Entre Jason Bourne et Leonid Arkadin, le combat se poursuit et devient plus féroce encore... Gravement blessé au cours d'une embuscade, Bourne fait croire à sa mort et disparaît sans laisser de traces. Lorsqu'il refait surface, c'est sous une autre identité, et bien décidé à découvrir qui veut sa mort. Dans le même temps, un avion de ligne américain s'écrase en Egypte, fauché en plein vol par un missile iranien - du moins en apparence... L'enquête de Bourne se transforme en une course contre la montre, car un conflit mondial menace d'éclater...