à remercier l'ensemble des doctorants et des stagiaires qui ont accompagné notre
parcours :

Madame Roxana GORGIU, Madame Noura ELMNASSER, Mademoiselle Amélie GARENAUX,
Mademoiselle Sheiam SULAEMAN, Mademoiselle Gaëlle MAILLART,Mademoiselle Clémence
BIECHE, Monsieur Mathieu BERGE, Monsieur Antoine NOURY, Monsieur Guillaume LE BIHAN
Nous leur souhaitons de voir aboutir leurs projets professionnels,
Merci d'avoir fait le choix, exigeant et difficile, de la recherche.

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J. Fosse - Valeur informative d'indicateurs ante et post mortem pour la détection des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine.

A Emilie
Parce que l'avenir continue d'avoir sens,
Parce que tu étais présente quand personne n'était là,
Sans toi, ce travail n'aurait pas été mené à son terme.

A Rosa
Parce que je n'ai peut-être pas été un papa suffisamment présent,
Pour tout ce qu'il nous reste à construire.

A mes parents

A mon frère
A ses enfants

A ma famille

A la mémoire de mes grands-pères
Dont je n'oublie ni les valeurs, ni les combats.

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« Science is simply common sense at its best. »
Thomas Huxley
In : R. Jarski. Great British wit. Ebury Press, Londres, 2005

« Il faut savoir alterner les angles de visée, une bonne compréhension des choses passe par la
mobilisation de points de vue multiples. [...] Etre kaléïdoscopique n'est pas nécessairement une
faiblesse, c'est souvent le fondement de la richesse, dans les sciences "dures" comme dans les
sciences "humaines" »
Dominique Pestre
Science, argent et politique. Un essai d'interprétation. INRA éditions, Paris, 2003

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Table des matières

Remerciements 2
Table des matières 8
Table des illustrations 13
Liste des abréviations 20
Glossaire 22
Introduction 24
MEMOIRE BIBLIOGRAPHIQUE 26
Chapitre 1 27
Etat de l'art et besoins de recherche
1.1. Application de l'évaluation des risques à la maîtrise des zoonoses alimentaires 27
1.1.1. Vers une mutation du système de maîtrise des dangers biologiques pour le consommateur
de viandes
1.1.1.1. Maladies infectieuses et zoonoses alimentaires
1.1.1.2. Outils de maîtrise des dangers biologiques pour le consommateur de viandes
1.1.1.2.1. Détection des signes associés à la présence des dangers chez l'animal ou sur sa carcasse : l'inspection des viandes
1.1.1.2.2. Détection des dangers ou des indicateurs de leur présence dans les denrées alimentaires : les critères microbiologiques
1.1.1.2.3. Prévention de la présence des dangers ou limitation de leur développement au cours du procédé de fabrication des
denrées alimentaires : BPH et HACCP
1.1.1.3. Limites du système actuel de maîtrise des dangers à l'abattoir
1.1.2. Analyse des risques et législation alimentaire
1.1.2.1. Limitation des restrictions au commerce international de denrées alimentaires par une démarche sanitaire
raisonnée
1.1.2.2. Introduction de l'analyse des risques dans le corpus législatif européen
1.1.2.2.1. Législation relative à la surveillance et la maîtrise des zoonoses
1.1.2.2.2. Approche intégrée de maîtrise des dangers et informations sur la chaîne alimentaire (ICA)
1.1.2.2.3. Evolution des méthodes d'inspection des viandes fondée sur l'évaluation des risques
1.1.2.3. Difficultés de l'évaluation des risques biologiques pour le consommateur
1.1.2.3.1. Identification des dangers pour le consommateur de viande
1.1.2.3.2. Evaluation de l'exposition spécifique du consommateur de viandes au danger
1.1.2.3.3. Evaluation des conséquences de l'exposition du consommateur au danger
EN RESUME
1.2. Structuration de la filière viande porcine en France et implications pour la 37
maîtrise des dangers
1.2.1. Présentation de la filière viande porcine française
1.2.1.1. Aspects socio-économiques
1.2.1.1.1. Consommation de viande et produits carnés porcins
1.2.1.1.2. Production primaire française
1.2.1.1.3. Abattage et transformation
1.2.1.2. Etapes de la filière viande porcine, de l'amont de la production primaire au consommateur
1.2.1.2.1. Secteur amont : l'alimentation animale et l'amélioration génétique
1.2.1.2.2. Production primaire
1.2.1.2.3. Abattage-découpe
1.2.1.2.4. Transformation
1.2.1.2.5. Distribution
1.2.1.3. Place des groupements de producteurs en France : une forte intégration de la filière viande porcine
1.2.1.4. Impact de la structuration de la filière sur la maîtrise des dangers
1.2.1.4.1. Enjeux sanitaires et économiques
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J. Fosse - Valeur informative d'indicateurs ante et post mortem pour la détection des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine.
1.2.1.4.2. Implications de la structuration de la filière : un nécessaire contrôle sanitaire en amont
1.2.1.4.3. Intégration de la filière et transmission des informations sur la chaîne alimentaire (ICA)
1.2.2. Typologie de la production primaire porcine
1.2.2.1. Types d’élevages
1.2.2.2. Impact du type d'élevage sur la maîtrise des agents pathogènes
1.2.3. Modalités de production du porc charcutier
1.2.3.1. La conduite en bande en élevage porcin
1.2.3.1.1. Objectifs recherchés
1.2.3.1.2. Schéma type théorique
1.2.3.1.3. Mise en œuvre de la conduite en bande
1.2.3.1.3.1. Cycle d’une bande
1.2.3.1.3.2. Nettoyage-désinfection et vide sanitaire, éléments clefs de la conduite en bande
1.2.3.2. Mouvements d'animaux induits par la conduite en bande
1.2.3.2.1. Mouvements des reproducteurs
1.2.3.2.2. Mouvements de porcs charcutiers
1.2.3.2.2.1. Gestion des porcelets surnuméraires
1.2.3.2.2.2. Elevage des porcelets au cours du post-servage
1.2.3.2.2.3. Elevage des porcs charcutiers de l'entrée en engraissement à l’abattage
1.2.3.2.2.4. Bilan des pratiques de réallotement
1.2.3.3. Limites de la conduite en bande
1.2.4. Process d'abattage : du porc vivant à la carcasse
EN RESUME
1.3. Besoins de recherche 50
1.3.1. En termes d'identification, de caractérisation et de hiérarchisation des dangers
1.3.2. En termes de connaissance du statut de contamination des porcs puis de leurs carcasses à
l'égard des dangers biologiques constitutifs des principaux risques
1.3.3. En termes de recensement des indicateurs potentiellement corrélés à la présence des
dangers et d'évaluation de l'association entre indicateurs et dangers
1.3.4. En termes d'élaboration et d'évaluation de schémas de maîtrise des dangers intégrant
l'utilisation d'indicateurs
Chapitre 2 52
Objectifs de la thèse
2.1. Identification et caractérisation des dangers biologiques pour le consommateur 52
de viande de porc et évaluation de la valeur informative des opérations d'inspection
des viandes en abattoir quant à leur détection
2.2. Caractérisation en élevage du statut de contamination des porcs à l'égard des 52
dangers biologiques retenus et identification des facteurs de risque de leur présence
2.3. Caractérisation du statut de contamination de lots de porcs et de leurs carcasses 53
et évaluation de la valeur informative d'indicateurs ante et post mortem
2.4. Modélisation de la transmission des dangers zoonotiques alimentaires au sein de 53
la filière viande porcine et proposition d’un schéma de maîtrise alternatif
MEMOIRE EXPERIMENTAL 54
Chapitre 3 55
Identification, caractérisation et hiérarchisation des dangers biologiques
pour le consommateur de viande porcine
3.1. Matériel et méthode 55
3.1.1. Sélection des données bibliographiques
3.1.2. Construction d'une typologie des dangers
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