Tetracycline resistance in lactic acid bacteria isolated from fermented dry sausages

206 Pages·2002·2.4 MB·English

by  Dirk Gevers

FACULTY OF SCIENCES
DEPARTMENT OF BIOCHEMISTRY, PHYSIOLOGY AND MICROBIOLOGY
LABORATORY OF MICROBIOLOGY
T
ETRACYCLINE RESISTANCE IN LACTIC ACID BACTERIA

ISOLATED FROM FERMENTED DRY SAUSAGES
Dissertation
submitted in fulfillment of the
requirements for the degree of
Doctor (Ph.D.) in Sciences, Biochemistry
November 2002
Dirk Gevers
Promotor: Prof. Dr. ir. J. Swings
Co-promotor: Prof. Dr. ir. J. Debevere
ISBN: 90-9016387-5
All rights reserved. No part of this thesis may be reproduced, stored in a retrieval
system of any nature, or transmitted in any form by any means, electronic, mechani-
cal, photocopying, recording or otherwise, included complete or partial transcription,
without the prior permission in writing of the author.
2002 © D. Gevers - Tetracycline resistance in lactic acid bacteria isolated from fer-
mented dry sausages.
Ph.D. thesis, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium.
Publicly defended in Ghent, November 18th, 2002
EXAMINATION COMMITTEE
PROF. DR. JOS VAN BEEUMEN (acting chairman)
Faculty of Sciences, RUG, Ghent
PROF. DR. IR. JEAN SWINGS (promotor)
Faculty of Sciences, RUG, Ghent
PROF. DR. IR. JOHAN DEBEVERE (co-promotor)
Faculty of Agricultural and Applied Biological Sciences, RUG, Ghent
PROF. DR. LIEVEN DE ZUTTER
Faculty of Veterinary Medicine, RUG, Ghent
PROF. DR. IR. LUC DE VUYST
Faculty of Sciences, VUB, Brussels
DR. GEERT HUYS
Faculty of Sciences, RUG, Ghent
DR. JEAN-MARC COLLARD
Scientific Institute of Public Health, Brussels
DR. ERIC JOHANSEN
Applied Biotechnology, Chr. Hansen A/S, Denmark

Over hoe dit werk tot stand kwam…
(Een poging tot bedanken)
Deze 3 bladzijden zijn eigenlijk de belangrijkste van dit proefschrift. Niet alleen omdat
bijna iedereen eerst dit stukje wil lezen, maar vooral omdat de mensen rondom mij min-
stens even belangrijk zijn geweest in de ontwikkeling als onderzoeker en als mens, dan de
resultaten van dit onderzoek.
Gustavo el padre, ozzy, hustje, Geert… je hebt me ontgroend vijf jaar geleden als begeleider
van mijn licentiaatsthesis, je bent de geestelijke vader van dit project (het idee zoals hier-
naast opgetekend, ontstond tijdens een saaie lezing), je wist me steeds weer af te remmen
en bij te sturen, alleen … die muzikale opvoeding is eigenlijk nooit echt tot een goed einde
gebracht. Bedankt voor je steun, advies en scherpe inzichten. Lets get stoned, Science is the
dope!
Jean, je gaf me als promotor de ruimte voor mijn ontplooiing en mijn eigen weg te zoeken
in het onderzoek. Bedankt voor je steun, je interesse en de belangrijke bijdrage in mijn
toekomst.
Morten, the fact that you wrote me in May 2000, and I quote: “I am writing to you because
I’m working in the same area as you…maybe we could make some kind of cooperation?” is
one of the nicest things that could happen to me. You were a BIG help in the molecular part
of this work. You were a host for me in Denmark (several times) and in Switzerland (while
visiting the lab of Prof. Teuber), company on different conferences and the trip afterwards.
You have been a rich source of information and above all a friend. Thanks to you and Helle!
7
Ik heb ook het geluk gehad dat vijf studentinnen (Geertrui, Hanne, Liesbeth, B. en Leen)
hun (en mijn) uren gespendeerd hebben en zo een belangrijke bijdrage hebben geleverd in
de dataverzameling. Eén ervan heb ik zover gekregen om te blijven na hun verplichte pe-
riode…
Het Laboratorium voor Microbiologie is die hele tijd mijn ‘hobbyruimte’ geweest. Dank
aan alle (ex-)collega’s en in het bijzonder aan Robin en Liesbeth voor de lach en … de lach
in het labo en (ver) daarbuiten, Marc voor je interesse en het goede gezelschap tijdens de
trips, Urbain voor de eiwitgellekes, Karen voor de eiwit-, pulsed-field en de repgellekes,
Margo voor de goede gang van zaken in onze puinhoop, Renata voor het bijstaan van Geert
als ik het hem lastig maakte, Klaas en Evie voor de laatste loodjes tijdens mijn schrijf-
afwezigheid, Maggy voor het leven in de brouwerij, Dirk voor je DoKa en de eerste stapjes
in de fotografie, Fernand voor het uitvoerig schetsen van de geschiedenis van het labo en de
talrijke spoedbestellingen, Paul voor de nooit aflatende stroom van schouderklopkes,
Annemie o.a. voor het regelen van mijn vluchten (slik) en andere paperassen, Jeanine voor
haar belangrijke bijdrage. Nog even ter verduidelijking en belangrijk om te onthouden: het
was diene andere lange die Geert noemt en ik kom niet van de Limburg (sorry Paul)! On-
danks de nieuwe perspectieven in de bio-informatica doet het me pijn te moeten constateren
dat dit proefschrift tevens een beetje afscheid zal zijn.
Het Laboratorium voor Levensmiddelenmicrobiologie en –conservering: dank aan mijn co-
promotor Prof. Dr. ir. J. Debevere voor de zeer goede sturing in de beginfase van het project
(anders waren we misschien in de salade terechtgekomen), voor de grondbeginselen in de
levensmiddelenmicrobiologie en de nuttige discussies in de verder loop van het project.
Frank en Mieke, jullie hebben me vaak zien komen met allerhande vragen, bedankt dat ik
ermee bij jullie terecht kon en voor de tips die ik mee terug naar huis nam. Maar ook voor
het inspirerende gezelschap op verschillende uitstappen in België en daarbuiten.
Helaas leiden niet alle inspanningen ook daadwerkelijk tot bladzijden in dit boekje. On-
danks de verwoede pogingen om die up- en down-stream van de tetjes te pakken te krijgen,
belemmerde de tijdsdruk het bekomen van het beoogde resultaat. Bedankt aan Lothar ‘wat-
gaan-we-vandaag-uitvinden’, Hilde en andere AMBers.
Luc (en de IMDO-groep), we zijn elkaar verschillende malen tegen het lijf gelopen, in
België, Nederland en Noorwegen, waar we van alles en nog wat hebben beleefd. Ik dank je
voor de tijd die je voor me hebt vrijgemaakt in alle drukte en voor de zeer kritische evaluatie
van mijn project.
I’m also grateful to the people at Chr. Hansen, especially Anette, Eric, Kim, and Hans, for
their warm welcome in the land where Christmas seems to be starting at December, the 1st.
8
Gelukkig was er de afgelopen vier jaar ook af en toe eventjes tijd voor iets anders dan
wetenschap. Gasten, merci voor de etentjes, feestjes, filmkes, ‘enen-drinken’-gelegenhe-
den, sportuitbarstingen, BBQs, …Joren en Wendy, thanks for improving my text.
Make, bedankt o.a. voor die ‘sociale genen’ en pa ‘ik-lijk-steeds-meer-op-jou’ bedankt o.a.
voor die ‘ambitieuse genen’. Broer en zus, het is fijn om jullie grote broer te zijn!
Elke (dag een beetje meer), zo veel opoffering, trots, plezier, vriendschap en liefde verenigd
in één persoon is gewoon bangelijk! Merci, omdat ik gewoon mezelf bij je kan zijn.
Iedereen die ik nu nog vergeten zou zijn, nodig ik hierbij van harte uit om bij mij langs te
komen voor een persoonlijk bedankje.
Gent, Oktober 2002
9