Prévalence de l'infection à Helicobacter pylori et typage moléculaire des souches isolées à Alger

181 Pages·2017·5.49 MB·French

ةيبعشلا ةيطارقميدلا ةيرئازجلا ةيروهمجلا
يملعلا ثحبلا و يلاعلا ميلعتلا ةرازو

Université Ferhat Abbas Sétif 1 1 فيطس ،سابع تاحرف ةعماج
Faculté des Sciences de la ةايحلا و ةعيبطلا مولع ةيلك
Nature et de la Vie

DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE
N° /SNV/2018
………………………………………….…………..…….……
Thèse
Présentée par
RAAF Naïma
Pour l’obtention du diplôme de
Doctorat 3ème CYCLE
Filière: Biologie
Spécialité: microbiologie générale
Thème
Prévalence de l’infection à Helicobacter pylori et typage
moléculaire des souches isolées à Alger (Algérie)

Soutenue publiquement le 02/05/2018
Devant le Jury
Président Dr SILINI Allaoua MCA Université de Setif 1
Directeur Pr AMHIS Wahiba Professeur Université d’Alger
Examinateurs Pr BERKANE Saadi Professeur Université d’Alger
Pr OUAR-KORICHI Mounira Professeur Université d’Alger
Dr AOUF Abdelhakim MCA Université de Setif 1
Dr CHERIF-SILINI Hafsa MCA Université de Setif 1

Laboratoire de Microbiologie
Hôpital Ibn Ziri Bologhine Alger
RESUMES
Résumés
Prévalence de l'infection à Helicobacter pylori et typage

moléculaire des souches isolées à Alger (Algérie)
Résumé
Objectif : Actualisation des données épidémiologiques de l’infection à H. pylori à Alger.
Matériels et méthodes : C’est une étude prospective multicentrique réalisée entre 2012 et
2016. La culture et l’antibiogramme ont été réalisés ainsi qu’une PCR en temps réel de
détection de H. pylori et les mutations de sa résistance à la clarithromycine. La recherche par
PCRs des facteurs de virulence cagPAI, vacAsmid, dupA et babA2 et des PCRs RAPD de
comparaisons des souches ont été réalisées. Le typage phylogéographique a été effectué par
MLST.
Résultats : Prévalence des patients adultes par PCR 56%. Culture positive 29%. Résistance
primaire et secondaire à la clarithromycine 22% et 38% respectivement, mutation
A2142/43G. Résistance primaire et secondaire au métronidazole 42% et 78% respectivement.
Une seule résistance à la lévofloxacine, mutation Asn87Thr. Aucune résistance à
l’amoxicilline, tétracycline et rifampicine. Double population de H. pylori chez 14% des
patients. cagPAI+ 46 %, cagA P1P2P3 22%, vacAs1m1 19%, vacA s1m2 31%, vacAs2m2
47%, dupA+ 19%, babA2+ 19%. Génotype majoritaire cagPAI-,vacAs2m2,dupA-,babA2-
26%. MLST de 49 souches isolées de 44 patients : 40 hpEurope et 9 hpNEAfrica.
Conclusion : La prévalence de l’infection reste élevée mais semble en diminution. La
résistance élevée à la clarithromycine nécessite l’adaptation du traitement d’éradication. Les
souches avec les génotypes les moins virulents représentent la plus grande partie des isolats.
Les souches d’origine Européenne hpEurope sont majoritaires.
Résumés
Prevalence of Helicobacter pylori infection and molecular
typing of strains isolated in Algiers (Algeria)
Abstract
Objective: The aim of this study was to update the epidemiological data of H. pylori infection
in Algiers.
Materials and methods: This is a prospective multicentre study carried out between 2012
and 2016. The culture and the antibiogram were realized as well as real-time PCR detection of
H. pylori and the mutations of its resistance to clarithromycin. The PCRs analysis of the
virulence factors cagPAI, vacAsmid, dupA and babA2 and RAPD PCRs for comprarison
strains were performed. Phylogeographic typing was performed by MLST.
Results: Prevalence of adult patients by PCR 56%. Positive culture 29%. Primary and
secondary resistance to clarithromycin 22% and 38% respectively, mutation A2142 / 43G.
Primary and secondary resistance to metronidazole 42% and 78% respectively. A single
resistance to levofloxacin, mutation Asn87Thr. No resistance to amoxicillin, tetracycline and
rifampicin. Double population of H. pylori in 14% of patients. cagPAI + 46%, cagA P1P2P3
22%, vacAs1m1 19%, vacA s1m2 31%, vacAs2m2 47%, dupA + 19%, babA2 + 19%. Majority
genotype cagPAI-, vacAs2m2, dupA-, babA2- 26%. MLST of 49 strains isolated from 44
patients: 40 hpEurope and 9 hpNEAfrica.
Conclusion: The prevalence of infection remains high but appears to be decreasing. High
resistance to clarithromycin requires adaptation of the eradication treatment. The strains with
the least virulent genotypes represent the majority of the isolates. The strains of European
origin hpEurope are in the majority.
Résumés
تلالاسلل يئيزجلا فينصتلا و Helicobacter pylori ىودع راشتنا لدعم
.)رئازجلا ( ةمصاعلا رئازجلا يف ةلوزعملا

صخلملا

.ةمصاعلا رئازجلا يف Helicobacter pylori ىودعل ةيئابولا تامولعملا ثيدحت : فدهلا
رابتخا و عرزلا ءارجإ مت .2016و 2012 نيب زكارملا ةددعتم ةيفارشتسلاا ةساردلا هذه تيرجأ :لئاسولا و قرطلا
لل اهتمواقم تارفط و H. pylori دوجو نع فشكلل PCR en temps réel كلاذك و ةيويحلا تاداضملا ةيساسح
PCR و cagPAI, vacAsmid, dupA et babA2 ةيمسلا لماوع نع ثحبلل PCRs ءارجإ مت .clarithromycine
. MLST ةطساوب يفارغجلا بسنلا فينصت يرجا . تلالاسلا ةنراقمل RAPD
لل ةيوناثلاو ةيلولأا ةمواقملا .%29 بجوملا عرزلا .% 56 PCR ةطساوب نيغلابلا ىضرملا راشتنا لدعم :جئاتنلا
métronidazoleلل ةيوناثلاو ةيلولأا ةمواقملا .A2142/43G ةرفطلا ،يلاوتلا ىلع ٪38 و ٪22 clarithromycine
لل ةرفط يلأ دوجو لا .Asn87Thr ةرفطلا ، lévofloxacineلل ةدحاو ةرفط . يلاوتلا ىلع %78و %42
.ضيرم14 دنع H. pylori لل ةفعاضم تانيع. rifampicineو tétracycline،amoxicilline
dupA+،%47 vacAs2m2،%31 vacA s1m2 ،%19 vacAs1m1 ،%22 cagA P1P2P3 ،%46 cagPAI+
49ل MLST.%26 babA2-، dupA-، vacAs2m2،cagPAI- بلاغلا ينيجلا طمنلا ،%19 babA2+ ،%19
.hpNEAfrica 9 و hpEurope40 :ضيرم 44 نم ةلوزعم ةللاس
clarithromycine لل ةمواقملا عافترا بلطتي .صقانتت هنأ ودبي نكل و اعفترم ىودعلا راشتنا لدعم لازي لا :ةمتاخلا
يه تلالاسلا بلغا.ةلوزعملا تلالاسلا ةيبلاغ ةيمس لقلأا ةينيجلا طامنلأا تاذ تلالاسلا لثمت .اهيلع ءاضقلا جلاع فييكت
.hpEurope يبوروأ لصا نم
REMERCIEMENTS
Remerciements
Remerciements
Mes premiers remerciements s’adressent aux membres du jury, le Docteur Allaoua SILINI, le
Professeur Saadi BERKANE, Le Professeur Mounira OUAR-KORICHI, le Docteur
Abdelhakim AOUF et le Docteur CHERIF-SILINI Hafsa pour m’avoir fait l’honneur
d’accepter d’évaluer ce travail. Soyez assurés de ma gratitude pour votre disponibilité.
J’exprime ma reconnaissance à ma directrice de thèse, le Professeur Wahiba AMHIS pour
avoir accepté de diriger ce travail et de m’avoir ouvert les portes de son laboratoire. Merci de
m’avoir permis de travailler dans les meilleures conditions.
Je tiens à remercier le Professeur Zahida BOUCHENE de m’avoir recommandée auprès du
Professeur Wahiba AMHIS.
Je remercie le Professeur Mohammed CHIRIFI, Chef de Service du Laboratoire Central de
Biologie Clinique de l’hôpital Ibn Ziri Bologhine (Alger, Algérie) pour son aide et la
confiance qu’il m’a accordée.
Merci à tous les membres du Laboratoire Central de Biologie Clinique de l’hôpital Ibn Ziri
Bologhine, particulièrement l’équipe de microbiologie : Mme Nadia SAHEL qui m’a initiée à
la culture de Helicobacter pylori, Dr Mounia BENREDOUANE, Dr Ania BELOUI, Mme
Samira BENMESBAH, Mme Lila BENBETKA, Mme Ghania AMMAR, Mme Massika
BOULGHAB, Mme Selma BENMOURSLI et Mme Nassima TAHARBOUCHET. Merci
pour votre aide, votre soutien et tous les moments que nous avons passés ensemble. Merci
également au personnel des autres unités, à l’équipe de garde, à Mr Rachid BENKACI, à Mr
Mourad MEZDAD et à Mr Karim RENANE pour sa bonne humeur tellement contagieuse !
Je remercie vivement le Professeur Francis MEGRAUD, Ancien Directeur du Centre
Nationale Français de Référence des Campylobacter et Helicobacter (CNRCH, Bordeaux,
France). Merci de m’avoir accueillie à deux reprises au sein de votre laboratoire et de m’avoir
facilité les démarches administratives. Merci pour votre grande disponibilité et vos précieux
conseils. Merci pour votre œil critique qui m’a aidé à mieux structurer et améliorer la qualité
de mon travail. Merci également au Professeur Philippe LEHOURS, actuel Directeur du
CNRCH.
Merci à toute l’équipe du CNRCH, à Mme Lucie BENEJAT, à Mme Astrid DUCOURNAU,
à Mme Elodie SIFRE et à Mme Alice BUISSONIERE pour leur gentillesse, leur disponibilité
et leur aide pour les manipulations. Un grand Merci pour Mme Ann CARTON DE WIART,
une femme au grand cœur, l’une des plus belles rencontres durant ma thèse. Merci pour ton
accueil chaleureux.
Je remercie le Professeur Mounira OUAR-KORICHI, ancienne Chef de Service du
Laboratoire des Entérobactéries et des bactéries apparentées de l’Institut Pasteur (Alger,
Algérie) de m’avoir accueillie au sein du laboratoire et de m’avoir soutenue et encouragée
dans les moments difficiles. Merci à Mme Farida TALEB pour son aide durant les
manipulations et ses conseils avisés qui resteront à jamais marqués en moi.
Résumés
Je remercie le Professeur Hocine ASSELAH, ancien Chef de Service de Médecine Interne de
l’EPH Ibn Ziri Bologhine, le Professeur Fadila BENHASSINE, Chef de Service de Pédiatrie
de l’EPH Ibn Ziri Bologhine, le Professeur Abdelmalek BALAMANE, Chef de Service de
Gastro-entérologie du CHU Issaad Hassani Béni Messous (Alger, Algérie) et le Professeur
Mhamed NEKMOUCHE, Chef de Service de Gastro-entérologie du CHU Lamine Debaghine
Bab El Oued (Alger, Algérie) pour leur collaboration.
Je tiens également à remercier l’ensemble des cliniciens et gastroentérologues sans lesquels ce
travail n’aurait pas pu être réalisé. Plus particulièrement le Pr CHIKHI, Dr ALI AROUS, Dr
BENZAGHOU, Dr BAIOD, Dr SAOULA, Dr ABID, Dr HETIT, Dr MADANI et Dr
AZZOUG. Merci également aux infirmières pour leur participation à ce travail.
Mes plus profonds remerciements vont à mes parents, mon père Boualem RAAF et ma mère
Houria EL ROBRINI RAAF. Je vous dois l’aboutissement de ce travail. Vous avez cru en
moi et m’avez soutenue tout au long de mon cursus. Votre soutien moral et matériel
indéfectible m’ont donné la force d’aller jusqu’au bout. Maman, merci d’avoir fait en sorte
que je ne pense à rien d’autre durant les derniers mois de rédaction. Merci pour les heures que
tu as passé à relire et à corriger mon travail. Papa, Merci d’avoir fait en sorte que je ne
manque de rien. Merci pour les journées passées sur la route et ta patience durant les longues
heures d’attente à l’université. Merci infiniment d’avoir supporté mon caractère, je l’avoue,
parfois grincheux dans mes moments de stresse !
Un grand Merci à toute ma famille qui était présente pour moi durant ces années de thèse.
Vous m’avez soutenue, vous m’avez encouragée dans les moments difficiles, vous m’avez
transportée et accompagnée durant mes déplacements à l’université. Merci pour les
discussions partagées pendant les milliers de kilomètres de trajets !
Merci du fond du cœur aux membres de la famille et aux amis qui ont eu la gentillesse de
m’héberger lors de mes déplacements en Algérie et à l’étranger. Merci pour vos chaleureux
accueils.
Merci à mes amis pour leur soutien et aux doctorants en particulier Zina, Oumaima et Samiha.
Un merci spécial pour Inès et Feriel. Plus que des amies, vous êtes mes sœurs. Merci d’avoir
été présentes même quand la distance nous séparait et pour les longues conversations que
nous avons eu qui finissait toujours par nous remonter le moral.
Merci à toutes les personnes qui ont contribué d’une manière ou d’une autre à la réalisation de
ce travail.
Merci à vous qui avez su trouver les mots qu’il faut aux moments qu’il faut !
SOMMAIRE
Sommaire
Sommaire
I. Introduction ......................................................................................................................... 1
II. Synthèse bibliographique .................................................. Error! Bookmark not defined.
1. Historique ........................................................................................................................ 3
2. Taxonomie ....................................................................................................................... 4
3. Habitat ............................................................................................................................. 6
4. Epidémiologie .................................................................................................................. 7
4.1. Transmission .............................................................................................................. 7
4.2. Prévalence .................................................................................................................. 8
5. Caractères microbiologiques ........................................................................................... 9
5.1. Caractères morphologiques ........................................................................................ 9
5.2. Caractères Culturaux ................................................................................................ 10
5.3. Caractères biochimiques .......................................................................................... 12
5.4. Caractères génétiques ............................................................................................... 12
6. Facteurs de virulence ..................................................................................................... 14
6.1. L’îlot de pathogénicité cag (cag PAI) ...................................................................... 14
• Le système de sécrétion de type IV (SSTIV) ......................................................... 15
• CagA ....................................................................................................................... 16
6.2. Vacuolating Cytotoxin (VacA) ................................................................................. 17
6.3. Uréase ...................................................................................................................... 20
6.4. Flagelles ................................................................................................................... 20
6.5. Lipopolysaccharide (LPS)........................................................................................ 21
6.6. Induced Contact Epithelium (iceA) .......................................................................... 21
6.7. Peptidoglycane (PG) ................................................................................................ 22
6.8. Les Adhésines et protéines de la membrane externe ............................................... 22
• Blood group antigen binding adhesin (BabA) ........................................................ 22
• Sialic acid binding adhesion (SabA) ...................................................................... 22
• Duodenal ulcer promoting gene (DupA) ................................................................ 23
• Outer inflammatory protein (OipA)........................................................................ 23
• Adherence associated lipoproteins (AlpA, AlpB) ................................................... 23
• HopZ....................................................................................................................... 24
• HomB ..................................................................................................................... 24
7. Maladies associées ......................................................................................................... 24