Les ambitions de la génomique végétale

36 Pages·2003·2.5 MB·French

GÉNOPLANTE
Bilan de la phase 1 (1999-2001)
La coopération européenne
Réseau national de génomique végétale
Les données récentes sur le séquençage des génomes d’organismes procaryotes et
eucaryotes ont ouvert la voie d’un formidable enjeu : comprendre les mécanismes et
les déterminants moléculaires du développement, de la tolérance/résistance aux
stress environnementaux. C’est le cas pour les plantes, organismes supérieurs qui
ont été parmi les premiers dont la séquence des génomes ait été établie. Il était alors
admis que la détermination de la séquence de ces génomes déboucherait
rapidement sur la caractérisation de gènes d’intérêt. Pourtant, le constat reste mitigé.
Ainsi, chez la plante modèle Arabidopsis thaliana choisie par les chercheurs
notamment pour la petite taille de son génome, près de 50% des gènes (>10 000)
s’avèrent avoir une fonction inconnue. Les recherches se sont alors rapidement
portées vers l’analyse fonctionnelle des gènes, se basant d’une part sur l’utilisation
des plantes modèles et d’autre part sur des approches de génomique comparative
avec les espèces cultivées. Le réseau national GÉNOPLANTE s’inscrit dans la
politique de recherche en génomique établie par le Ministère de la Recherche visant à
développer et exploiter la connaissance structurale et fonctionnelle des génomes des
plantes. Un puissant réseau national a ainsi été créé, associant des partenaires
publics et privés.
Le présent rapport sur la phase 1 de GÉNOPLANTE montre qu’un tel réseau a permis,
grâce à la forte mobilisation des chercheurs des secteurs privé et public, d’une part
la structuration de la recherche en génomique végétale au niveau national et d’autre
part la création de plates-formes intégrées et performantes pour les analyses
fonctionnelles (transcriptome, protéome) et bio-informatiques. Cette structuration a
été concrétisée par de nombreuses avancées scientifiques majeures : clonage de
gènes de résistance à des pathogènes et des ravageurs des cultures ou de gènes
impliqués dans la formation de la paroi de la cellule végétale et qui présentent un
intérêt fondamental et biotechnologique (protection des cultures, digestibilité des
produits végétaux, qualité du bois, …), localisation de régions des génomes des
plantes cultivées impliquées dans le contrôle de traits agronomiques importants
(tolérance aux stress de l’environnement, productivité, qualité nutritionnelle des
graines, …).
Ce rapport montre également que la création de GÉNOPLANTE contribue fortement à
l’établissement de l’Espace Européen de la Recherche. Des liens puissants ont ainsi
été établis avec le programme national allemand de génomique végétale (GABI), base
d’une plus large coopération européenne.
Dominique Job
coordinateur scientifique des programmes de GÉNOPLANTE
1
Préface
L’amélioration génétique des plantes cultivées présente des enjeux considérables,
qu’il s’agisse de se doter d’une agriculture compétitive adaptée à de nouveaux
objectifs économiques et environnementaux ou de progresser dans la satisfaction
des besoins alimentaires essentiels. Or, lors de la création de nouvelles variétés une
large diversité de critères de sélection doit être mis en jeu, ce qui ne laisse plus
guère de place à l’empirisme. Au contraire, ce travail d’amélioration nécessite pour
atteindre sa pleine efficacité de mettre en œuvre des méthodes rigoureuses
s’appuyant en particulier sur une connaissance scientifique précise des génomes
des plantes.
La génomique se définit comme l’étude exhaustive des gènes : localisation au sein
du génome (établissement de cartes génétiques et physiques), séquençage,
identification de leur fonction biologique (en particulier par le biais de l’étude
physiologique de mutants) et variabilité au sein des individus d’une même espèce.
Elle permet d’identifier ce que l’on peut appeler des « gènes d’intérêt » : intervenant
dans la résistance aux pathogènes (virus, bactéries, champignons), la qualité
(saveur des fruits et des légumes, composition en acides gras ou en vitamines,
qualité boulangère...), mais également dans les performances agronomiques
(précocité, architecture, économies d’intrants, rendement...). Exploitant la diversité
existant entre tous les individus d’une même espèce et les formes sauvages
apparentées, la génomique permet d'approfondir notre connaissance des principales
voies métaboliques dans les plantes et de rationaliser la sélection de nouvelles
variétés en combinant les caractères les plus « performants » dans des génotypes
élites.
La diversité même du règne végétal reflète la grande complexité des génomes
des plantes : taille parfois considérable, duplications partielles ou complètes,
addition de génomes issus d’espèces apparentées, fruits d’une évolution
naturelle depuis des millions d’années mais aussi des différentes formes de
sélection (domestication) pratiquées par l’homme au cours des siècles. Tout
ceci nécessite la mise en place de méthodes et d’outils spécifiques. Les
chercheurs ont choisi de travailler sur des espèces dites « modèles », à
génome de taille relativement réduite, comme l’arabette (Arabidopsis thaliana)
et le riz. L’intégration des données obtenues sur ces espèces modèles et leur
extrapolation à l’étude des espèces d’intérêt agronomique, comme le blé, le
maïs ou le colza, imposent l’utilisation de techniques de biologie moléculaire à
haut débit et le développement d’outils bio-informatiques puissants.
L’exploration à grande échelle de populations de molécules, d’échantillons ou
d’individus entiers ouvre ainsi des perspectives totalement nouvelles.
Nécessitant des moyens humains et financiers considérables, il est vite apparu que
les outils technologiques et informatiques ne pourraient être mis en place à l’échelle
de laboratoires isolés. Les enjeux scientifiques, techniques et économiques liés à la
génomique et à ses applications dans les filières biotechnologiques et bio-
industrielles justifient un engagement national fort face à une concurrence
internationale pressante.
Georges Pelletier
président du Directoire Opérationnel de GÉNOPLANTE
2
Membres GÉNOPLANTE, le programme
national français de génomique
végétale
Objectifs
Le haut niveau de technologie des outils de la génomique et
l’intégration d’innombrables données nécessitent l’association de
plusieurs compétences humaines, multidisciplinaires et
complémentaires. Ces technologies à grande échelle et ces outils
informatiques ne peuvent pas être installés dans des laboratoires
isolés, car ils requièrent des ressources humaines et financières
considérables. Pour ces raisons, GÉNOPLANTE, programme
français de génomique végétale, représente un modèle
d’organisation des recherches basé sur une coopération étroite
entre les secteurs publics et privés au niveau national. Ce
programme s’inscrit dans le dispositif français de recherche en
Génomique mis en place par le Ministère de la Recherche. C’est
pour ses implications importantes pour l’avenir et la compétitivité
de l’agriculture qu’il reçoit également un appui du Ministère de
l’Agriculture et des Affaires Rurales.
Les missions de GÉNOPLANTE sont de favoriser le

développement et la coordination de recherches sur les génomes
végétaux avec des applications et des débouchés dans les
domaines de la biologie et de la physiologie des plantes, de
l’agronomie, de l'agroalimentaire, de l’agro-industrie et de
l'environnement. L’objectif général est d’accroître la compétitivité
des productions végétales et leurs utilisations dans le domaine
agroalimentaire et des matières premières renouvelables.
Organisation
GÉNOPLANTE implique des membres publics (CIRAD, CNRS
INRA, IRD) et privés (Bayer CropScience, Biogemma, Bioplante).
Partenaires Les projets de recherche sont réalisés et évalués au sein du
Groupement d’Intérêt Scientifique, le GIS GÉNOPLANTE
Recherche. Ce GIS constitue la seule structure de pilotage pour
tous les projets de recherche du programme. Les représentants
des secteurs public et privé disposent d’un pouvoir équivalent dans
la prise de décision, à tous les niveaux de l’organisation.
Afin de renforcer l’influence de la recherche française et la valeur
économique du travail effectué, GÉNOPLANTE porte une attention
particulière au maintien d’un équilibre optimum entre la
dissémination du savoir pour répondre aux missions du secteur
public et la protection des résultats de recherche. Le
développement, la protection et la valeur d’une propriété
industrielle renforcée constituent un objectif majeur pour chacun
des partenaires. A cet effet, une Société par Actions Simplifiée, la
SAS GÉNOPLANTE-Valor, a été créée en automne 2001 par les
membres de GÉNOPLANTE afin de gérer la propriété industrielle

générée par les projets de recherche et valoriser les résultats de la
recherche.
3
• Dix Comités thématiques (Générique :
Arabidopsis, Riz, Nouveaux Outils, Bio-
informatique, Cibles importantes dans le
génome des plantes cultivées ; Espèces : Blé,
Maïs, Colza, Tournesol, Pois), chacun animé par
deux coordinateurs, l’un du secteur public,
l’autre du secteur privé ;
• Un Conseil Scientifique (président : Francesco
Salamini) dont le rôle est d’assister le Comité
d’Orientation Stratégique et d’évaluer sur une
base annuelle la progression du programme.
Par ailleurs, le Directoire Opérationnel fait appel,
en concertation avec le Ministère de la
Recherche, à un Panel d’Experts nationaux et
internationaux pour juger de la qualité
scientifique des projets soumis en réponse
appels d’offres.
L’organisation de GÉNOPLANTE
(cf. organigramme p 112) Le Conseil Propriété Intellectuelle avise les
membres de GÉNOPLANTE quant à la potentialité
de valorisation des résultats des recherches.
Le Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS
GÉNOPLANTE Recherche ; secrétaire générale :
Brigitte Faugère) comporte : La société par actions simplifiée (SAS)
GÉNOPLANTE-Valor (président : Charles Brette,
• un Comité d’Orientation Stratégique (COS ;
présidente : Marion Guillou, directrice générale de directeur général d’Arvalis-Institut du végétal ; vice-
président : Gérard Jacquin, directeur des systèmes
l’INRA ; vice-présidents : Julien Verlay, directeur de
Bioscience Bayer CropScience et Pierre Pagesse, d’information INRA ; directeur général: Pierre
Malvoisin) est composée d’une dizaine de personnes
président du comité stratégique de Biogemma) ;
• Un Directoire Opérationnel (DO ; président : en charge des aspects juridiques, financiers et de
propriété intellectuelle.
Georges Pelletier, directeur de recherche à l’INRA ;
vice-président : Georges Freyssinet, directeur
scientifique de RhoBio) ;
Les Comités Thématiques de GÉNOPLANTE
GÉNOPLANTE Générique
Analyse Fonctionnelle du génome d’Arabidopsis Identification de la fonction des gènes répertoriés
par approche génomique
Riz
Développement de nouveaux outils d’analyse du
transcriptome, du protéome, production de lignées
Nouveaux Outils mutantes
Adaptation d’outils informatiques existants ou
Bio-informatique création de nouveaux outils aux caractéristiques
spécifiques du génome des plantes
Cibles importantes dans les génomes des plantes cultivées Clonage positionnel de gènes de résistance aux
virus, aux pucerons, ou impliqués dans la
mycorhization chez diverses espèces
GÉNOPLANTE Espèces Programmes génériques de clonage positionnel,
Blé carte physique, banque BAC, données de synténie
avec les génomes modèles de référence….
Maïs
Identification de QTL, recherche de gènes
Colza candidats et validation pour des caractéristiques
agronomiques (ex : tolérance au stress hydrique),
Tournesol de résistance aux maladies (ex : clonage d’un
gène de résistance à l’Alternaria chez le
tournesol), de qualité des produits récoltés (ex :
Pois gènes de valeur boulangère chez le blé)
4
GÉNOPLANTE Les programmes GÉNOPLANTE ont déjà généré une
est basé sur deux
quantité importante de données. Toutes ces données
programmes principaux. Le premier,
sont conservées dans deux réseaux bio-informatiques
« GÉNOPLANTE Générique », est
parallèles : RhoBio-Inf pour les membres du secteur
principalement dédié à l’analyse
privé et GÉNOPLANTE-Info pour le secteur public.
fonctionnelle du génome de plantes
Les données sont mises à disposition
modèles (Arabidopsis, riz), au
progressivement sur un site Internet. Ces deux
développement des outils pour la
réseaux sont reliés par une connection sécurisée, de
génomique végétale (transcriptomique,
manière à ce qu’ils contiennent en temps réel
protéomique, métabolomique, bio-
exactement la même information, accessible à tous
informatique, production de lignées
les membres de GÉNOPLANTE.
mutantes, production de populations
Au 1er février 2003 les résultats obtenus au sein des
recombinantes) et à l’identification de
programmes GÉNOPLANTE ont permis de déposer
gènes d’importance agronomique
18 demandes de brevets, une moitié venant des
majeure détectés chez diverses espèces
programmes GÉNOPLANTE-Générique, l’autre des
(Comité thématique « Cibles importantes
programmes GÉNOPLANTE-Espèces. A cette même
dans le génomes des plantes
date, 12 dépôts de logiciels et bases de données bio-
cultivées »). Cinquante et un projets au
informatiques ont été faits à l’Agence pour la
total ont été conduits durant la première
Protection des Programmes.
phase de GÉNOPLANTE
générique (1999-2001), et 61 autres
Des ressources financières partagées
projets le sont dans la phase 2 (2002-
Le réseau GÉNOPLANTE favorise les projets
2004).
scientifiques fédérateurs et transversaux et leur
Le deuxième programme,
attribue des moyens significatifs de mise en œuvre.
« GÉNOPLANTE Espèces », vise à
Le budget sur cinq ans s’élève à
développer la génomique sur cinq
200 millions d’euros. Sur ce budget, près de 40%
espèces majeures en France : blé, maïs,
correspondent à l’apport en propre (laboratoires,
pois, colza et tournesol. Différents
salaires des scientifiques) des organismes publics de
laboratoires partenaires de
recherche. Les partenaires privés financent
GÉNOPLANTE, situés dans toute la
également environ 40% du programme, à la fois au
France, travaillent sur quatre axes de
travers de leurs propres équipes engagées dans
recherche :
GÉNOPLANTE (apport en propre) et sous forme d’un
• l’analyse structurale du génome des
soutien financier aux programmes menés dans les
plantes,
laboratoires publics (6% du total). Enfin, une aide
• la recherche des gènes impliqués globale, de l’ordre de 20% (40 millions d’euros),
dans la résistance aux maladies, provient des pouvoirs publics : ministères en charge
• les caractéristiques agronomiques de la recherche (fonds national de la science et fonds
(e.g., tolérance au stress hydrique, de la recherche et de la technologie) et de
composants moléculaires du l’agriculture. C’est cette synergie de moyens qui
rendement), et supporte les laboratoires publics et privés pour
• les caractéristiques de qualité du développer des recherches originales en génomique
produit fini (e.g., gènes du blé qui végétale au plan national.
influent positivement sur la qualité du
pain).
Quarante trois projets au total ont été
menés lors de la phase 1 (1999-2001) et
48 autres le seront dans la phase
suivante (2002-2004).
Environ 450 scientifiques sont mobilisés
sur les projets GÉNOPLANTE. Parmi
eux, 150 jeunes scientifiques (post-
doctorants, ingénieurs, techniciens) ont
été recrutés durant la phase 1 du Budget de GÉNOPLANTE (1999-2004)
Rouge : moyens propres des organismes publics (CIRAD, CNRS, INRA,
programme GÉNOPLANTE, et un
IRD)
nombre équivalent pour la réalisation de Gris : moyens propres des entreprises privées (Bayer CropScience,
Biogemma, Bioplante)
la phase 2.
Bleu : subventions des ministères (Ministères en charge de la
Recherche et de l’Agriculture)
5
Un premier bilan de GÉNOPLANTE 1 (1999-2001)
Le rôle fédérateur du programme nombreuses publications ont été réalisées (59).
GÉNOPLANTE a permis de créer une force On peut espérer une forte augmentation de ce
nationale de recherche en génomique végétale. nombre de publications et brevets (cible : 100
Dans la phase 1 (1999-2001), le programme a publications ; 30 brevets) de la phase 1 du
regroupé une centaine de projets de recherche programme GÉNOPLANTE, compte tenu du
sur des objectifs fondamentaux, fait que les équipes se sont dans un premier
méthodologiques et appliqués. Cette temps majoritairement orientées vers
association originale de partenaires publics et l’élaboration de nouvelles ressources
privés permet d’assurer une cohérence, une biologiques et moléculaires et d’outils de
coordination et un échange constant génomique.
d’informations au sein du réseau, facilitant ainsi
une application rapide des résultats obtenus. Création de ressources
Les travaux ont concerné des caractères Une des priorités du projet GÉNOPLANTE était
agronomiques importants : tolérance au stress la création de ressources biologiques et
hydrique, digestibilité, tolérance aux maladies, moléculaires, sources de progrès. Cet effort est
rendement, besoins en fertilisants, etc… concrétisé par la production de centaines de
milliers d’EST sur les espèces d’intérêt
Valorisation agronomique, de milliers de lignées mutantes
pour la génétique inverse (Arabidopsis, Riz,
Formation et emploi
Maïs) et de multiples lignées recombinantes
GÉNOPLANTE a permis la formation de
produites pour l’analyse de caractères
nombreux jeunes chercheurs et techniciens par
quantitatifs (e.g., Blé, Maïs, Tournesol, Pois,
leur intégration dans les projets. Ce personnel
également Arabidopsis). Ces ressources
formé a pu, dans une proportion importante,
créées ont profité à l’ensemble de la
trouver un emploi. Au terme de la phase 1 de
communauté scientifique. Ainsi, près de 570
GÉNOPLANTE, 109 d’entre eux, sur un total de
échanges de matériel biologique ou
149, ont trouvé une situation, très souvent
informatique, matérialisés par des fiches de
stable, à l’issue de leur contrat. Vingt quatre
traçabilité, ont été comptabilisés. Il faut ajouter
d’entre eux sont encore en recherche d’emploi
à ce bilan la création et/ou la consolidation de
(tableau 1).
plates-formes technologiques pour le
transcriptome, le protéome et le métabolome
Publications / brevets
(Gif-sur-Yvette, Montpellier, Grenoble,
En parallèle à l’effort de protection des résultats
Versailles, Evry) et de plates-formes de bio-
(25 brevets ou protection de logiciels/bases de
informatique d’envergure nationale (RhoBioInf
données déposés ou en cours de dépôt par
et GÉNOPLANTE-Info).
GÉNOPLANTE-Valor en phase 1) de
Tableau 1 : Bilan général (Générique + Espèces) de la phase 1 de GÉNOPLANTE au 1-2-2003
Comités Nombre Publications Brevets / CDD totaux CDD ayant CDD en CDD en cours ETP ETP privé/an
thématiques de projets APP recrutés trouvé un recherche de projets public/an
débouché d'emplois
AF 18 17 5 22 12 10 0 56,30 5,20
NO 14 10 4 23 18 1 4 39,35 3,75
BI 10 7 4 15 10 2 3 21,35 3,30
CI 8 4 3 11 6 2 3 17,75 0,75
Colza 9 3 2 14 10 0 4 21,25 7,50
Maïs 13 6 3 21 19 1 1 19,75 16,95
Blé 12 8 2 23 20 3 0 27,10 18,49
Riz 1 4 0 9 7 2 0 16,0 0,00
Tournesol 4 0 1 6 5 1 0 8,28 1,28
Pois 5 0 1 5 2 2 1 21,90 5,36
Totaux 94 59 25 149 109 24 16 249,3 62,58
Abréviations : AF, Analyse fonctionnelle du génome d’Arabidopsis ; NO, Nouveaux Outils; BI, Bio-Informatique ; CI, Cibles Importantes pour le
génome des plantes cultivées ; APP, Agence pour la Protection des Programmes ; ETP, Equivalent Temps Plein.
6
Une confrontation des bilans de la phase 1 entre publications conventionnelles, alors que le
projets « Générique » et projets « Espèces » fait second est extrêmement performant en terme
ressortir des complémentarités notables entre les d’embauche stable des jeunes scientifiques
secteurs public et privé. ayant fait leurs preuves au cours de leur CDD
Le premier s’attache plus à la question de (tableau 2).
valorisation des résultats sous forme de
Tableau 2 : Comparatif « Générique » / « Espèces » phase 1 de GÉNOPLANTE au 1-2-2003
Générique Espèces
Nombre de projets 51 43
ETP public/an 150,9 98,28
ETP privé /an 13 49,58
ETP public / ETP privé 11,6 1,98
Nombre de CDD recrutés sur projets 80 69
Nombre de CDD recrutés/projet 1,5 1,60
Nombre de CDD ayant trouvé un débouché 53 (66%) 56 (81,16%)
Nombre de publications 42 17
Nombre de brevets 16 9
Nombre de publications / projet 0,82 0,39
Nombre de brevets / projet 0,31 0,21
Par ailleurs, la proportion de brevets déposés susciter les vocations en recherche. Ces
par projet est sensiblement la même dans les présentations sont disponibles sous forme de
secteurs public et privé, montrant que les CD que les professeurs et enseignants
clivages entre les deux secteurs ont peuvent réutiliser.
maintenant disparu et que les récentes
dispositions du Ministère de la Recherche en En conclusion, les efforts de mise en place
terme de politique en faveur de l’innovation du réseau GÉNOPLANTE ont été
portent leur fruit (tableau 2). concrétisés par des avancées majeures en
génomique et la création de ressources et
Développement de droits de propriété savoir-faire utiles aux différents
industrielle partenaires. En particulier, les nouveaux
Depuis sa création GÉNOPLANTE a constitué outils développés sont utilisés en création
un portefeuille de brevets géré par la SAS variétale : la connaissance des bases
GÉNOPLANTE-Valor. Les brevets portent en moléculaires des caractères agronomiques
particulier sur la digestibilité des fourrages ou permet d’assembler dans un génotype élite
la résistance à des insectes et à des maladies. les allèles les plus performants de ces
Des logiciels informatiques ont fait l’objet de gènes d’importance agronomique et
dépôt APP (Agence de Protection des accélère le progrès génétique pour
Programmes). Ils constituent à la fois une base maintenir notre compétitivité. Au plan
pour disposer de savoir-faire protégés et une fondamental, ces outils ont permis de
monnaie d’échange pour accéder à d’autres découvrir le mode d’action de nouveaux
technologies et résultats. gènes jouant un rôle capital dans le
développement des plantes et leur réponse
Communication et enseignement aux stress environnementaux.
Le programme GÉNOPLANTE a été présenté
Enfin, un des bénéfices et non des
lors de nombreux colloques nationaux et
moindres a été de mettre en place un mode
internationaux contribuant à son rayonnement,
de gestion par projet, de faire collaborer
ainsi qu’auprès de nombreuses formations
des équipes d’origines différentes et de
(DEA, Ecoles doctorales, Ecoles
donner des moyens à des équipes de
d’Ingénieurs,…) pour répondre au
chercheurs identifiées sur la base de leur
questionnement des étudiants (rôle de la
excellence.
génomique pour l’amélioration des plantes,
importance de la protection des résultats) et
7
G
É
N Principaux
O résultats de
P recherche par
L comité
A thématique
N
T
E Phase 1
Analyse Fonctionnelle du génome d’Arabidopsis
4/ L’extrême facilité de sa transformation par la
bactérie Agrobacterium tumefaciens, entraînant
l’insertion d’un fragment d’ADN, l’ADN-T, dans
potentiellement n’importe lequel des 29 000 gènes du
génome nucléaire et permettant de constituer de
larges collections de mutants d’insertion dont les
sites d’insertion peuvent être précisément connus,
ressource inestimable pour caractériser la fonction
des gènes2.
Dans le cadre de GÉNOPLANTE 1, dix huit projets
regroupant plus de 25 groupes de recherches
académiques et une unité du secteur privé se sont
attachés à analyser la fonction des gènes de cette
plante modèle, essentiellement par des approches de
génétique directe et inverse ainsi qu’en utilisant les
données de protéome puis de transcriptome. Les
thèmes de recherche concernent l’étude de
différentes voies métaboliques (azote, cellulose,
dégradation ciblée des protéines, réparation et
Au cours des 30 dernières années, la plante recombinaison de l’ADN), le développement et le
Arabidopsis thaliana (arabette des dames, remplissage de la graine, les interactions hôte-
une mauvaise herbe) a été adoptée comme pathogène, les systèmes de transports des ions, le
organisme modèle par des milliers de développement des plastes et la recherche de
biologistes. Cette communauté a développé promoteurs inductibles ou racines spécifiques.
de nombreux outils, ressources et méthodes Sur le plan de l’accroissement de la connaissance
expérimentales qui ont fortement stimulé les scientifique, la qualité des travaux conduits est
recherches sur les plantes. Cet effort de la illustrée par le nombre de communications et
communauté scientifique internationale a publications (33 et 17). Ce programme a permis la
permis le séquençage du génome nucléaire formation de plusieurs thésards et d’une dizaine de
d’Arabidopsis. Les recherches actuelles, post-doctorants. Ces résultats ont permis la création
dont celles soutenues par GÉNOPLANTE, d’un savoir présentant un intérêt industriel puisque
visent à caractériser la fonction des cinq demandes de brevets ont été déposées et
quelques 29 000 gènes codés par ce plusieurs autres sont en cours de rédaction. De
génome. L’acceptation unanime nombreux échanges ont eu lieu avec les autres
d’Arabidopsis comme système modèle tient programmes GÉNOPLANTE, mettant en place une
à plusieurs facteurs1. approche transversale inter-espèces qui d’ailleurs
1/ Son génome (120 millions de paires de s’intensifie dans les projets en cours de
bases) est l’un des plus petits chez les GÉNOPLANTE. L’excellente utilisation des
plantes (par exemple le génome du blé ressources génomiques de GÉNOPLANTE (puce
renferme de l’ordre de 16 milliards de paires ADN, base FlagDB, collection de mutants T-DNA,
de bases). ressources bio-informatique GÉNOPLANTE-Info) est
2/ Sa facilité de culture, notamment en le témoin de la vitalité de ce programme qui a permis
conditions de laboratoire (8 semaines du d’approcher l’étude fonctionnelle d’environ 5% des
semis à la récolte des graines) et une gènes d’Arabidopsis (1330 gènes et plus de 650
importante quantité de graines (plusieurs mutants).
milliers) produites par plante.
3/ L’existence de nombreux écotypes Jean-Jacques Leguay (CNRS)
présentant des traits variables (taille des Pascual Perez (Biogemma)
graines, résistance aux maladies,…) Coordinateurs scientifiques du Comité
permettant de tirer profit de la biodiversité thématique « Analyse fonctionnelle du génome
naturelle pour caractériser des gènes d’Arabidopsis »
d’intérêt agronomique.

1 Somerville C, Koornneef M (2002) A fortunate 2 Bechtold N, Ellis J, Pelletier G (1993) In-planta Agrobacterium-
choice : the history of Arabidopsis as a model plant. mediated gene transfer by infiltration of adult Arabidopsis thaliana
Nature Genetics 3, 883-889 plants. CR Acad Sci Ser. II 316, 1194-1199
8