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Les cartes auto-organisantes de Kohonen appliquées à l’étude des communautés de micro-algues des cours d’eau M. Bottin, J.L. Giraudel, J. Gueguen, S. Boutry, I. Lavoie, N. Antunes et J. Tison-Rosebery 1ères Rencontres Bordeaux : 2 et 3 juillet 2012 Les diatomées Biofilms Diatomées Présentation Complexité Cartes de Kohonen Algorithme But Logiciels Package R Changements Mise en œuvre fonctions graphiques Exemples d’utilisation Métropole DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions Au microscope : Diatomées Présentation Complexité Cartes de Kohonen Algorithme But Logiciels Package R Changements Tabellaria Capartogramma Actinocyclus Mise en œuvre flocculosa crucicula fonctions graphiques normanii Exemples d’utilisation Métropole DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions Bioindication Diatomées Présentation ) n Complexité o Cartes de Kohonen i t r Algorithme o p But o r Logiciels p ( Package R s e Changements c è Mise en œuvre p s fonctions graphiques e Exemples d’utilisation s e Métropole d é DOM-TOM t i n Québec i f Perspectives et f A conclusions Classe de qualité de l’eau (IBD) Complexité des assemblages Diatomées Présentation Complexité Cartes de Kohonen Algorithme But Logiciels Package R Changements Mise en œuvre fonctions graphiques Exemples d’utilisation Métropole DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions Complexité des assemblages • Très nombreuses espèces (~950 espèces Diatomées Présentation Complexité pour 800 sites en France) Cartes de Kohonen Algorithme But Logiciels Package R • Patrons d’aggrégation des espèces Changements Mise en œuvre (nestedness) fonctions graphiques Exemples d’utilisation Métropole Presences DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions Absences => Structure non-linéaire complexe Les cartes auto-organisantes de Kohonen Cartes auto-organisantes de Kohonen Diatomées Présentation Complexité Cartes de Kohonen Algorithme But • Cartes auto-organisantes de Kohonen : Logiciels Package R Self-Organizing Maps (SOM) Changements Mise en œuvre • Réseaux de neurone non supervisé fonctions graphiques Exemples d’utilisation Métropole DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions Algorithme Tableau de données biologiques : Diatomées Présentation Complexité Cartes de Kohonen Algorithme But Logiciels Package R Changements Mise en œuvre fonctions graphiques Exemples d’utilisation Métropole « Codebook »: DOM-TOM Québec Perspectives et conclusions
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