Swiss Antibiotic Resistance Report

176 Pages·2016·6.05 MB·English

Usage of Antibiotics and
Occurrence of Antibiotic Resistance
in Bacteria from Humans and
Animals in Switzerland
Swiss
Antibiotic
Resistance
Report 2016
anresis.ch
ARCH-Vet
Publishing details
© Federal Office of Public Health FOPH
Published by Federal Office of Public Health FOPH
Publication date: November 2016
Editors: Homa Attar Cohen, Division of Communicable Diseases, Federal Office of Public Health (FOPH), and
Dagmar Heim, Veterinary Medicinal Products and Antibiotics, Federal Food Safety and Veterinary Office (FSVO)
Design and layout: diff. Kommunikation AG, Bern
FOPH publication number: 2016-OEG-30
Source: SFBL, Distribution of Publications, CH-3003 Bern
www.bundespublikationen.admin.ch
Order number: 316.402.16eng
www.star.admin.ch
Please cite this publication as:
Federal Office of Public Health and Federal Food Safety and Veterinary Office. Swiss Antibiotic Resistance
Report 2016. Usage of Antibiotics and Occurrence of Antibiotic Resistance in Bacteria from Humans and
Animals in Switzerland. November 2016. FOPH publication number: 2016-OEG-30
Table of contents
1 Foreword 6
Vorwort 7
Avant-propos 8
Prefazione 9
2 Summary 12
Zusammenfassung 15
Synthèse 18
Sintesi 21
3 Introduction 26

3.1 Antibiotic resistance 26
3.2 About anresis.ch 26
3.3 About ARCH-Vet 27
3.4 Guidance for readers 28
3.5 Authors and contributions 28
4 Abbreviations 32
5 Antibacterial consumption in human medicine 34
5.1 Hospital care 34
5.2 Outpatient care 39
5.3 Discussion 42
6 Sales of antimicrobials in veterinary medicine 44
6.1 Sales of antimicrobials for use in animals 44
6.2 Sales of antimicrobials for use in livestock animals 45
6.3 Sales of antimicrobials licensed for companion animals 48
6.4 Discussion 48
Table of contents 1
7 Resistance in bacteria from human clinical isolates 50
7.1 Escherichia coli 50
7.2 Klebsiella pneumoniae 51
7.3 Pseudomonas aeruginosa 52
7.4 Acinetobacter spp. 53
7.5 Streptococcus pneumoniae 54
7. a Textbox: Serotype/serogroup-specific antibiotic non-susceptibility of invasive and non-invasive
Streptococcus pneumoniae, Switzerland, 2004–2014 [1]. 56
7.6 Enterococci 57
7.7 Staphylococcus aureus 58
7. b Textbox: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Switzerland: how the situation has changed
in the last decade. 60
7. c Textbox: Epidemiology of bloodstream infections in Switzerland. 62
8 Resistance in zoonotic bacteria 66
8.1 Campylobacter spp. 66
8.2 Salmonella spp. 70
9 Resistance in indicator bacteria in animals 80
9.1 Enterococci 80
9.2 Escherichia coli 87
9.3 ESBL / pAmpC-producing Escherichia coli 91
9. a Textbox: Colistin resistance in pigs and calves, Switzerland 2015. 91
9. b Textbox: Acquired colistin resistance gene mcr-1 in imported chicken meat. 97
9.4 Methicillin-resistant Stap hyl ococcus aureus (MRSA) 97
9. c Textbox: Longitudinal study on the colonization and transmission of methicillin-resistant
Staphylococcus aureus in fattening pig farms. 106
10 Resistance in diagnostic submissions from animals 108
10.1 Staphylococcus spp. 108
10.2 Escherichia coli 112
Human and veterinary resistance data:
a microbiologist’s view 117
11 Materials and methods 120
11.1 Data on antibacterial consumption in human medicine 120
11.2 Data on antimicrobial sales in veterinary medicine 120
11.3 Bacterial isolates from humans (clinical probes) 121
11.4 Bacterial isolates from animals (for monitoring: clinical and not clinical probes) 121
11.5 Susceptibility testing, breakpoints, processing antibiotic resistance data from human isolates 123
11.6 Susceptibility testing, cut-off, processing anti microbial resistance data from animal isolates 123
2 Table of contents
Annexe I 128
Defined daily dose (DDD) of antibiotics for patient treatment
Annexe II 132
Distribution of minimal inhibitory concentrations (MICs) in bacterial isolates from animals
Annexe III 156
Tables of multi-resistance patterns in bacterial isolates from animals in 2014
Annexe IV 166
anresis.ch participants and steering committee
Index 170
Figures, tables and textboxes
Table of contents 3

1
Foreword
Antibacterial consumption in human medicine 5
1 Foreword
The “Swiss Antibiotic Resistance Report 2016” is the s econd The joint reporting and interpretation of the antibiotic resis-
combined national report on the comprehensive monitoring tance situation in Switzerland is one of the strategic mea-
of antibiotic resistance and antibiotic consumption in human sures of StAR. In future, the “Swiss Antibiotic Resistance
and veterinary medicine. It reports data from the monitoring Report” will be published every two years. The differences
systems of anresis.ch and ARCH-Vet for the years 2014 and relating to data collection, methodology and interpretation
2015. that currently exist in the monitoring systems need to be har-
monized and refined to enable a better comparison of the
Following a One Health approach, the Federal Department of results according to the One Health approach. Also, data
Home Affairs and the Federal Department of Economic from the agriculture and the environment sector should be
Affairs, Education and Research have mandated the respon- included.
sible Federal Office of Public Health (FOPH), the Federal
Food Safety and Veterinary Office (FSVO), the Federal Office The FOPH and the FSVO wish to thank the authors of this
for Agriculture (FOA) and the Federal Office for the Environ- report for their commitment and outstanding work. We
ment (FOEN) to develop a National Strategy on Antibiotic would also like to thank all those who have contributed to the
Resistance (StAR). One year after the beginning of imple- data collection for this report.
mentation, a large number of strategic measures have
already been initiated in all four domains. The One Health
approach as well as the coordination during the imple-
mentation are essential objectives of the Swiss strategy in
order to adequately counter the complex problems of anti-
biotic resistance. Comprehensive surveillance and monitor-
ing is a key element in detecting, monitoring and preventing
the development of antibiotic resistance. It allows for the
identification of mid- and long term trends and forms the
basis for the detection, interpretation and evaluation of the
antibiotic resistance's situation in Switzerland.
Since 2004, anresis.ch has been gathering data from human
microbiological laboratories on antibiotic resistance. The sys-
tem has since been expanded as to enlarge data collection
on antibiotic consumption from hospitals and pharmacies on
use in human medicine. The anresis.ch data can be viewed
on an interactive database. Specific resistance data are pub-
lished monthly in the FOPH Bulletin.
Since 2006, the FSVO has been running a monitoring system
to assess antibiotic resistance in livestock and in meat. In
addition, it collects data on the wholesale sales of antibiotics
in veterinary medicine. Since 2009, sales data on veterinary
antibiotics and the results of the monitoring of resistances in
livestock are published annually in the ARCH-Vet report.
Daniel Koch Josef Schmidt
Division Communicable Diseases Division Animal Health
Federal Office of Public Health Federal Food Safety and Veterinary Office
6 Foreword
1 Vorwort
Der «Swiss Antibiotic Resistance Report 2016» ist der Eine gemeinsame Berichterstattung und Interpretation der
zweite gemeinsame nationale Bericht über die umfassende Situation in der Schweiz ist eine der strategischen Mass-
Überwachung von Antibiotikaresistenzen und den Anti- nahmen von StAR. Der «Swiss Antibiotic Resistance Re-
biotika verbrauch in der Human- und Veterinärmedizin. Er port» wird zukünftig alle zwei Jahre publiziert. Die heute
beinhaltet Daten aus Monitoringsystemen von anresis.ch bestehenden Unterschiede in den Überwachungssystemen
und ARCH-Vet der Jahre 2014 und 2015. betreffend Datensammlung, Methodik und Interpretation
sollen künftig harmonisiert und verfeinert werden, um einen
Im Sinne des One-Health-Ansatzes haben das Eidge nössi- besseren Vergleich der Ergebnisse im One-Health-Ansatz
sche Departement des Innern und das Departement für zu erlauben. Auch sollen bestehende Daten der Landwirt-
Wirtschaft, Bildung und Forschung die zuständigen Bun- schaft und der Umwelt integriert werden.
desämter für Gesundheit (BAG), Lebensmittelsicherheit und
Veterinärwesen (BLV), Landwirtschaft (BLW) und Umwelt Das BAG und das BLV danken den Autorinnen und Autoren
(BAFU), beauftragt, eine nationale Strategie Antibiotika- dieses Berichts für ihr Engagement und für ihre ausgezeich-
resistenzen (StAR) zu erarbeiten. Heute, ein Jahr nach Be- nete Arbeit. Ebenfalls danken wir all denjenigen, die zur
ginn der Umsetzung, sind bereits zahlreiche Massnahmen Datenerhebung für diesen Bericht beigetragen haben.
in den vier erwähnten Fachbereichen initiiert worden. Der
One-Health-Ansatz und die Koordination in der Umsetzung
sind essenzielle Ziele der Schweizer Strategie, um der kom-
plexen Problematik der Antibiotikaresistenzen adäquat zu
begegnen. Die umfassende Überwachung ist ein Kern-
element zur Erkennung, Überwachung und Bekämpfung der
Entwicklung von Antibiotikaresistenzen. Sie erlaubt es,
Tendenzen über einen längeren Zeithorizont zu verfolgen,
und bildet die Grundlage für Erkennung, Interpretation und
Evaluation der Antibiotikaresistenzsituation in der Schweiz.
Seit 2004 sammelt anresis.ch Daten zur Antibiotika-
resistenzlage aus humanmikrobiologischen Laboratorien.
Das System wurde erweitert und erfasst nun ebenfalls
Daten zum Antibiotikakonsum in der Humanmedizin aus Spi-
tälern und in Apotheken. Die Daten von anresis.ch können
über eine interaktive Datenbank eingesehen werden.
Bestimmte Resistenzen werden einmal pro Monat im
BAG-Bulletin veröffentlicht.
Seit 2006 führt das BLV ein Monitoringsystem zur Erfas-
sung von Antibiotikaresistenzen bei Nutztieren und Fleisch.
Zusätzlich erhebt es Daten zum Vertrieb von Antibiotika in
der Veterinärmedizin auf Stufe Grosshandel. Seit 2009 wer-
den die Daten zum Vertrieb von Veterinärantibiotika und die
Ergebnisse des Monitorings bei Nutztieren jährlich im
ARCH-Vet-Bericht veröffentlicht.
Daniel Koch Josef Schmidt
Abteilung Übertragbare Krankheiten Abteilung Tiergesundheit
Bundesamt für Gesundheit Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen
Vorwort 7
1 Avant-propos
Le «Swiss Antibiotic Resistance Report 2016» est le second également des données sur les ventes d’antibiotiques en
rapport national sur le suivi global de la résistance aux anti- médecine vétérinaire au niveau du commerce de gros. Pu-
biotiques et la consommation d’antibiotiques en médecine blié chaque année depuis 2009, le rapport ARCH-Vet
humaine et vétérinaire. Il comporte des données issues des présente ces données sur les ventes d’antibiotiques et les
systèmes de surveillance d’anresis.ch et d’ARCH-Vet pour résultats de la surveillance des résistances chez les animaux
les années 2014 et 2015. de rente. La rédaction d’un rapport commun, présentant une
interprétation commune de la situation en Suisse, constitue
Dans le cadre de l’approche holistique («One Health») l’une des mesures stratégiques du programme StAR. Le
adoptée dans ce domaine, le Département fédéral de l’in- «Swiss Antibiotic Resistance Report» sera désormais pu-
térieur et le Département fédéral de l’économie, de la for- blié tous les deux ans. Les différences existant actuellement
mation et de la recherche ont chargé l’Office fédéral de la entre les modalités de collecte des données, d’analyse et
santé publique (OFSP), l’Office fédéral de la sécurité alimen- d’interprétation des systèmes de surveillance devront être
taire et des affaires vétérinaires (OSAV), l’Office fédéral de harmonisées et peaufinées, de façon à permettre de meil-
l’agriculture (OFAG) et l’Office fédéral de l’environnement leures comparaisons des résultats au sein de l’approche «One
(OFEV) d’élaborer une stratégie nationale contre la résistance Health». Les données issues des offices de l’agriculture et
aux antibiotiques (Strategie Antibiotikaresistenzen, StAR). de l’environnement devront en outre y être intégrées.
Aujourd’hui, un an après le début de la mise en œuvre de
cette stratégie, de nombreuses mesures ont déjà été prises L’OFSP et l’OSAV remercient les auteurs du présent rapport
dans les quatre secteurs concernés. L’approche «One pour leur dévouement et le travail remarquable qu’ils ont
Health» et la coordination de la mise en œuvre sont les fourni. Nous tenons également à remercier tous ceux qui ont
grands objectifs de la stratégie de la Suisse, afin d’apporter contribué à la collecte de données pour ce rapport.
une réponse adéquate au problème de la résistance aux an-
tibiotiques. La surveillance globale est un élément-clé de la
détection et du suivi du développement de telles résistan-
ces, ainsi que de la lutte contre celui-ci. Elle permet de suiv-
re les tendances sur le long terme, et constitue la base de la
définition, de l’interprétation et de l’évaluation de la situation
de la Suisse en matière d’antibiorésistance.
Depuis 2004, anresis.ch rassemble des données sur la ré-
sistance aux antibiotiques, transmises par des laboratoires
de microbiologie humaine. Ces données peuvent être consul-
tées par l’intermédiaire d’une base de données interactive.
Le système a été élargi et recueille désormais également
des données sur la consommation d’antibiotiques en méde-
cine humaine dans les hôpitaux et les pharmacies. Certaines
résistances font l’objet d’articles publiés une fois par mois
dans le bulletin de l’OFSP.
Depuis 2006, l’OSAV dispose d’un système de surveillance
permettant de déterminer les résistances aux antibiotiques
chez les animaux de rente et dans la viande. Il recense
Josef Schmidt
Daniel Koch Division Santé animale
Division Maladies transmissibles Office fédéral de la sécurité alimentaire
Office fédéral de la santé publique et des affaires vétérinaires
8 Avant-propos