Thèse Présentée Par Issoufou TAO Docteur de l'Université de Ouagadougou Problématique des ...

208 Pages·2015·7.17 MB·French

UNIVERSITE DE OUAGADOUG OU
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École Doctorale
Sciences et Technolog ies
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Laboratoire de Biologie et de Génétique
Moléculaires (LABIOGENE)

N°d‟ordre-----

Thèse Présentée
Issoufou TAO
Par
Pour obtenir le grade de
Docteur de l’Université de Ouagadougou
Option : Sciences Appliquées
Spécialité : Biologie moléculaire/Génétique
Problématique des Hépatites Virales, du VIH et des Epstein
Barr Virus au Burkina Faso : Diagnostic Moléculaire,
Prévalences, Sécurité Transfusionnelle et Facteurs de
Risques.
Soutenue le 16 Juin 2015 devant le jury composé de :
Président : Simon AKPONA, Professeur Titulaire, Université de Parakou, Bénin.
Membres :

Jean-Didier ZONGO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou.
Lassana SANGARE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou.
Nicolas BARRO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou (Rapporteur).
Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou (Directeur de thèse).
Virginio PIETRA, Chargé de Recherche, Université de Brescia, Italie (Invité).
i
DEDICACES

 A la mémoire de mon père Boukary Naguesba TAO qui nous a quittés le 08 Avril 1989

 A ma mère Ramata Pazangba SALGO

 A mon instituteur M. Souleymane GONDE

Ce document est le vôtre !

Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
ii
REMERCIEMENTS
Le présent travail a été effectué au Burkina Faso, principalement au Centre de Recherche
Biomoléculaire Pietro Annigoni/Laboratoire de Biologie moléculaire et de Génétique
(CERBA/LABIOGENE), Université de Ouagadougou, au Centre National de Transfusion
Sanguine (CNTS) et au Centre Médical Saint Camille (CMSC) de Ouagadougou. Il est le
résultat de mes rêves personnels qui ne seraient devenus réalité sans la précieuse
contribution d’un certain nombre de personnalités. Je voudrais à travers ces lignes leur
traduire toute ma sincère reconnaissance.
Je tiens à exprimer ma profonde gratitude au Professeur Jacques SIMPORE, Directeur de
cette thèse, et pour sa participation à l’évaluation du travail en tant que membre du jury. Le
Professeur SIMPORE dirige plusieurs institutions telles que: le Laboratoire de Biologie
Moléculaire et de Génétique (LABIOGENE de l’UFR/SVT, Université de Ouagadougou) ; le
Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) ; Recteur de l’Université Saint
Thomas d’Aquin (USTA) pour ne citer que celles-là. Le Professeur SIMPORE est le principal
promoteur de la présente thèse, merci pour votre soutien moral et financier, pour la qualité
de l’encadrement scientifique, pour vos précieux conseils et votre disponibilité en dépit de
vos multiples fonctions.
Au Pr Jean-Didier ZONGO, Professeur Titulaire, enseignant-chercheur à l’Université de
Ouagadougou, Directeur du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie Végétales,
Directeur de l’Institut des Sciences et Technologies Agricole (ISSTA) co-directeur de cette
thèse, pour son encadrement scientifique et sa disponibilité tout au long de ma formation
doctorale. Je vous remercie également Professeur, pour vos conseils et encouragements
pendant les périodes les plus compliquées de ce parcours.
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
iii
Au Professeur Simon A. AKPONA, (Université de Parakou, Bénin), pour avoir accepté de faire
partie du jury. Vous avez accepté de suivre et de juger ce travail malgré vos multiples
occupations. Soyez-en remercié.
Je remercie le Professeur Lassana SANGARE (Université de Ouagadougou), pour avoir
accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute ma gratitude.
Au Professeur Nicolas BARRO, Vice-Président de l’Université de Ouagadougou, pour avoir
accepté de faire partie du jury. Vous avez accepté de suivre et de juger ce travail malgré vos
multiples occupations. Soyez-en remercié.
Je remercie le Professeur Francesco CASTELLI (Université de Brescia, Italie), pour avoir
accepté de lire, de critiquer et d’instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute notre reconnaissance.
Je remercie le Docteur Virginio PIETRA, Médecin épidémiologiste, chargé de recherches
(Université de Brescia, Italie), responsable de la prise en charge des PvVIH au centre médical
saint Camille, au CERBA et à Nanoro pour sa grande disponibilité, son accompagnement
sincère et pour avoir accepté participer au jury de la présente thèse. Trouvez ici l’expression
de toute notre gratitude.
Je remercie le Professeur Mahamadou SAWADOGO, Directeur de l’Equipe Génétique et
Amélioration des Plantes (EGAP) du laboratoire biosciences et Directeur des affaires
académiques, de l’orientation et de l’information (DAOI) de l’Université de Ouagadougou
pour son accessibilité, ses conseils et encouragements
Je voudrais remercier le Docteur Cyrille BISSEYE celui-là même qui a guidé mes premiers
pas dans la Biologie moléculaire. Merci Docteur pour votre disponibilité, vos
encouragements mais aussi pour les moments de détente et de rire que nous avons eu à
partager ensemble tout au long des travaux.
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
iv
Je remercie le Docteur Simplice KAROU, (Université de Lomé) pour sa contribution à
l’amélioration de ce document malgré vos multiples occupations.
Au Dr Diane Djeneba OUERMI, Maitre-assistant merci pour votre disponibilité et vos
précieux conseils
Au Dr Florencia DJIGMA, Assistante pour votre disponibilité et vos précieux conseils
A l’équipe d’encadrement de l’EGAP Dr Romaric K. NANEMA, Dr Pauline
BATIONO/KANDO, Dr Ernest R. TRAORE, MM. Hamed OUEDRAOGO et Nerbewendé
SAWADOGO merci pour l’encadrement et la disponibilité continue
Je voudrais adresser mes remerciements au Docteur Mahamoudou SANOU alors Directeur
du Centre National de Transfusion sanguine pour notre fructueuse collaboration ;
Je voudrais aussi adresser mes remerciements au Docteur Alice KIBA Directrice du Centre
Régional de Transfusion sanguine d’alors pour notre fructueuse collaboration ;
A Mme Justine YARA, présidente de l’association «SOS Hépatites Burkina», merci pour la
collaboration
A Mr. Amadé TAHO Hydrogéologue, Docteur en sciences de la Terre pour son
accompagnement franc
A mon grand frère Souleymane TAO pour son soutien et sa compréhension
A Mr Ali ‘’Faso Beni’’ OUEDRAOGO l’homme qui fait beaucoup pour moi à Ouahigouya,
merci pour le soutien sincère
A MM Rasmané KOMBOEOGO et Ibrahima TRAORE tous deux doctorants à l’UFR/SVT
merci pour votre soutien votre amitié.
Au père Albert T. YONLI et aux Docteurs NAGALO B. M., TANI S., T. A. M. ZEBA,
ZOHONCON T. pour votre soutien et pour votre amitié.
A Mr. Valery Bapio J.T. BAZIE, Mme Zoenabou DOUAMBA pour votre soutien et votre
amitié.
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
v
A Mr DJakaridia TIAMA, doctorant au laboratoire biosciences EGAP, merci d’être là
partenaire,
Je remercie également les équipes du CNTS, du CERBA et du CMSC qui ont contribué de
façon significative à la réalisation de mes travaux.
A MM. Herman O. YELKOUNI, Soumaila SANA, pour leurs soutiens multiformes.
A M. Inoussa MAIGA maïeuticien de son Etat, merci de votre soutien immense,‘’Maetic’’
M. Noel ROAMBA Professeur certifié de Français pour avoir lu et corrigé ce document.
Aux thésards sans être exhaustif Rebecca ‘’REB’’, Serge, Abdoul Karim, Birama merci pour
votre amitié et votre assistance.
A l’ensemble des doctorants de l’Ecole doctorale Sciences et Technologie (ED/ST), merci pour
la confiance,
À la Conférence Épiscopale Italienne (CEI), Au «Programme d’Appui et de développement
des Centres d’Excellence Régionaux (PACER2) » de l’UEMOA pour leur soutien financier
dans la réalisation de nos travaux de recherche.
A tous mes camarades, frères et amis pour vos encouragements et votre indéfectible soutien.
Merci à tous !

Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
vi
TABLE DES MATIERES
DEDICACES ............................................................................................................... i
REMERCIEMENTS ...................................................................................................... ii
TABLE DES MATIERES ................................................................................................ vi
LISTE DES TABLEAUX ................................................................................................. x
SIGLES ET ABREVIATIONS ........................................................................................... xi
RESUME ................................................................................................................. xiii
ABSTRACT .............................................................................................................. xiv
Introduction ............................................................................................................... 1
Chapitre I : Les virus ..................................................................................................... 4
I. Virus des Hépatites ....................................................................................... 4
I.1. Virus de l’hépatite B ................................................................................................ 4
I.1.1. Historique ...........................................................................................................4
I.1.2. Structure et variabilité ............................................................................................4
I.1.3. Multiplication, mode de transmission et aspects cliniques .................................................7
I.1.4. Diagnostic ......................................................................................................... 12
I.1.5. Epidémiologie et thérapie ...................................................................................... 18
I.2. Virus de l’hépatite C (VHC ou HCV) .......................................................................... 21
I.2.1. Historique ......................................................................................................... 21
I.2.2. Variabilité et structure .......................................................................................... 22
I.2.3. Mode de transmission, cycle de vie et rôle clinique ....................................................... 25
Cycle de vie et aspects cliniques ...................................................................................... 26
I.2.4. Diagnostic ......................................................................................................... 31
I.2.5. Epidémiologie et thérapie ...................................................................................... 32
I.3. Virus de l’Hépatite Delta (VHD ou HDV) .................................................................... 36
I.3.1. Historique ......................................................................................................... 36
I.3.2. Variabilité et structure .......................................................................................... 37
I.3.3. Cycle de vie ; mode d’infection et aspects cliniques ....................................................... 39
I.3.4. Diagnostic ......................................................................................................... 42
I.3.5. Epidémiologie et thérapie ...................................................................................... 43
I.4. Virus de l’hépatite G (VHG) ..................................................................................... 45
I.4.1. Historique ......................................................................................................... 45
I.4.2. Variabilité et structure .......................................................................................... 46
I.4.3. Infection, cycle de vie et aspects cliniques ................................................................... 47
I.4.4. Diagnostic ......................................................................................................... 49
I.4.5. Epidémiologie et thérapie ...................................................................................... 50
II. Les herpèsviridea ..................................................................................................... 52
II.1. Epstein Barr Virus ................................................................................................. 52
II.1.1. Historique ........................................................................................................ 52
II.1.2. Variabilité et structure ......................................................................................... 53
II.1.3. Cycle de vie, mode d’infection et rôle clinique. .......................................................... 54
II.1.4. Diagnostic ........................................................................................................ 57
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
vii
II.1.5. Epidémiologie et thérapie ..................................................................................... 57
II.2. Cytomégalovirus Humain (CMV ou HCMV) ................................................................ 58
II.2.1. Découverte et variabilité....................................................................................... 58
II.2.2. Structure .......................................................................................................... 59
II.2.3. Mode de transmission, cycle de vie et aspects cliniques.................................................. 60
II.2.4. Diagnostic ........................................................................................................ 63
II.2.5. Epidémiologie et thérapie ..................................................................................... 63
III. Virus de l’immunodéficience Humaine/Syndrome de l’immunodéficience Acquise (VIH/SIDA) ... 64
III.1. Historique .......................................................................................................... 64
III.2. Variabilité et structure ........................................................................................... 66
III.2.1. Variabilité ........................................................................................................ 66
III.2.2. Structure ......................................................................................................... 66
III.3. Cycle de vie; mode d’infection et aspects cliniques ........................................................ 67
III.3.1. Modes de transmission ........................................................................................ 67
III.3.2. Cycle de vie et aspects cliniques ............................................................................. 68
III.4. Diagnostic .......................................................................................................... 71
III.4.1. Méthodes indirectes ........................................................................................... 71
III.4.2. Méthodes directes .............................................................................................. 72
III.5. Epidémiologie et thérapie ....................................................................................... 72
III.5.1. Situation de l’épidémie ........................................................................................ 72
III.5.2. Thérapie ......................................................................................................... 73
IV. Coinfections .......................................................................................................... 74
IV – 1. Coinfection VIH-virus des hépatites ........................................................................ 74
IV.1.1. Coinfection par le VIH et le VHC .......................................................................... 74
IV.1.2. Coinfection par le VIH et les Virus des Hépatites B et D ............................................... 76
IV.1.3. Coinfection par le VIH et le VHG .......................................................................... 76
IV.1.4. Coinfection VIH et les herpesvirideae étudiés (EBV, CMV) ............................................. 77
IV.2. Coinfections en l’absence de VIH. ............................................................................ 77
Chapitre II : Transfusion sanguine, techniques de diagnostic et sécurité transfusionnelle .................. 80
I. Transfusion sanguine ................................................................................................. 80
I.1. Histoire et situation mondiale .................................................................................... 80
I.1.1. Historique et évolution en matière de sécurité transfusionnelle ........................................ 80
I.1.2. Situation mondiale du don de sang ............................................................................ 81
I.2. Différents types de donneurs de sang ........................................................................... 83
I.2.1. Donneurs de sang réguliers .................................................................................... 83
I.2.2. Donneurs familiaux/remplacements ......................................................................... 83
I.2.3. Donneurs volontaires et non rémunérés ..................................................................... 84
I.2.4. Substituts sanguins ............................................................................................... 85
II. Techniques de diagnostic ........................................................................................... 85
II.1. Méthodes indirectes ............................................................................................... 85
II.2. Méthodes directes ................................................................................................. 86
Chapitre III : Matériels et méthodes .................................................................................. 92
I. Cadres de l’étude...................................................................................................... 92
I.1. Bref aperçu du Burkina Faso ...................................................................................... 92
I.2. Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique (LABIOGENE), le Centre de recherche
biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) et le Centre Médical Saint Camille. .............................. 93
I.3. Centre National de Transfusion Sanguine ...................................................................... 93
I.4. Association SOS hépatite Burkina ............................................................................... 93
II. Populations d’étude et échantillonnage .......................................................................... 94
II.1. La population de la première étude ............................................................................ 94
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
viii
II.2. Population de la deuxième et troisième étude : les donneurs de sang ................................... 94
III. Méthodes ............................................................................................................. 95
III.1. Tests sérologiques ................................................................................................ 95
III.1.1. Tests de diagnostic rapide (TDR) ........................................................................... 95
III.1.2. Tests ELISA ..................................................................................................... 96
III.1.3. Principes du TPHA et du RPR ............................................................................... 97
III.2. Analyses moléculaires ............................................................................................ 98
La charge virale ......................................................................................................... 102
IV. Analyses statistiques .............................................................................................. 103
V. Considérations éthiques ........................................................................................... 103
Chapitre IV : Résultats et discussion ............................................................................... 104
I. Résultats 104
I.1.1. Contexte et but................................................................................................. 104
I.1.2. Résultats ......................................................................................................... 104
I.1.3. Conclusion partielle ........................................................................................... 108
I.2.1. Contexte et but de l’étude ................................................................................... 109
I.2.2. Résultats ......................................................................................................... 109
I.2.3. Conclusion partielle ........................................................................................... 112
I.3.1. Contexte et but................................................................................................. 113
I.3.2 .Résultats ......................................................................................................... 113
I.3.3.Conclusion partielle ............................................................................................ 119
II. Discussion générale .................................................................................... 120
II.1. Séroprévalence des virus des hépatites B et C (VHB et VHC) au sein de la population générale du
Burkina Faso et identification des groupes sociaux les plus touchés. ......................................... 120
II.2. Prévalences du VHG, de EBV et les facteurs de risque qui leurs sont associés (Confère article 2) 123
II.2.1. Virus de l’hépatite G (VHG) ................................................................................ 123
II.2.2. Virus d’Epstein Barr EBV .................................................................................... 124
II.2.3. Virus de l’hépatite Delta ..................................................................................... 125
II.3. Des génotypes du VHB au sein des donneurs de sang ..................................................... 125
II.4. Coinfections ...................................................................................................... 126
Conclusion générale et perspectives ................................................................................ 128
Références bibliographiques ......................................................................................... 131
Annexes ..................................................................................................................... I
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO
ix
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Structure du virus de l’hépatite B ....................................................................... 5
Figure 2 : Génome viral du VHB ..................................................................................... 6
Figure 4 : Facteurs interagissant pour affecter l’histoire naturelle de l’hépatite B chronique.............. 9
Figure 5 : Histoire naturelle du VHB. .............................................................................. 10
Figure 6 : Atteinte du foie suivant l’histoire naturelle de l’infection par le VHB. HCC, carcinome
hépatocellulaire ; cellules NK, cellules NKT ...................................................................... 10
Figure 7 : Remarquable parallélisme entre la distribution géographique du VHB et du carcinome
hépatocellulaire .......................................................................................................... 11
Figure 8 : Marqueurs sérologiques au cours de l’infection par le VHB ....................................... 13
Figure 9 : Evolution des marqueurs au cours de l’hépatite aiguë sans passage à la chronicité ............ 14
Figure 10 : Evolution des marqueurs sérologiques au cours de l’hépatite B chronique .................... 14
Figure 11 : Signification des anticorps de HBc detectés seuls .................................................. 15
Figure 12 : Marqueurs de l’infection virale incluant les marqueurs virologiques directs comme les
protéines virales codées le génome viral et l’ADN viral du VHB ............................................... 17
Figure 13 : Le VHB dans le monde source. ........................................................................ 18
Figure 14 : Cycle viral hypothétique du VHC ..................................................................... 28
Figure 15 : Histoire naturelle de l’infection par le VHC ........................................................ 31
Figure 16 : Distribution géographique des génotypes et sous génotypes du VHC .......................... 33
Figure 17 : Virus de l’hépatite D .................................................................................... 39
Figure 18 : Affinité de VHC, GBV-C, GBV-A, et GBV-B ...................................................... 47
Figure 19 : Mécanisme d’échappement d’EBV au système immunitaire ..................................... 55
Figure 20 : Infection par EBV chez l’homme ...................................................................... 56
Figure 21 : Arbre phylogénique des Herpesviridae ................................................................. 58
Figure 22 : le cytomegalovirus adapté de Gandhi and Khanna, 2004 ......................................... 59
Figure 23 : Structure du VIH ......................................................................................... 67
Figure 24 : Cycle du VIH ............................................................................................ 70
Figure 25 : Les classes de médicaments antirétroviraux et leurs sites d’action ............................. 73
Figure 26 : Schéma simplifié du principe de la réaction de transcription inverse en présence d’amorce
poly T et synthèse du second brin d’ADNc par la Taq polymérase ............................................. 89
Figure 27 : Différentes étapes de la PCR ........................................................................... 90
Figure 28 : La carte du Burkina-Faso ............................................................................... 92
Figure 29: TDR de marqueur d’hépatite d’un patient négatif .................................................. 96
Figure 30 : Extraction d’ADN/ARN au CERBA ................................................................. 99
Figure 31: a. Thermocycleur 9700 (Applied Biosystems USA) b. coulée de gel d’agarose c. course
électrophorétique dans une cuve d’électrophorèse .............................................................. 101
Figure 32 : Séquenceur ABI PRISM 3130 ........................................................................ 103
Figure 33: Image de gel révélation de produit PCR par le GeneFlash UV ................................. 111
Figure 34 : Amplification des normes internes du VHB ....................................................... 115
Figure 35 : Profil des données de séquençage des donneurs VHB + ........................................ 117
Figure 36 : Gel d’agarose 2% des échantillons positifs aux génotypes C et E. ............................ 119
Thèse Unique de Doctorat 2015 Issoufou N. TAO