SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi PDF
Preview SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi
SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Gen Anlatımının Belirlenmesi • DNA mikroçalışmaları • Makroçalışmaları • EST (Expressed sequence tag) • Gen anlatımının seri analizi (SAGE) Gen anlatımının seri analizi (SAGE) teknolojisi Velculescu tarafından 1995 yılında geliştirilmiştir. SAGE, transkriptin miktarı ve çeşidi ile ilgili detaylı ve hızlı bilgi vermektedir. SAGE, mRNA saflaştırılması, cDNA taglarının oluşturulması, izolasyonu ve PCR ile çoğaltımı basamaklarından oluşmaktadır. SAGE nin etkinliğini arttırmak için PCR döngü sayısı arttırılarak elde edilen ürünün miktarının arttırılması amaçlanmaktadır. • SAGE yönteminin mikroadaptasyon formu olan SADE tekniğinde ise az sayıdaki (30.000 – 50.000) hücrede nicel gen anlatımı belirlenebilmektedir. • Her iki metod arasında az miktarda cDNA elde edilmektedir. Bunun sebebi pekçok faktör tarafından biotinalat DNA bağlanımının değişmesidir. Bu faktörler, serbest biotin ve fenolün varlığı, biotinilatlı DNA parçasının uzunluğu, kompozisyonu ve biotin molekülü ile oligo (dT) arasındaki mesafedir. • Bu metodlar büyük miktardaki biyolojik materyallerin (1-5 mikro gram polyA mRNA) analizini gerçekleştirebilecek şekilde tasarlanmıştır. Bununla birlikte, memeli dokuları özel fizyolojik fonksiyonları ve özel gen anlatımı paternlerine sahip farklı hücre tiplerinden oluşmaktadır. Bu da yüksek organizmada geniş skaladaki anlatım bilgisinin yorumlanmasının karmaşık hale geldiğini göstermektedir. Bu sebepten dolayı belirlenmiş hücre popülasyonunun analizi için daha uygun metotların çıkarılması gerekmektedir. SAGE Yapım Aşamaları • Boncuklarla RNAs yakalanması • cDNA içinde RNA nın çevrilmesi • Bir kısımda iki tane tag bulunur • Di-tag ın PCR ile milyonlarca kopyası yapılır • Uzun bir concatamer içindeki modüller ve yapışkan Di-tag birlikte uzaklaştırılır • Concatamerler bakteri içine konur ve milyonlarca kopyası elde edilir. • En iyi konsatamerler bulunur ve dizilemesi yapılır • Kaç tane cDNA olduğunun belirlenmesi bilgisayar ortamında yapılır ve sayılır • RNA dan elde edilen gen ile herbir tag ın dizisi eşleştirilir
Description:The list of books you might like
