Papel de la metilación del ADN

145 Pages·2015·3.25 MB·Spanish

by  Lara Covelo

TESIS DOCTORAL

Departamento de Bioquímica, Genética e Inmunología
Área de Genética

TESIS DOCTORAL

Papel de la metilación del ADN en el control
del desarrollo y la estabilidad genómica de
dos especies de peces anádromas
(Petromyzon marinus y Salmo trutta)

Memoria presentada por
Lara Covelo Soto
Para optar al grado de Doctora por la Universidad de Vigo.
Directoras: Paloma Morán Martínez y María Saura Álvarez

Vigo, Marzo de 2015

Abreviaturas

5mC: 5’ methylcytosine / 5’-metilcitosina
ADN (DNA): Deoxyribonucleic acid / Ácido desoxirribonucleico
AFLP: Amplified fragment length polymorphism / Polimorfismos en la longitud de
los fragmentos amplificados
AMOVA: Analysis of molecular variance / Análisis de la varianza molecular
ARN (RNA): Ribonucleic acid / Ácido ribonucleico
ARNm (RNAm): Messenger RNA / ARN mensajero
AT: adenine-timine /adenina-timina
BLAST: Basic local alignment search tool
BSA: Bovine serum albumin / Albúmina de suero bovina
CMA: Chromomycin A3 / Cromomicina A3
DAPI: 4’,6-diamino-2-phenylindole / 4’,6-diamino-2-fenilindol
DNMTs: DNA methyltransferases / ADN metiltransferasas
dNTP: Deoxynucleotide triphosphate /desoxinucleótido trifosfato
FDR: False discovery rate / Tasa de falsos descubrimientos
FISH: Fluorescence in situ hybridation / Hibridación in situ fluorescente
FITC: Fluorescein isothiocyanate / Isotiocianato de fluoresceína
GC: Guanine-cytosine / Guanina-citosina
HATs: Histone acetyltransferases / Histona acetiltransferasas
HDACs: Histone deacetylase / Histona deacetilasas
HKDMs: Histone demethylases / Histona demetilasas
HMTs: Histone methytransferase / Histona metiltransferasas
ARNmi: microRNA / microARN
MSAP: Methylation Sensitive Amplified Polymorphism / Amplificación de
polimorfismos sensible a metilación
MSL: Methylation-Susceptible Loci / Loci susceptible de metilación
NML: Nonmethylated Loci / Loci no metilados
NORs: Nucleolar Organizer Regions / Regiones organizadoras nucleolares

i
pb (bp): base pairs / pares de bases
PBST: Phosphate saline solution Tween-20 / Solución salina tamponada con
fosfato y Tween-20
PCoA: Principal component analysis / Análisis de componentes principales
PCR: Polymerase chain reaction / Reacción en cadena de la polimerasa
PI: Propidium iodide / Yoduro de propidio
satDNA: satellite DNA / ADN satélite
SSC: Saline-sodium citrate / Citrato de sodio-salino
TEs: Transposable elements/ Elementos transponibles
TRITC: Tetramethylrhodamine isothiocyanate / isotiocianato tetrametilrodamina
WGD: Whole genome duplication / Duplicación del genoma completo
ÍNDICE DE CONTENIDOS
Abreviaturas ................................................................................................ i
Introducción ................................................................................................ 1
Procesos epigenéticos .............................................................................. 3
I. Metilación del ADN ................................................................... 4
II. Modificaciones en histonas y remodelado de la cromatina ........ 7
III. RNA no-codificante ................................................................. 8
Metilación en el desarrollo ...................................................................... 9
Control de elementos repetitivos y mantenimiento estructural
del genoma ........................................................................................... 10
Tecnologías para el estudio de la metilación del ADN ............................ 11
Peces anádromos: Petromyzon marinus y Salmo trutta ........................... 19
I. Lamprea de mar (Petromyzon marinus) ................................... 20
II. Trucha común (Salmo trutta) .................................................. 23
Objetivos ............................................................................................... 27
Capítulo 1: Reorganización genómica y modificación epigenética de la
cromática en la lamprea de mar (Petromyzon marinus) .......................... 29
Capítulo 2: Control de la metamorfosis mediante la metilación del ADN
en la lamprea de mar (Petromyzon marinus) .......................................... 49
Capítulo 3: Estudio de los cambios en el patrón de metilación genómico
en truchas (Salmo trutta) diploides y triploides ...................................... 63
Resumen y Discusión ................................................................................ 81
Summary and Discussion ......................................................................... 91
Conclusions ............................................................................................. 101
Anexo ....................................................................................................... 105
Referencias .............................................................................................. 113
Glosario .................................................................................................... 133

Introducción