Registro de hifomicetos acuáticos para la región andinoamazónica colombiana

2013·1.7 MB·

by  Ruiz-Chala, Gustavo A

B C
iota olomBiana
ISSN 0124-5376 Volumen 14 Número 2 Julio - diciembre de 2013
Conservación de la biodiversidad asociada con centrales hidroeléctricas. Veinte
años de resultados en el proyecto Central Hidroeléctrica Miel I - Hongos
macroscópicos en un bosque de niebla intervenido, vereda Chicoral, Valle del
Cauca, Colombia - Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-
amazónica colombiana - Lista de las diatomeas continentales de Colombia
- Plantas acuáticas: aspectos sobre su distribución geográfica, condición de
maleza y usos - Chinches acuáticas de la superfamilia Nepoidea (Hemiptera:
Nepomorpha) de Colombia: nuevos registros para Suramérica y ampliación de su
distribución en el país - Avispas sociales (Vespidae: Polistinae) de tres ecosistemas
del departamento de Sucre, Colombia - El garcero de Las Cadenas, Casanare,
Colombia - Lista anotada de aves del litoral de San Andrés de Tumaco, Nariño
(Colombia) - Listado actualizado de las aves endémicas y casi-endémicas de
Colombia - Peces de la cuenca del río Pauto, Orinoquia colombiana - La colección
ictiológica del Museo de La Salle (MLS) Universidad de la Salle, Bogotá, D. C. -
Evaluación del impacto de las medidas de conservación del Libro rojo de peces
dulceacuícolas (2002 - 2012) en Colombia - First observation of the Chocoan blunt-
headed vine snake, Imantodes chocoensis (Serpentes: Dipsadidae) for Colombia.
Conservación de la biodiversidad asociada con centrales hidroeléctricas. Veinte años
de resultados en el proyecto Central Hidroeléctrica Miel I - Hongos macroscópicos
en un bosque de niebla intervenido, vereda Chicoral, Valle del Cauca, Colombia
- Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-amazónica colombiana
- Lista de las diatomeas continentales de Colombia - Plantas acuáticas: aspectos
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Nota

Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-
amazónica colombiana
Gustavo A. Ruiz-Chala y Marlon Peláez-Rodríguez
Resumen
Estudios al respecto de la micota acuática son escasos en Colombia e inexistentes en la región Andino Amazónica,
la cual se caracteriza por ser una transición entre los Andes y la llanura Amazónica, con abundantes ecosistemas
fluviales, como es el caso del río Hacha, principal cuerpo hídrico para la ciudad de Florencia (Caquetá) ya
que sus aguas tienen usos, principalmente, como: captación, recreación, pesca y, un uso menos noble como
depositario de las aguas residuales de la ciudad. Teniendo en cuenta lo anterior se propuso la pasantía de
investigación “Composición fúngica y su relación con los niveles de contaminación orgánica en ecosistemas
acuáticos Andino-Amazónicos, estudio de caso río Hacha (Florencia-Caquetá)”, en la cual hasta la fecha se han
encontrado como primer registro seis especies (Pestalotia De Not, Triscelophorus monosporus, Campylospora
chaetocladia, Campylospora filicladia Nawawi, Mycofalcella calcarata y Flabellospora acuminata).
Palabras clave. Diversidad fúngica. Ecosistemas acuáticos. Hifomicetos.
Abstract
Studies concerning the aquatic hyphomycetes are rare in Colombia and non-existent in the Andean region
Amazon, which is characterized as a transition between the Andes and the Amazon plain, with abundant river
ecosystems, as in the case of the Hacha River, the main body of water for the city of Florencia (Caquetá) since
its waters have multiple uses, mainly as: catchment, recreation, fishing and a less noble use as the depositary of
the sewage from the city. Taking into account the proposed the research internship “Fungal composition and its
relationship with the levels of organic contamination in aquatic ecosystems Amazon, case study Hacha River
(Florencia-Caquetá)”, which to date has found the first record of six species (Pestalotia De Not, Triscelophorus
monosporus, Campylospora chaetocladia, Campylospora filicladia Nawawi, Mycofalcella calcarata and
Flabellospora acuminata).
Key words. Fungal diversity. Aquatic ecosystems. Hyphomycetes.
La región andino amazónica es una zona de transición de especialistas en el área y los problemas de índole
entre los Andes y la llanura amazónica; esta sociopolíticos. Un peligro inminente, que agravaría
ubicación le confiere abundancia de fuentes hídricas esta situación, es la exploración minero petrolera que
y por lo tanto un alto potencial de biodiversidad. avanza en la región amazónica. Lo preocupante es
En contraposición, son los ecosistemas hídricos que algunos de estos ecosistemas ya presentan señales
menos estudiados de la gran cuenca amazónica, de contaminación, como es el caso del río Hacha,
posiblemente por esta misma abundancia, por la falta principal curso hídrico para la ciudad de Florencia,
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Ruiz-Chala y Peláez-Rodríguez Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-amazónica colombiana
ya que sus aguas tienen usos, entre otros, de captación Pestalotia De Not (Figura 1A)
para agua potable (abastecen el 70% del agua para la
Conidio 30x5 µm; tres células pigmentadas con un
consumo en la ciudad), recreación y un uso menos
total de longitud 20 µm; conidios de 2-3 células
noble, como es, depositario de las aguas residuales de
centrales, con tres brazos que se desprenden de la
la ciudad (Peláez et al. 2008).
célula basal.
A través del grupo de investigación en Calidad y
Preservación de Ecosistemas Acuáticos (CAPREA- Triscelophorus monosporus (Figura 1B)
Universidad de la Amazonia), se han abordado tópicos
Hongo acuático, con ramificaciones, micelio septado;
en la ecología de este río como la caracterización
conidióforo simple y fino; conidio apical ramificado
física, química y biológica de sus aguas (Saldaña y
solitario, consiste de tres brazos divergentes delgados
Ome 2005), carga contaminante (Peláez et al. 2006),
derivados de la parte inferior del eje principal, hialino;
el impacto del uso de la tierra sobre el recurso hídrico
saprofitico en la descomposición de las hojas en los ríos.
(Peláez et al. 2008) y pesquerías (Gaspar et al. 2012).
Pero hay un componente muy importante que aún
no se aborda en este tipo de ecosistemas no solo en Campylospora chaetocladia (Figura 1C)
nuestra región, sino en Colombia, como es el estudio
Conidio con varias ramificaciones, de diferente
de la micota acuática (hongos), la cual interviene en
morfología, elementos cilíndricos relativamente
los procesos de descomposición y estabilización de
largos, abarca hasta 70 µm, con cuatro largas
la materia orgánica de los cursos y cuerpos de agua,
extensiones y el cuerpo conidial está compuesta de
llevando a un desconocimiento del papel que juegan
dos partes, se han hallado en Venezuela (Da Silva y
estos microorganismos en la estructura y metabolismo
Smits 2011).
de los ecosistemas acuáticos.
Entre la biota fúngica se encuentran los hifomicetos, Campylospora filicladia Nawawi (Figura 1D)
los cuales son hongos imperfectos microscópicos,
El conidio consiste de dos partes distintas. Las dos
importantes en la degradación de la materia orgánica
partes consisten de cuatro células, a diferencia que la
presente en el agua (Watanabe 2002, Da Silva y Smits
segunda parte es de forma triangular. Esta especie ha
2009, 2011 y Luna-Fontalvo 2009). Según Gulis y
sido encontrada en Nigeria (Ingold 1959. en: Santos y
Suberkropp (2007), los hifomicetos se caracterizan
porque aproximadamente el 80% se reproducen a Betancourt 1994), Venezuela (Da Silva y Smits 2011)
través de estructuras especializadas llamadas conidios y Japón (Miura 1974 . en: Santos y Betancourt, 1994).
(siendo tetraradiados, con varios brazos o filiformes).
Mycofalcella calcarata (Figura 1E)
Teniendo en cuenta la importancia de este grupo y
Conidio de forma simple, filiforme, cicatriz de
el desconocimiento total de la biota fúngica presente
en los ecosistemas hídricos andino amazónicos desprendimiento en la base de conidios, extensión basal
colombianos, se está desarrollando el proyecto excéntrico, frecuente o ausente, conidios septadas,
Composición fúngica y su relación con los niveles diversamente curvada hialino y típicamente largo.
de contaminación orgánica en ecosistemas acuáticos
andino-amazónicos, estudio de caso río Hacha
Flabellospora acuminata (Figura 1F)
(Florencia-Caquetá), en el cual hasta la fecha se
han encontrado, en espuma del agua de este río, seis Conidio con nueve ramificaciones inversamente
especies de hifomicetos. A continuación se presenta claviforme tiene forma circular, ramificaciones, cada
el registro fotográfico, se hace una breve descripción ramificación tiene de 5-8 células con un apéndice
de la morfología de sus conidios y su distribución, acuminado. Según Santos-Flores et al. (1995), este
según registros de presencia de las especies colectadas conidio mide 30-120 µm y se ha registrado para
(Santos y Betancourt 1994). Puerto Rico y para Venezuela (Da Silva y Smits
2011).
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Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-amazónica colombiana Ruiz-Chala y Peláez-Rodríguez
Figura 1. Hifomicetos encontrados en el río Hacha.
A. Pestalotia de Not. B. Triscelophorus monosporus.
C. Campylospora chaetocladia. D. Campylospora filicladia
Nawawi. E. Mycofalcella calcarata. F. Flabellospora acuminate.
Literatura citada
Da Silva-Fernández, R. y G. Smits-Briedis. 2009. Registro Cap. 15. Pp. 311-325. En: Hauer, F. R. y G. A. Lamberti
de la presencia de hifomicetos acuáticos en ríos de la (Eds.). Methods in Stream Ecology.
cordillera de la Costa, Venezuela. Revista Interciencia
Luna-Fontalvo, J. 2009. Hongos anamórficos acuáticos
34 (8): 589-592. asociados a la hojarasca en el río Gaira de la costa del
Da Silva-Fernández, R. y G. Smits-Briedis. 2011. Caribe colombiano. Revista Intropica 4: 41-46.
Hifomicetos acuáticos de la cabecera del río Guárico, Peláez R., M., L. H. García y G. C. Méndez. 2006. Ca-
estado Carabobo, Venezuela. Revista Interciencia 36 racterización y cuantificación de la carga contaminante
(11): 831-834. transportada por el río Hacha (Florencia-Caquetá). Neo-
limnos 1: 17- 28.
Gaspar, S., I. Tobes, R. Miranda, P. M. Leunda y M. Peláez.
2012. Length-weight relationships of sixteen freshwater Peláez R., M., M. G. Saldaña y Y. X. Ome. 2008. Impactos
fishes from the Hacha River and its tributaries (Amazon del uso de la tierra sobre los ríos andino-amazónicos. Es-
Basin, Caquetá, Colombia). Journal of Applied tudio de caso cuenca río Hacha, Colombia. Pp. 247-260.
En: Volpedo A. V. y L. Fernández (Eds). Efecto de los
Ichthyology 28: 667–670.
cambios globales sobre la biodiversidad. CYTED - Pro-
Gulis, V. y K. F. Suberkropp. 2007. Fungi: Biomass, grama Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el
Production and Sporulation of Aquatic Hyphomycetes. Desarrollo. Argentina.
338
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Ruiz-Chala y Peláez-Rodríguez Registro de hifomicetos acuáticos para la región andino-amazónica colombiana
Santos-Flores, C. y C. Betancourt-López. 1994. Aquatic Saldaña, M. G. y Y. X. Ome. 2005. Evaluación de la
Hyphomycetes (Deuteromycotina) from rio Loco at calidad del agua del río Hacha (Florencia Caquetá) con
Susúa state Forest, Puerto Rico. Caribbean Journal of énfasis en el contenido de carga orgánica y la aplicación
Science 30 (3-4): 262-267. de bioindicadores. Programa de Ingeniería. Universidad
de la Amazonia. Florencia, 77 pp.
Santos-Flores, C., C. Betancourt-López y A. M. Nieves-
Rivera. 1995. Hyphomycetes with Multiradiate Conidia Watanabe, T. 2002. Pictorial Atlas of Soil and Seed Fungi:
in Stream Foam from Puerto Rico. Caribbean Journal Morphologies of cultured Fungi and Key to Species.
of Science 31(1-2): 49-56. 2da. Ed., CRC Press, USA, 486 pp.
Gustavo A. Ruiz-Chala Registro de hifomicetos acuáticos para la región
Grupo de Investigación Calidad y Preservación de Ecosistemas andino - amazónica colombiana.
Acuáticos (CAPREA)
Universidad de la Amazonia (Florencia-Caquetá)
[email protected]
Marlon Peláez-Rodríguez
Grupo de Investigación Calidad y Preservación de Ecosistemas
Acuáticos (CAPREA)
Universidad de la Amazonia (Florencia-Caquetá) Recibido: 18 de junio de 2013
[email protected] Aprobado: 29 de noviembre de 2013
339
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Guía para autores - Artículos de datos
Guía para autores - Artículos de datos
www.humboldt.org.co/biota - [email protected] | www.sibcolombia.net - [email protected]
El objetivo de esta guía es establecer y explicar los pasos es utilizado dentro de la comunidad de autores que publican
necesarios para la elaboración de un manuscrito con el potencial conjuntos de datos sobre biodiversidad para estructurar los datos y
de convertirse en artículo de datos para ser publicado en la revista de esta manera poder consolidarlos e integrarlos desde diferentes
Biota Colombiana. En esta guía se incluyen aspectos relacionados fuentes a nivel global. No se recomienda someter manuscritos
con la preparación de datos y el manuscrito. que describan conjuntos de datos secundarios, como por ejemplo
compilaciones de registros biológicos desde fuentes secundarias
¿Qué es un artículo de datos? (p.e. literatura o compilaciones de registros ya publicados en redes
como GBIF o IABIN).
Un artículo de datos o Data Paper es un tipo de publicación
académica que ha surgido como mecanismo para incentivar la
Preparación de los datos
publicación de datos sobre biodiversidad, a la vez que es un medio
para generar reconocimiento académico y profesional adecuado Como se mencionó anteriormente los datos sometidos dentro
a todas las personas que intervienen de una manera u otra en la de este proceso deben ser estructurados en el estándar DwC.
gestión de información sobre biodiversidad. Para facilitar su estructuración, el Sistema de Información sobre
Biodiversidad de Colombia (SiB Colombia), ha creado dos
Los artículos de datos contienen las secciones básicas de un artículo plantillas en Excel, una para registros biológicos y otra para
científico tradicional. Sin embargo, estas se estructuran de acuerdo
listas de especies. Lea y siga detenidamente las instrucciones de
a un estándar internacional para metadatos (información que le da
las plantillas para la estructuración de los datos a publicar. Para
contexto a los datos) conocido como el GBIF Metadata Profile
cualquier duda sobre el proceso de estructuración de estos datos
(GMP)1. La estructuración del manuscrito con base en este estándar
por favor contactar al equipo coordinador del SiB Colombia (EC-
se da, en primer lugar, para facilitar que la comunidad de autores
SiB) en [email protected].
que publican conjuntos de datos a nivel global, con presencia en
redes como la Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
Preparación del manuscrito
y otras redes relacionadas, puedan publicar fácilmente artículos
de datos obteniendo el reconocimiento adecuado a su labor. En Para facilitar la creación y estructuración del manuscrito en el
segundo lugar, para estimular que los autores de este tipo de estándar GMP, se cuenta con la ayuda de un editor electrónico
conjuntos de datos que aún no han publicado en estas redes de (http://ipt.sibcolombia.net/biota) que guiará al autor en dicho
información global, tengan los estímulos necesarios para hacerlo. proceso y que finalmente generará una primera versión del
manuscrito. Se recomienda el uso del manual GMP, como una
Un artículo de datos debe describir de la mejor manera posible
guía de la información a incluir en cada sección del manuscrito,
el quién, qué, dónde, cuándo, por qué y cómo de la toma y
junto con el anexo 1.
almacenamiento de los datos, sin llegar a convertirse en el medio
para realizar un análisis exhaustivo de los mismos, como sucede Pasos a seguir para la elaboración del manuscrito:
en otro tipo de publicaciones académicas. Para profundizar en este
1 Solicite al correo [email protected] el acceso al editor
modelo de publicación se recomienda consultar a Chavan y Penev
electrónico. El EC-SiB le asignará un usuario y contraseña.
(2011)2.
2. Ingrese con su usuario y contraseña al editor electrónico, luego
¿Qué manuscritos pueden llegar a ser artículos de datos? diríjase a la pestaña Gestión de recursos y cree un nuevo recurso
asignando un nombre corto a su manuscrito usando el formato
Manuscritos que describan conjuntos de datos primarios y
“AcrónimoDeLaInstitución_año_tipoDeConjuntoDeDatos”,
originales que contengan registros biológicos (captura de datos
p.e. ABC_2010_avestinije y dar clic en el botón crear.
de la presencia de un(os) organismo(s) en un lugar y tiempo
determinados); información asociada a ejemplares de colecciones 3. En la vista general del editor seleccione “editar” en la pestaña
biológicas; listados temáticos o geográficos de especies; datos Metadatos (por favor, no manipule ningún otro elemento), allí
genómicos y todos aquellos datos que sean susceptibles de ser encontrará diferentes secciones (panel derecho) que lo guiarán
estructurados con el estándar Darwin Core3 (DwC). Este estándar en la creación de su manuscrito. Guarde los cambios al finalizar
1 Wieczorek, J. 2011. Perfil de Metadatos de GBIF: una guía de referencia rápida. En: Wieczorek, J. The GBIF Integrated Publishing Toolkit User
Manual, version 2.0. Traducido y adaptado del inglés por D. Escobar. Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, Bogotá D.C.,
Colombia, 23p. Disponible en http://www.sibcolombia.net/repositorio-de-documentos.
2 Chavan, V. y L. Penev. 2011. The data paper: The mechanism to incentivize data publishing in biodiversity science. BMC Bioinformatics 12 (Suppl
15): S2.
3 TDWG. 2011. Darwin Core: una guía de referencia rápida. (Versión original producida por TDWG, traducida al idioma español por Escobar, D.;
versión 2.0). Bogotá: SiB Colombia, 33 pp. Disponible en http://www.sibcolombia.net/repositorio-de-documentos
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Guía para autores - Artículos de datos
cada sección, de lo contrario perderá la información. Recuerde 4. Rectifique que el formato de la información suministrada
usar el manual GMP. A continuación se presentan algunas cumpla con los lineamientos de la revista (p. ej. abreviaturas,
recomendaciones para la construcción del manuscrito. Las unidades, formato de números etc.) en la Guía general para
secciones se indican en MAYUSCULAS y los elementos de autores de Biota Colombiana.
dichas secciones en negrilla.
5. Una vez incluida y verificada toda la información en el editor
• En PARTES ASOCIADAS incluya únicamente aquellas electrónico notifique al EC-SiB al correo electrónico sib+iac@
personas que no haya incluido en INFORMACIÓN humboldt.org.co, indicando que ha finalizado la edición del
BÁSICA. manuscrito. Adicionalmente adjunte la plantilla de Excel con
los datos estructurados (elimine todas las columnas que no
• Los DATOS DEL PROYECTO y DATOS DE LA
utilizó). El EC-SiB realizará correcciones y recomendaciones
COLECCIÓN son opcionales según el tipo de datos. En caso
finales acerca de la estructuración de los datos y dará las
de usar dichas secciones amplíe o complemente información
instrucciones finales para que usted proceda a someter el
ya suministrada, p. ej. no repita información de la descripción
artículo.
(COBERTURA GEOGRÁFICA) en la descripción del área
de estudio (DATOS DEL PROYECTO).
Someter el manuscrito
• De igual manera, en los MÉTODOS DE MUESTREO,
debe ampliar o complementar información, no repetirla. Una vez haya terminado la edición de su manuscrito y recibido
La información del área de estudio debe dar un contexto las instrucciones por parte del EC-SIB, envíe una carta al correo
específico a la metodología de muestreo. electrónico [email protected] para someter su artículo,
siguiendo las instrucciones en la Guía general para autores de
• Es indispensable documentar el control de calidad en
Biota Colombiana.
MÉTODOS DE MUESTREO. Acá se debe describir que
herramientas o protocolos se utilizaron para garantizar Recuerde adjuntar:
la calidad y coherencia de los datos estructurados con el • Plantilla de Excel con la última versión de los datos revisada
estándar DwC. por el EC-SiB.
• Para crear la referencia del recurso, en la sección • Documento de Word con las figuras y tablas seguidas de una
REFERENCIAS, utilice uno de los dos formatos propuestos lista las mismas.
(Anexo 2). No llene el identificador de la referencia, este
será suministrado posteriormente por el EC-SiB. Cuando finalice el proceso, sus datos se harán públicos y de libre
• Para incluir la bibliografía del manuscrito en referencias, acceso en los portales de datos del SiB Colombia y GBIF. Esto
ingrese cada una de las citas de manera individual, añadiendo permitirá que sus datos estén disponibles para una audiencia
una nueva referencia cada vez haciendo clic en la esquina nacional e internacional, manteniendo siempre el crédito para los
inferior izquierda. autores e instituciones asociadas.
Anexo 1. Estructura base de un artículo de datos y su correspondencia con el editor electrónico basado en el GMP.
SECCIÓN/SUBSECCIÓN CORRESPONDENCIA CON LOS ELEMENTOS DEL EDITOR ELECTRÓNICO
TíTulo Derivado del elemento título.
AuTores Derivado de los elementos creador del recurso, proveedor de los metadatos y partes asociadas.
AfiliAciones Derivado de los elementos creador del recurso, proveedor de los metadatos y partes asociadas.
De estos elementos, la combinación de organización, dirección, código postal, ciudad, país y
correo electrónico, constituyen la afiliación.
AuTor de conTAcTo Derivado de los elementos creador del recurso y proveedor de los metadatos.
ciTAción Para uso de los editores.
ciTAción dele recurso Derivada del elemento referencia del recurso.
resumen Derivado del elemento resumen. Máximo 200 palabras.
PAlAbrAs clAve Derivadas del elemento palabras clave. Máximo seis palabras.
AbsTrAcT Derivado del elemento abstract. Máximo 200 palabras.
Key words Derivadas del elemento key words. Máximo seis palabras.
inTroducción Derivado del elemento propósito (de las secciones Introducción y Antecedentes). Se sugiere un
breve texto para introducir las siguientes secciones. Por ejemplo, historia o contexto de la colección
biológica o proyecto en relación con los datos descritos, siempre y cuando no se repita información
en las subsecuentes secciones.
352
Biota ColomBiana 14 (2) 2013
Guía para autores - Artículos de datos
cont. Anexo 1. Estructura base de un artículo de datos y su correspondencia con el editor electrónico basado en el GMP.
SECCIÓN/SUBSECCIÓN CORRESPONDENCIA CON LOS ELEMENTOS DEL EDITOR ELECTRÓNICO
Datos del proyecto Derivada de los elementos de la sección Datos del proyecto: título, nombre, apellido, rol, fuentes
de financiación, descripción del área de estudio y descripción del proyecto.
Cobertura taxonómica Derivada de los elementos de la sección Cobertura taxonómica: descripción, nombre científico,
nombre común y categoría.
Cobertura geográfica Derivada de los elementos de la sección Cobertura geográfica: descripción, latitud mínima,
latitud máxima, longitud mínima, longitud máxima.
Cobertura temporal Derivada de los elementos de la sección Cobertura temporal: tipo de cobertura temporal.
Datos de la colección Derivada de los elementos de la sección Datos de la colección: nombre de la colección,
identificador de la colección, identificador de la colección parental, método de preservación
de los especímenes y unidades curatoriales.
mATeriAl y méTodos Derivado de los elementos de la sección Métodos de muestreo: área de estudio, descripción del
muestreo, control de calidad, descripción de la metodología paso a paso.
resulTAdos
Descripción del conjunto de datos Derivado de los elementos de las secciones Discusión y Agradecimientos, contiene información
del formato de los datos y metadatos: nivel de jerarquía, fecha de publicación y derechos de
propiedad intelectual.
Discusión Se deriva del elemento discusión. Un texto breve (máximo 500 palabras), que puede hacer
referencia a la importancia, relevancia, utilidad o uso que se le ha dado o dará a los datos en
publicaciones existentes o en posteriores proyectos.
AgrAdecimienTos Se deriva del elemento agradecimientos.
bibliogrAfíA Derivado del elemento bibliografía.
Anexo 2. Formatos para llenar el elemento referencia del recurso.
La referencia del recurso es aquella que acompañará los datos descritos por el artículo, públicos a través de las redes SiB Colombia y GBIF.
Tenga en cuenta que esta referencia puede diferir de la del artículo. Para mayor información sobre este elemento contacte al EC-SiB. Aquí
se sugieren dos formatos, sin embargo puede consultar otros formatos establecidos por GBIF4.
TIPO DE RECURSO PLANTILLA EJEMPLO
El conjunto de datos que <Institución publicadora/ Grupo de investigación> Centro Nacional de Biodiversidad (2013). Vertebra-
el manuscrito describe es <(Año)>, <Título del recurso/Artículo>. <Número dos de la cuenca de la Orinoquia. 1500 registros,
resultado de un proyecto total de registros>, <aportados por:> <parte aportados por Pérez, S. (Investigador principal,
de carácter institucional asociada 1 (rol), parte asociada 2 (rol) (…)>. <En proveedor de contenidos, proveedor de metadatos),
o colectivo con múltiples línea,> <url del recurso>. <Publicado el DD/MM/ M. Sánchez (Procesador), D. Valencia (Custodio,
participantes. AAAA>. proveedor de metadatos), R. Rodríguez (Procesa-
dor), S. Sarmiento (Publicador), V. B. Martínez
(Publicador, editor). En línea, http://ipt.sibcolom-
bia.net/biota/resource.do?r=verte_orin, publicado el
01/09/2013.
El conjunto de datos que <Parte asociada 1, parte asociada 2 (…)> Valencia, D., R. Rodríguez y V. B. Martínez
el manuscrito describe es <(Año)>, <Título del recurso/Artículo>, <Número (2013). Vertebrados de la cuenca del Orinoco. 1500
resultado de una iniciativa total de registros>, <en línea,> <url del recurso>. registros, en línea, http://ipt.sibcolombia.net/biota/
personal o de un grupo de <Publicado el DD/MM/AAAA> resource.do?r=verte_orin. Publicado el 01/09/2001.
investigación definido.
4 GBIF (2012). Recommended practices for citation of the data published through the GBIF Network. Version 1.0 (Authored by Vishwas Chavan),
Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. Pp.12, ISBN: 87-92020-36-4. Accessible at http://links.gbif.org/gbif_best_practice_data_citation_
en_v1
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Biota ColomBiana 14 (2) 2013
Gudelines for authors - Data Papers
Guidelines for authors - Data Papers
www.humboldt.org.co/biota - [email protected] | www.sibcolombia.net - [email protected]
The purpose of this guide is to establish and explain the necessary globally. It is not recommended to submit manuscripts describing
steps to prepare a manuscript with the potential to become a secondary datasets, such as biological records compilations from
publishable data paper in Biota Colombiana. This guide includes secondary sources (e.g. literature or compilations of records
aspects related to the preparation of both data and the manuscript. already published in networks such as GBIF or IABIN).
What is a Data Paper? Dataset preparation
A data paper is a scholarly publication that has emerged as a As mentioned above data submitted in this process should be
mechanism to encourage the publication of biodiversity data structured based on DwC standard. For ease of structuring, the
as well as an approach to generate appropriate academic and Biodiversity Information System of Colombia (SiB Colombia),
professional recognition to all those involved in in the management created two templates in Excel; one for occurrences and other
of biodiversity information. for species checklist. Carefully read and follow the template
instructions for structuring and publishing data. For any questions
A data paper contains the basic sections of a traditional scientific about the structure process of data please contact the Coordinator
paper. However, these are structured according to an international Team of SiB Colombia (EC-SiB) at [email protected]
standard for metadata (information that gives context to the data)
known as the GBIF Metadata Profile (GMP)1. The structuring of Manuscript preparation
the manuscript based on this standard enables the community of
authors publishing datasets globally, with presence in networks To assist the creation and structuring of the manuscript in the
such as the Global Biodiversity Information Facility (GBIF) GMP standard, an electronic writing tool is available (http://ipt.
and other related networks, to publish data easily while getting sibcolombia.net/biota) to guide the author in the process and
proper recognition for their work and to encourage the authors ultimately generate a first version of the manuscript. The use of
of this type of data sets that have not yet published in these global GMP manual as an information guide to include in each section of
information networks to have the necessary incentives to do so. the manuscript, as well as the annex 1 is recommended.
A data paper should describe in the best possible way the Whom, Steps required for the manuscript preparation:
What, Where, When, Why and How of documenting and recording
1 Request access to the electronic writing tool at sib+iac@
of data, without becoming the instrument to make a detailed
humboldt.org.co. The EC-SiB will assign a username and
analysis of the data, as happens in other academic publications.
password.
To deepen this publishing model, it is recommended to consult
Chavan & Penev (2011)2. 2. Login to the electronic writing tool, then go to the tab Manage
Resources and create a new resource by assigning a short name
for your manuscript and clicking on the Create button. Use
Which manuscripts are suitable for publication as data the format: “InstitutionAcronym_Year_DatasetFeature”, e.g.
paper? NMNH_2010_rainforestbirds.
Manuscripts that describe datasets containing original primary 3. In the overview of the writing tool click on edit in Metadata
biological records (data of occurrences in a particular place section (please, do not use any other section), once there you
and time); information associated with specimens of biological will find different sections (right panel) that will guide you
collections, thematic or regional inventories of species, genomic creating your manuscript. Save the changes at the end of each
data and all data likely to be structured with the standard Darwin section, otherwise you will lose the information. Remember
CoreDarwin Core3 (DwC). This standard is used in the community to use the GMP manual. Here are some recommendations for
of authors publishing biodiversity datasets to structure the data editing the metadata, sections are indicated in CAPS and the
and thus to consolidate and integrate from different sources elements of these sections in bold.
1 GBIF (2011). GBIF Metadata Profile, Reference Guide, Feb 2011, (contributed by O Tuama, E., Braak, K., Copenhagen: Global Biodiversity
Information Facility,19 pp. Accesible at http://links.gbif.org/gbif_metadata_profile_how-to_en_v1.
2 Chavan, V. y L. Penev. 2011. The data paper: The mechanism to incentivize data publishing in biodiversity science. BMC Bioinformatics 12 (Suppl
15): S2.
3 Biodiversity Information Standards – TDWG. Accesible at http://rs.tdwg.org/dwc/terms/
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bioTA colombiAnA 14 (2) 2013 bioTA colombiAnA 14 (2) 2013