prof. Alfredo Pulvirenti

15 Pages·2012·0.09 MB·Italian

CURRICULUM DIDATTICO E SCIENTIFICO DI
ALFREDO PULVIRENTI
DATI PERSONALI
Nato a Catania il 16 novembre 1974.
INDIRIZZO
Dipartimento di Matematica e Informatica
Universit`a di Catania
Viale Andrea Doria, 6
95125 Catania
Tel. [phone] Fax [phone]
e-mail: [email protected]
home-page: http://www.dmi.unict.it/˜apulvirenti/
POSIZIONI ACCADEMICHE
• Marzo2005-atutt’oggi: RicercatoreUniversitarionelsettorescientifico-disciplinareINF/01,
Universit`a degli Studi di Catania.
• Gennaio 2003 - Febbraio 2005: Assegnista di Ricerca in Informatica presso il dipartimento
di Matematica e Informatica, Universit`a degli Studi di Catania.
TITOLI DI STUDIO
• Gennaio 2003: Dottorato di Ricerca in Informatica presso l’Universit`a degli Studi di Cata-
nia.
• Marzo1999: LaureainScienzedell’Informazionepressol’Universit`adegliStudidiCatania.
SCUOLE DI SPECIALIZZAZIONE
• 16aInternational School for Computer Science Researchers(Universit`adiCatania)Mobile
Networks: Algorithms and Systems. Lipari 11-24 luglio 2004.
• 15a International School for Computer Science Researchers (Universit`a di Catania) Algo-
rithmics for Data Mining and Pattern Discovery. Lipari 13-26 luglio 2003.
• 13a International School for Computer Science Researchers (Universit`a di Catania) Foun-
dations of Wide Area Network Programming. Lipari 1-14 luglio 2001.
• 12a International School for Computer Science Researchers (Universit`a di Catania) E-
Commerce and On-line Algorithms. Lipari 9-22 luglio 2000;
• SNDIS 2000 (Universit`a di Bologna) Scuola Nazionale dei Dottorati di Informatica delle
Facolta` di Scienze tenutasi a Bertinoro (Forl`ı) 22 maggio-2 giugno 2000;
• 11a International School for Computer Science Researchers (Universit`a di Catania) Com-
putational Biology. Lipari 20 giugno-3 luglio 1999;
`
ATTIVITA DIDATTICA
CORSI UNIVERSITARI
• Corso di studi in Informatica (laurea triennale)
– Introduzione all’Analisi dei Dati (a.a. 2010/’11)
– Programmazione 2 (a.a.2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)
– Basi di dati (esercitazioni, a.a. 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
• Corso di studi in Informatica (laurea magistrale)
– Analisi e Gestione dei Dati (a.a. 2009/’10 - 2010/’11 - 2011/’12)
• Corso di studi in Informatica (laurea specialistica)
– Data Analysis and Management (a.a. 2007/’08 - 2008/’09 )
– Algoritmi per la Bioinformatica (a.a. 2007/’08)
• Corso di studi in Informatica Applicata (laurea triennale, sede distaccata Comiso (RG))
– Basi di Dati I (a.a.2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
– Basi di dati II (a.a. 2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)
• Corso di studi in Fisica (laurea specialistica)
– Metodi Informatici per la Fisica (a.a.2005/’06)
• CorsodistudiinTecnologieePianificazioneperilTerritorioelAmbiente(laureatriennale)
– Informatica con Applicazioni alla Grafica Computerizzata (a.a.2005/’06)
• Corso di studi in Scienze del Governo e dell’Amministrazione (laurea triennale, Facolt`a di
Scienze Politiche, sede distaccata Modica (RG))
– Informatica I (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
– Informatica II (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
• CorsodistudiinScienzedell’Amministrazione(laureatriennale,Facolt`adiScienzePolitiche)
– Informatica (a.a. 2003/’04)
• Istituto Superiore di Catania per la Formazione di Eccellenza
– Introduzione alle basi di dati (a.a. 2002/’03-2003/’04)
CORSI POST UNIVERSITARI
• Tutor alla II Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational
Biology: Biological Networks: Evolution, Interaction and Computation. Lipari 14-21
giugno, 2008.
• Tutor alla I Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational
Biology: Advanced Computational Proteomics: Structure, Imaging and Control. Lipari,
16-23 Giugno, 2007.
• TutorallaIIInternationalSchoolonAdvancedBioMedicineandBioInformatics: Molecular
BioMedicine, Medical Genomics and BioInformatics. Pantelleria, 18-25 giugno, 2005
• TutorallaIInternationalSchoolonAdvancedBioMedicineandBioInformatics: Molecular
and Computational Analysis of Human Phenotype. Lipari, 29 maggio - 5 giugno, 2004
• Teacher Assistant (TA) alla 16a International School for Computer Science Researchers
(Universit`a di Catania) Mobile Networks: Algorithms and Systems. Lipari 11-24 luglio
2004.
• Teacher Assistant (TA) alla 15a International School for Computer Science Researchers
(Universit`adiCatania)Algorithmics for Data Mining and Pattern Discovery. Lipari13-26
luglio 2003.
• Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business, Universit`a di Catania, feb-
braio 2004 - aprile 2004;
• Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business 2003. Universit`a di Catania,
gennaio 2003;
• Corso Informatica di base presso il Centro Orientamento e Formazione (COF Catania)
nell’ambito del Master per la formazione di Esperti in Valutazione di Disastri in Agraria.
Novembre 2002-Aprile 2003.
• Introduzione ai Database Relazionali, Master in Biotecnologie 2002 Universit`a di Catania,
ottobre-dicembre 2002;
• Corso Oracle 8i nell’ambito del Master in E-Business 2001. Universit`a di Catania, Maggio
2001;
CORSI E TUTORAGGIO
• Corso di Formazione ”Uso e sviluppo di strumenti multimediali ed ipertestuali, anche in
ambienteweb, perilsupportoalladidatticarivoltaadallievidei2ciclidiistruzione, anche
diversamenteabili” sedePatern LSPPF.DeSanctis,presentatodalCentroOrientamento
e Formazione, Universit`a di Catania. Maggio-Giugno, 2010.
• Docenza (Informatica I/II) nell’ambito del progetto di Formazione del ”Laboratorio Pub-
blico Privato DM20919 Wyeth/CNR.” Gennaio-Aprile, 2008.
• CorsoavanzatoAccess, peridipendentidellaregioneSicilia, (tenutoneglianni2007, 2008,
2009, 2010).
• Attivit`a didattica nell’ambito del F.S.E.- PON ”La scuola per lo sviluppo” 2000-2006.
Misura I, Azione I, Sviluppo di competenze di Base e Trasversali nella scuola ”Il villaggio
globale” presso l’I.I.S. ”Gorgia” di Lentini, SR. Aprile, 2006.
• Docenzacorso”InformaticaApplicataeTecnichediMeccanizzazionedegliArchivi”nell’ambito
del corso ”Esperto archiviazione dei Bene culturali” presso l’ISVI (Istituto di Formazione
e ricerca sui problemi sociali e dello sviluppo), L.R. 27/91, prog. N. 447. Settembre, 2005.
• Corso di basi di dati e linguaggi per il web nell’ambito di un progetto P.O.N. per la
formazione di esperti alla realizzazione di siti web dinamici. Istituto Tecnico Commerciale
A. Majorana Acireale. Febbraio-Maggio 2005.
• Laboratorio di Basi di Dati (Access/MySQL/PHP/JAVA) per i corsi di Basi di Dati I,
Basi di Dati I/II (laurea quiniquennale e triennale in informatica, a.a 2003/’04).
• Dal2003docenteECDLpressoilcorsodilaureainScienzedelGovernoedell’Amministrazione,
Facolt`a di Scienze Politiche, Universit`a degli studi di Catania, sede distaccata Modica.
• Corso Oracle 8i avanzato, nell’ambito del corso di Basi di Dati II (laurea quinquennale in
Informatica, a.a. 1999/’00-2000/’01-2001/’02-2002/’03-2003/’04).
• CorsoOracle8inell’ambitodelcorsodiBasidiDatiI(laureainquinquennaleInformatica,
a.a. 1999/’00-2000/’01-2001/’02-2002/’03).
• Tutor di Basi di Dati nell’ambito del corso ”Formazione di Assistenti di Progetto per
attivit`a innovative di gestione e monitoraggio del territorio mediante uso di tecnologie
informatiche”. Universit`a di Catania, INFORM s.r.l. Giugno-Settebre 2002.
• Tutor nell’ambito di corsi di alta formazione organizzati dall’Universit`a degli Studi di
Catania per i dipendenti della Provincia Regionale di Catania. Settembre 2001-Febbraio
2002.
• CorsoORACLEperBasidiDatiI/EINN,corsodilaureainInformatica,AnnoAccademico
1999-2000.
PROGETTI DI RICERCA
• Ha partecipato al progetto FIRB ITALIA-ISRAELE n. RBIN04BYZ7: Algoritmi per
il pattern discoveri e retrieval in strutture discrete con applicazioni alla Bioinformatica,
2006-2007.
• Ha partecipato al progetto ”BALANCE SCORECARD” Misura 2 ”P.I.A. Pacchetto Inte-
grato di Agevolazioni” del PON ”Sviluppo Imprenditoriale locale” (2006-2007).
• Ha partecipato al progetto POR 3.14: Ricerca e Sviluppo suite di programmi per l’analisi
biologica, denominata: BIOWARE, 2007.
• Ha partecipato al progetto POR 3.14: Realizzazione di un sistema di localizzazione satel-
litare su mezzi mobili per l’ottimizzazione della funzione della logistica distributiva, 2006.
• Ha partecipato al Progetto Legge 297 Tecniche di Data Cleaninig e Data Mining via
Clustering e loro applicazioni alla Business Intelligence, 2005.
• E` statomembrodelPRIN2003Area09Unit`adiCatania-Ingegneriaindustrialeedellinfor-
mazione Tecniche di Randomizzazione e Indicizzazione per Clustering e Query Approssi-
mateEfficientisuGrandiBasidiDaticonApplicazioniallaBiologia(CoordinatoreNazionale
Alberto Apostolico). Coordinatore Unit di Catania Alfredo Ferro
• Responsabile del progetto di ricerca dal titolo Algoritmi di ottimizzazione su spazi Metrici
ed applicazioni al Networking ed alla Biologia Computazionale, Progetto Giovani Ricerca-
tori 2002.
`
ATTIVITA PROFESSIONALE
• Comunicando s.p.a. Consulenza per il tuning di un DBMS Oracle 9i su piattaforma SUN
per sistemi TLC di tipo pseudo-realtime (2003-2004).
• Docente di ruolo di Informatica, presso l’ITC A. Majorana Acireale, ottobre 2002-gennaio
2003;
• Consulente per la CORE s.r.l. nell’ambito dello sviluppo di un software integrabile in
un SIT (Sistema Informativo Territoriale) per il problema dellaccorpamento di aree di
censimento del comune di Bologna (2001). Progetto coordinato per lUniversit di Catania
dal Prof. Alfredo Ferro.
• Consulente per la Mestor s.n.c. per il design e lo sviluppo di un tool per lidentificazione di
areediinteresseinimmaginisatellitarinellambitodelprogettoeuropeoDUP-ITAL-SCAR.
Progetto coordinato per lUniversit di Catania dal Prof. Giovanni Gallo.
SERVIZI ACCADEMICI
Svloge revizio come revisore per diverse riviste e conferenze quali IEEE/ACM Transactions on
Computational Biology and Bioinformatics, Computer Networks Journal, ACM SAC, MobiHoc,
ICIC, CIBCB, SISAP, ACM SIGMOD.
CAMPI DI INTERESSE SCIENTIFICO
• Data Mining.
• Bioinformatica.
• Algoritmi di ottimizzazione su spazi metrici.
• Algoritmi distribuiti
COLLABORAZIONI SCIENTIFICHE
Ogni anno trascorre un mese come visiting researcher presso la New York University.
Ha diverse collaboazioni scientifiche con gruppi di ricerca nel campo della bioinformatica e nella
biomedicina.
• Prof. Dennis Shasha, New York University.
• Prof. Carlo Croce, Ohio State University.
• Prof. Charles E. Lawrence, Brown University.
• Prof. Carlo Catassi, Universit`a di Ancona.
• Dr. Gary Bader University of Toronto, Ontario.
• Prof. Roded Sharan, Tel-Aviv University.
• Gruppo di ricerca Prof. Chris Sander, Sloan Kettering New York.
BORSE DI STUDIO
Primo classificato per l’attribuzione di n. 2 borse di studio annuali del valore di Lit. 30.000.000
per la formazione di eccellenza all’estero bandite dall’Universit`a di Catania.
LAVORI SCIENTIFICI
CAPITOLI LIBRO
[1] C. Di Pietro, A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa,
D. Shasha. Anticlustal: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering. In Wang,
Zaki, Toivonen, Shasha (Eds). Data Mining In Bioinformatics, pp. 43-57, Chapter 3.
London: Springer Verlag (United Kingdom) 2005.
[1] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha D. Efficient Techniques for Graph
Searching and Biological Network Mining. In: Graph Data Management: Techniques
and Applications. p. 89-111, 2011, Hershey, Pennsylvania:IGI-GLOBAL PUBLISHING.,
ISBN: 9781613500538, doi: 10.4018/978-1-61350-053-8
RIVISTE
[3] S. Cristaldi, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti. Obstacles con-
strained group mobility models in event-driven wireless networks with movable base sta-
tions. Ad-Hoc Networks, 2011, vol. 9, p. 400-417.
[4] P. Romano, R. Giugno A. Pulvirenti. Tools and collaborative environments for
bioinformatics research. Briefings In Bioinformatics, 2011 vol. 12, p. 549-561.
[5] A. Cannata, P. Montalto, M. Aliotta, C. Cassisi, A. Pulvirenti, E. Privitera,
D. Patane`. ClusteringandclassificationofinfrasoniceventsatMountEtnausingpattern
recognition techniques. Geophysical Journal International, 2011 vol. 285, p. 253-264,
ISSN: 1365-246X.
[6] P. Pavone, M. Pettoello-Mantovano, A. Le Pira, I. Giardino, A. Pulvirenti,
R. Giugn, E. Parano, A. Ferro, L. Pavone, M. Ruggieri. Acute disseminated
encephalomyelitis: along-termprospectivestudyandmeta-analysis. Neuropediatrics,2010
vol. 41, p. 246-255.
[7] E. Lionetti, R. Francavilla, M. Ruggieri, I. Lombardo, D. De Robertis, A.
Pulvirenti, C. Catassi. Meta-analysis Reviews. Le complicanze neurologiche della
celiachia in et`a pediatrica: quale evidenza?. SIGENP NEWS,2010, vol. II
[8] A. Lagana`, S. Forte, F. Russo, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro. Predic-
tion of human targets for viral-encoded microRNAs by thermodynamics and empirical
constraints. Journal Of RNAi And Gene Silencing, 2010, vol. 6, p. 379-385-
[9] M. Mongiov`ı, R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, R. Sharan.
Sigma: aSet-Cover-BasedInexactGraphMatchingAlgorithm. Journal Of Bioinformatics
And Computational Biology, 2010 vol. 8, p. 199-218.
[10] R. Di Natale, A. Ferro, Giugno R, M. Mongiov`ı, A. Pulvirenti, D. Shasha.
SING: Subgraph search In Non-homogeneous Graphs. BMC Bioinformatics, vol. 11:96.
[11] E. Lionetti, R. Francavilla, P. Pavone, L. Pavone, T. Francavilla, A. Pul-
virenti, Giugno R, M. Ruggieri. The neurology of celiac disease in childhood: what
istheevidence? Systematicreviewandmeta-analysis. Developmental Medicine And Child
Neurology, 2010 vol. 52, p. 700-707.
[12] A. Lagana`, F. Russo, C. Sismeiro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro (2010).
Variability in the Incidence of miRNAs and Genes in Fragile Sites and the Role of Repeats
and CpG Islands in the Distribution of Genetic Material. PLOS ONE,2010 vol. 5.
[13] A. Lagana`, S. Forte, A. Giudice, M. R. Arena, P. L. Puglisi, R. Giugno, A.
Pulvirenti, D. Shasha, A. Ferro miRo: a miRNA knowledge base. DATABASE,
2009, vol. 2009.
[14] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiov`ı, A. Pulvirenti, D. Skripin, D. Shasha D.
GraphFind: Enhancing Graph Searching by Low Support Data Mining Techniques. BMC
Bioinformatics , 2008, vol. 9(Suppl 4):S10, ISSN: 1471-2105.
[15] C. Di Pietro, M. Ragusa, D. Barbagallo, L.R. Duro, M.R. Guglielmino, A.
Majorana, V. Giunta, A. Rapisarda, E. Tricarichi, M. Miceli, R. Angelica, A.
Grillo, B. Banelli, I. Defferari, S. Forte, A. LaganA`, C. Bosco, R. Giugno,
A. Pulvirenti, A. Ferro, K.H. Grzeschik, A. Di Cataldo, G.P. Tonini, M. Ro-
mani, M. Purrello. Involvement of GTA protein NC2 in Neuroblastoma pathogenesis
suggeststhatitphysiologicallyparticipatesintheregulationofcellproliferation. Molecular
Cancer, 2008 vol. 7, ISSN: 1476-4598. doi:10.1186/1476-4598-7-52.
[16] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello,
M. Ragusa. Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic
backtranslation. BMC Bioinformatics. Vol. 8, 2007 ISSN: 1471-2105. doi:10.1186/1471-
2105-8-58.
[17] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Skripin, G.D. Bader, D.
Shasha. NetMatch: a Cytoscape Plugin for Searching Biological Networks. Bioinformat-
ics. vol. 23, pp. 910-912, 2007 ISSN: 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btm032.
[18] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, M.R. Guglielmino, D. Barbagallo, A.
Carnemolla, A. Lagana`, P. Buffa, R. Angelica, A. Rinaldi, M. S. Calafato,
I. Milicia, C. Caserta, R. Giugno, A. Pulvirenti, V. Giunta, A. Rapisarda, V.
Di Pietro, A. Grillo, A. Messina, A. Ferro, K.H. Grzeschik, M. Purrello.
DNA and Cell Biology 2007, Vol. 26 n. 6 pp. 369-385. doi:10.1089/dna.2006.0527
[19] C. Di Pietro, S. Piro, G. Tabbi, M. Ragusa, V. Di Pietro, V. Zimmitti, M.
Anello, U. Consoli, E. T.Salinaro, M. Caruso, C. Vancheri, N. Crimi, M. G.
Sabini, G. A. P. Cirrone, L. Raffaele, G. Privitera, A. Pulvirenti, R. Giugno,
A. Ferro, G. Cuttone, S. Lo Nigro, R. Purrello, F. Purrello, M. Purrello.
Cellular and molecular effects of protons: Apoptosis induction and potential implications
for cancer therapy. Apoptosis 2006. vol. 11, n. 1 pp. 57-66 ISSN: 1360-8185.
[20] D. Cantone, G. Cincotti, A. Ferro, A. Pulvirenti. An Efficient Approximate
Algorithm for the 1-Median Problem in Metric Spaces. Siam Journal On Optimization.
Vol. 16, n. 2, pp. 434-451, 2005 Issn: 1052-6234.
[21] D. Cantone A.Ferro A. Pulvirenti, R. Reforgiato Recupero, D. Shasha. An-
tipole Tree Indexing to Support Range Search and K-Nearest Neighbor Search in Metric
Spaces. IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. vol. 17 n. 4, pp.
535-550, 2005 ISSN: 1041-4347.
[22] M. Purrello C. Di Pietro, M Ragusa, A. Pulvirenti, R. Giugno, V. Di Pietro,
G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, A. Ferro A. In Vitro and in
Silico Cloning of Xenopus Laevis Sod2 cDNA and its Phylogenetic Analysis. DNA and
Cell Biology. vol. 24, pp. 111-116, 2005 ISSN: 1044-5498.
[23] A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Shasha. Fast Clustering and Minimum
WeightMatchingAlgorithmsforMobileBackboneWirelessNetworks. International Jour-
nal Of Foundations Of Computer Science. Vol. 14, N.2, pp. 223-236, 2003 ISSN: 0129-
0541.
[24] A. Ferro, G. Gallo, R. Giugno, A. Pulvirenti. Best-Match Retrieval For Struc-
tured Images. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. vol. 23,
N. 7, pp. 707-718, 2003 ISSN: 0162-8828.
CONFERENZE
[25] M. Aliotta, A. Cannata, C. Cassisi, R. Giugno, P. Montalto, A. Pulvirenti.
DBStrata: a system for density-based clustering and outlier detection based on stratifi-
cation. In: SISAP ’11 Proceedings of the Fourth International Conference on SImilarity
Search and APplications. Lipari, Italy, June 30 July 1, 2011, p. 107-108.
[26] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, A. Pulvirenti. An Efficient Duplicate Record
Detection Using q-Grams Array Inverted Index. In: Proceedings of DaWak 2010. Data
WarehousingandKnowledgeDiscovery. LectureNotesinComputerScience,2010,Volume
6263.
[27] V. Bonnici, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha. Enhancing Graph
Database Indexing by Suffix Tree Structure. In: Pattern Recognition in Bioinformatics -
5th IAPR International Conference, PRIB 2010.
[28] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, A. Pulvirenti. MySQLDataMining: Extending
MySQL to Support Data Mining Primitives (Demo). In: Knowledge-Based and Intelli-
gent Information and Engineering Systems - 14th International Conference, KES 2010,
Proceedings, Part III. Lecture Notes in Computer Science, 6278. vol. 6278, p. 438-444,
2010.
[29] M. Mongiov`ı R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, R. Sharan.
A Set-Cover-Based Approach For Inexact Graph Matching. In: CSB2009, Proceedings
of the 8th Annual International Conference on Computational Systems Bioinformatics.
Stanford, USA, August 10-12, 2009.