Réseau d'épidémiosurveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales

168 Pages·2015·7.93 MB·French

Résapath
Réseau
d’épidémiosurveillance
de l’antibiorésistance
des bactéries
pathogènes animales
Bilan 2014
Novembre 2015 Édition scientifique

Résapath
Réseau
d’épidémiosurveillance
de l’antibiorésistance
des bactéries
pathogènes animales
Bilan 2014
Novembre 2015 Édition scientifique

SOMMAIRE

A retenir .................................................................................................................................................................. 3
Introduction ............................................................................................................................................................. 5
PARTIE 1 RESULTATS PAR ESPECE ANIMALE ..................................................................................................... 7
I – SOURCE DES DONNEES 2014 ..................................................................................................................................... 9
II – RUMINANTS ........................................................................................................................................................ 13
1 – Bovins ................................................................................................................................................ 13
2 – Ovins .................................................................................................................................................. 17
3 – Caprins............................................................................................................................................... 18
III – PORCS ............................................................................................................................................................... 19
IV – VOLAILLES .......................................................................................................................................................... 21
V – LAPINS ............................................................................................................................................................... 22
VI – POISSONS .......................................................................................................................................................... 23
VII – EQUIDES ........................................................................................................................................................... 24
VIII – CARNIVORES DOMESTIQUES................................................................................................................................. 26
1 – Chiens ................................................................................................................................................ 26
2 – Chats.................................................................................................................................................. 29
IX – AUTRES ESPECES .................................................................................................................................................. 30
PARTIE 2 FOCUS ............................................................................................................................................. 31
I – E. COLI - TENDANCES ENTRE 2006 ET 2014 : C3G/C4G ET FLUOROQUINOLONES ............................................................... 33
II – E. COLI - TENDANCES ENTRE 2006 ET 2014 : AUTRES ANTIBIOTIQUES ............................................................................ 38
III – ANALYSE DE LA MULTI-RESISTANCE CHEZ E. COLI ........................................................................................................ 41
IV – RESISTANCE A LA COLISTINE EN MEDECINE VETERINAIRE ............................................................................................... 45
V – RESISTANCE AUX C3G : INFECTION OU PORTAGE, QUELS ENSEIGNEMENTS ? .................................................................... 47
VI – UNE SOUS-POPULATION DU SARM CC398 : UN DANGER POUR L’HOMME ? ................................................................. 48
VII – PSEUDOMONAS AERUGINOSA CHEZ L’ANIMAL : UNE BACTERIE COMMENSALE ENCOMBRANTE ............................................ 49
PARTIE 3 INDICATEURS DE PERFORMANCE .................................................................................................... 51
INDICATEURS DE PERFORMANCE DU RESAPATH ................................................................................................................ 53
Résultats des indicateurs de performance entre 2010 et 2014 ............................................................... 54
ANNEXES ........................................................................................................................................................ 57
Annexe 1 Participants au Résapath ........................................................................................................ 57
Annexe 2 Bovins ...................................................................................................................................... 63
Annexe 3 Ovins ........................................................................................................................................ 81
Annexe 4 Caprins ..................................................................................................................................... 89
Annexe 5 Porcs ........................................................................................................................................ 97
Annexe 6 Volailles ................................................................................................................................. 107
Annexe 7 Lapins .................................................................................................................................... 115
Annexe 8 Poissons ................................................................................................................................. 121
Annexe 9 Equidés .................................................................................................................................. 125 4
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Annexe 10 Chiens .................................................................................................................................. 137 0
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Annexe 11 Chats .................................................................................................................................... 149 n
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Annexe 12 Publications à partir des données et des souches du réseau ............................................... 157 bil
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A RETENIR

 Le périmètre du Résapath augmente encore en 2014 (progression ininterrompue
depuis 2005). En 2014, il compte 69 laboratoires adhérents (67 en 2013) et a collecté
36 989 antibiogrammes (33 428 en 2013).

 La répartition des antibiogrammes par espèce animale est la suivante : bovins
(27,7 %), volaille (22,2 %) et chiens (18,9 %). Les équidés restent en 4ème position (8,9 %),
suivis des porcs (7,6 %) et des chats (5,2 %).

 Antibiotiques critiques (E. coli):

o Résistance aux C3G/C4G :
 les taux les plus élevés se situent entre 5% et 10 % et concernent les
veaux, les chiens et les chats ainsi que les équidés. Dans les autres
espèces animales, ce taux est égal ou inférieur à 5% (notamment
poules/poulets, porcs et dindes)
 une décroissance importante est observée ces dernières années chez
les poules/poulets, porcs et dindes, ce qui est un résultat majeur. Pour
rappel, les filières volailles présentaient des taux de 22,5 % en 2010
 la dynamique des tendances est variable :
 une baisse est observée chez les carnivores domestiques
(notamment le chien pour la 2ème année) ;
 une stabilisation est observée chez les équidés ;
 une hausse est observée chez les veaux, qui constituent le
principal point de préoccupation cette année. Egalement, il
convient de rappeler que la résistance à la cefquinome reste
deux fois plus élevée que celle au ceftiofur.

o Résistance aux fluoroquinolones :
 les taux de résistance aux fluroquinolones sont globalement plus élevés
que ceux aux C3G/C4G. A titre d’exemple, malgré les tendances à la
baisse, le taux est supérieur à 20% chez les bovins, supérieur à 15% chez
le chien et supérieur à 10% chez le porc ;
 une tendance globale à la baisse (bovins, chiens) ou à la stabilisation
(autres espèces) est observée ;
 le taux est faible (autour de 5%) chez les poules/poulets, dindes et
équidés.

 Autres antibiotiques : des tendances à la baisse de la résistance sont observées
depuis 2006 pour la plupart des antibiotiques et dans toutes les filières. Le constat se
poursuit en 2014.

 On observe une tendance générale à la baisse de la multirésistance (filières de
production). L’analyse est faite sur 5 antibiotiques (ceftiofur, gentamicine,
tétracycline, enrofloxacine ou marbofloxacine, association triméthoprime-sulfamides).
Le taux de multirésistance varie néanmoins selon les espèces animales, il est
notamment supérieur chez les bovins, les porcs, les chevaux et les chiens, plus faible
dans les filières avicoles.
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 Homme-animal : la problématique diffère selon la bactérie. Des clones humains de n
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SARM sont retrouvés chez l’animal de compagnie tandis que ce sont principalement bil
des plasmides (dont ceux conférant une résistance aux C3G/C4G) qui peuvent l’être -
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pour les entérobactéries. Tr
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• Le S. aureus résistant à la méticilline (SARM) est très rarement isolé de prélèvements
infectieux animaux en France. En effet :

le taux le plus élevé est de l’ordre de 5 %, il est trouvé chez les équidés. Le
o
clone le plus représenté est le clone ST398
il est quasi inexistant chez les bovins (y compris le nouveau variant mecC) et
o
en proportion très faible chez les poules et poulets
chez le porc, la faible fréquence des infections à S. aureus ne permet pas de
o
quantifier la proportion de SARM dans le cadre du Résapath. Par ailleurs, cette
résistance a surtout été décrite en portage chez le porc, y compris en France
chez le chien, la proportion de SARM est très faible (1-2 %), et la plupart sont
o
des clones humains. En revanche, le gène mecA est retrouvé de façon
importante chez Staphylococcus pseudintermedius, pathogène majeur du
chien (15-20 % des souches)

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INTRODUCTION

En 2014, le Résapath poursuit encore sa progression, ininterrompue depuis 2005 !

En 33 ans de surveillance des bactéries pathogènes en France, ce réseau s’est pleinement imposé dans
le paysage de l’antibiorésistance animale. Sa capacité à étendre son périmètre aux principales espèces a
consolidé sa légitimité, depuis les bovins en 1982, le porc et la volaille en 2001, ou les chiens, chats et chevaux
en 2007. La qualité des données produites est le résultat d’une vigilance constante des acteurs à maîtriser les
méthodes d’analyse et en interpréter les résultats au regard des connaissances scientifiques les plus actuelles.
Ces efforts sont donc ceux de tous et en premier lieu des laboratoires adhérents. Le rapport Résapath est
chaque année le fruit de ce travail. Qu’ils soient tous très vivement remerciés de leur rigueur méthodologique
et scientifique et de la dynamique collective de cohésion qui les caractérise.

Cet enjeu d’avenir si important qu’est l’évolution de l’antibiorésistance des bactéries animales et
humaines nécessite évidemment une approche intégrée de toutes les médecines, et le Résapath contribue à
cette vision. Membre de l’Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux
antibiotiques (ONERBA), qui fédère plusieurs réseaux de surveillance de l’antibiorésistance humaine en France,
le Résapath est un point de jonction évident entre les données vétérinaires et médicales. Egalement, les
travaux moléculaires menés en collaboration avec les Centres Nationaux de Référence permettent de faire les
indispensables constats de l’identité (ou non) des bactéries, des clones ou des mécanismes de résistance qui
circulent chez l’Homme et chez l’animal. Ces constats sont essentiels à la compréhension fine de ce qui est
commun et de ce qui ne l’est pas et sont donc une aide précieuse pour une décision publique ciblée et efficace.

Chacun le sait, l’action politique pour une réduction des niveaux de résistance chez l’animal est très
fortement engagée en France. Le Plan national de réduction des risques d’antibiorésistance chez l’animal
(EcoAntibio) porte largement ces enjeux. Egalement, une auto-saisine Anses sur les risques d’émergence de
l’antibiorésistance animale a rendu ses conclusions en 2014 et s’inscrit dans cette dynamique. Dans ce paysage,
le Résapath se doit de fournir le meilleur état des lieux de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes chez
l’animal, pour contribuer le plus efficacement possible à la définition des choix stratégiques en matière
d’utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire. Le Résapath est, rappelons-le, pilote de la mesure n°11
du plan EcoAntibio. Ce réseau permet aussi la comparaison des données moléculaires animales et humaines,
notamment sur les grands enjeux partagés (bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) chez les entérobactéries,
résistance à la méticilline chez les staphylocoques (SARM), …). Enfin, en Europe, les insuffisances en matière de
surveillance de l’antibiorésistance des pathogènes animaux sont de plus en plus pointées du doigt. Soyons fiers
que le succès du Résapath contribue à ces réflexions au-delà des frontières nationales.

Des diminutions de la résistance aux antibiotiques critiques sont encore à souligner cette année. A
titre d’exemple, chez les poules et poulets, la résistance des E. coli aux céphalosporines de 3ème et 4ème
générations est passée de 22,5 % en 2010 à 5,1 % en 2014. Cette tendance est également observée dans la
quasi-totalité des espèces animales. En parallèle (et de façon liée), la multirésistance bactérienne animale
recule aussi. Tous ces résultats sont donc positifs, et sont à mettre à l’actif de la mobilisation de tous les
acteurs. Ces résultats ont également été soulignés par la médecine humaine.

Le rapport Résapath offre à nouveau une large part aux données brutes, chacun peut ainsi disposer
d’une vision de détail sur les principales variables d’intérêt (antibiotiques, pathologies, espèces
bactériennes, …). Une partie spécifique présente plusieurs focus, sur des points d’émergences ou de tendances.
Enfin, une troisième partie intègre les résultats d’indicateurs de performances, qui permettent de s’assurer que 4
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le Résapath fonctionne conformément aux attentes de tous. 0
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Encore merci à tous et bonne lecture ! bil
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