laporan sandwich RINA ANITA 2014

50 Pages·2014·1.51 MB·English

LAPORAN
PROGRAM PENINGKATAN PUBLIKASI
INTERNASIONAL MAHASISWA S3
TAHUN ANGGARAN 2013

Oleh
RINA ANITA MOGEA
PASCASARJANA UNIVERSITAS BRAWIJAYA

KEMENTRIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN
DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN TINGGI
DIREKTORAT PENDIDIKAN DAN TENAGA KEPENDIDIKAN
2013
LEMBAR PENGESAHAN LAPORAN PROGRAM SANDWICH

OLEH
NAMA MAHASISWA : RINA ANITA MOGEA
NIM : 117090100111015
PROGRAM STUDI : BIOLOGI
PT ASAL (TEMPAT : UNIVERSITAS NEGERI PAPUA
BERTUGAS)
PT TUJUAN SANDWICH : RITSUMEIKAN UNIVERSITY
NEGARA TUJUAN : JAPAN

PROMOTOR PESERTA SANDWICH

. ( Dr. SUHARJONO, MS) ( RINA ANITA MOGEA )

MENGETAHUI,
DIREKTUR PROGRAM PASCA UB

Prof. Dr. Ir. SOEMARNO, MS.
NIP. 19550817 198003 1 003

PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2013
Kata Pengantar
Segala Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas Kasih dan RahmatNya,
kegiatan sandwich-like program 2013 telah kami ikuti dengan baik. Kegiatan ini
merupakan salah satu penunjang penyusunan disertasi ini telah terlaksana selama tiga
bulan di Laboratory of Bioengineering, Faculty of Life Science, Ritsumeikan
University, Japan. Secara garis besar kegiatan-kegiatan yang terutama berupa
karakterisasi sampel penelitian dan penyusunan publikasi ilmiah berlangsung dengan
baik sesuai yang direncanakan berkat dukungan berbagai pihak.Untuk itu pada
kesempatan ini kami mengucapkan terima kasih kepada:
1. Kementrian Pendidikan Dan Kebudayaan RI atas kesempatan dan dukungan dana
yang diberikan
2. Prof. Ir. Sukoso, M.Sc, P.hD atas dukungan, arahan, bimbingan dan rekomendasi
yang diberikan
3. Dr. Luchman Hakim, Ketua Program Doktor Biologi FMIPA Universitas
Brawijaya, atas dukungan dan rekomendasi yang diberikan
4. Dr Suharjono, MS sebagai Pembimbing dukungan, arahan, bimbingan dan
rekomendasi yang diberikan
5. Direktur pascasarjana UB beserta staf atas dukungan administratif dan talangan
dana yang diberikan
6. Prof. Motoki Kubo atas dukungan dan bimbingannya dalam pelaksanaan
Sandwich- Like Program .
7. All members of Laboratory of Bioengineering, Faculty of Life Science,
Ritsumeikan University atas kerjasamanya selama sandwich berlangsung.

Malang, 22 Mei 2014
Peserta

Rina Anita Mogea.
Bab 1. Pendahuluan
a. Latar belakang

Pemerintah Indonesia melakukan berbagai cara untuk mempersiapkan
sumberdaya manusia Indonesia yang berkualitas dan mempunyai daya saing
internasional melalui perguruan tinggi, untuk mencapai hal tersebut perlu juga untuk
meningkatkan kualitas dosen di perguruan tinggi. Para dosen di PT kebanyakan
melanjutkan studi pascasarjana di dalam negeri. Untuk menambah wawasan para
dosen yang studi S3 diberikan kesempatan untuk mengikuti program Sandwich-S3
luar negeri. Saya sebagai mahasiswa program pascasarjana di Universitas Brawijaya
memanfaatkan kesempatan yang ditawarkan oleh Dikti, dengan semangat serta
dorongan dan dukungan dari pembimbing, mengajukan usulan untuk mengikuti
program tersebut.
Penyusunan disertasi untuk memenuhi persyaratan kelulusan dalam pendidikan
S3 perlu dilakukan penelitian. Adapun judul penelitian yang sedang dilakukan
“Karakterisasi dan identifikasi bakteri yang berasosiasi dengan Ascidian” dalam
melakukan penelitian ini kami mengalami kendala yaitu keterbatasan alat
karakterisasi berdasarkan karateristik filogenik untuk menentukan suatu spesies
mikroba dan identifikasi ini berdasarkan informasi genomic yaitu membandingkan
sekuen-sekuen DNA atau RNA. Salah satu jalan keluar yang ditawarkan oleh
Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Direktorat Pendidikan dan Tenaga
Kependidikan yaitu memberi kesempatan bagi dosen yang sedang menempu
pendidikan S3 di dalam negeri untuk melakukan magang di perguruan tinggi atau
institusi riset luar negeri selama minimum empat bulan melalui Program Sandwich-
S3 luar negeri. Beragam kegiatan yang mendukung disertasi dapat dilakukan dalam
program tersebut dengan dukungan dana yang berupa : biaya hidup, biaya buku, dan
asuransi.
b. Tujuan Kegiatan

1. Memperoleh hasil riset dengan jalan melakukan karakterisasi dengan
menggunakan teknik berbasis PCR, instrument Kodak ID, 3.5 imaging
software, automatic DNA sequencer.
2. Menjalin komunikasi dan kerjasama di bidang ilmiah di tingkat internasional
3. Berkonsentrasi menyusun publikasi

c. Manfaat Kegiatan

1. Pelaksanaan penelitian lebih lancar
2. Dapat melakukan kolaborasi di bidang penelitian
3. Dapat mengetahui teknik penulisan artikel untuk jurnal internasional.
Bab II. Rencana Kegiatan

a. Tempat Kegiatan Di luar Negeri

Kegiatan sandwich dilakukan di Laboratory of Bioengineering, Faculty of Life
Science, Ritsumeikan University, Japan. Selama mengikuti kegiatan sandwich di
Ritsumeikan University, kami dibimbing oleh Prof . Motoki Kubo, PhD.

b. Waktu Kegiatan

Kegiatan dilakukan selama 3 bulan, mulai 18 Oktober hingga 30 Desember 2013.

c. Lingkup kegiatan

1. Melakukan karakterisasi sampel meliputi ekstrak genom dna bakteri,
menghitung DNA bakteri dan jumlah sel bakteri dalam kultur, PCR dan
sekeunsing.
2. Penulisan draf paper untuk jurnal dengan topic “Phylogenetic analysis of
bacteria with antimicrobial activities from the Doreri of gulf Manokwari
associated with ascidian Phallusia julinea “
3. Mengikuti seminar international di Kumamoto Universty sebagai pembawa
materi

d. Data singkat pendamping di luar

Data pendamping di luar negeri
Nama : Prof Motoki Kubo
Degree : Doctor of Engineering, University of Osaka (1992)

Education Background
• B.S in Engineering, Hiroshima University (1983)
• M.S in Engineering, Hiroshima University (1985)
• Dr in Engineering, Osaka University (1992)

Career History
1994 – Ilinois State University School of Medicine Ministry of Education overseas
researcher
04/1997 - 03/2002. Associate Professor, Faculty of Science and Technology
Ritsumeikan University.
04/2002 - 03/2008. Science, Ritsumeikan University. Professor
04/2008 – now. Ritsumeikan University Life Science. Professor.
Teaching Achievement
• Survey Report on biological engineering education in University. 1996.
Journal of Biotechnology, Japan.
• Biological engineering education and substantiation of graduate education.
Journal Biotechnology, Japan, Vol 88 No 11, Page 583-584,2010.

Paper
• Distribution of Hydrocarbon Degrading Bacteria in the Soil Environment and
their Contribution to Bioremediation. 2013. Applied Biochemistry and
Biotechnology. Vol 170 page 329-339.
• Soybean as a nitrogen sipplier. 2013. In Teck, Edited by James E. Board.
Page 49-60.
• Further stabilization of Leu155 mutant thermolysins by mutation of an
autodegradation site. 2012. Applied Biochemistry and Biotechnology. 166,
735-743.
• Analysis of peptide uptake and location of root hair-promoting peptide
accumulation in plant roots. 2011. Peptide Science.
• Isolation and characterization of an enther-type polyurethane-degrading
microorganism,and analysis of degradation mechanism by Alternaria sp. 2010.
J. Appl. Microbiol. 108, 1946-1953.
• Utilization of biomass based on biorefinery-Development of novel bioactive
peptides from soybean waste. 2009. Research Trends. 4, 83-91.
• Phylogenetic analysis of long-chain hydrocarbon-degrading bacteria and
evaluation of their hydrocarbon-degradation by the 2,6-DCPIP assay. 2008.
Biodegradation. 19, 749-757.
• Construction of an efficient bioremediation system for petroleum
hydrocarbon-contaminated soils using specific hydrocarbon-degrading
bacteria and bacterial biomass monitoring. 2008. Soil Contamination
Research Trends,Editor J. B Dominguez, Nova Science Publishers Inc. New
York.
• Isolation and characterization of a lipid-degrading bacterium and its
application to lipid-containing wastewater treatment. 2007.
J.Biotechnol.Bioeng.
• Culture condition of Pseudomonas aeruginosa F722 for biosurfactant
production. 2006. Biotechnology and Bioprocess Engineering. 11, 471-476.
• Degradation pathways of cyclic alkanes in Rhodococcus sp.NDKK48. 2005.
Appl. Micobiol. Biotechnol. 66, 92-99.
• Microbial hydroxylation of indole to 7-hydroxyindole by Acinetobacter
calcoaceticus strain 4-1-5. 2004. Biosci.Biotech.Biochem. 68, 1167-1169.
• Biodegradation enhancement of the mixture of kerosene and diesel by using
biosurfactant from Pseudomonas aeruginosa F722. 2003.
J.Biotechnol.Bioeng. 18, 529-535.
• Biodegradation of crude oil and petroleum products by crude oil-degrading
microorganisms. 2002. Kor. J. Biotechnol. Bioeng. 17, 247-254.
• Cloning and phylogenetic analysis of two different bphC genes and bphD
gene from a PCBs-degrading bacterium, Psudomonas sp. strain SY5. 2001. J.
Microbiol. Biotechnol. 11, 668-676.
• Analysis of biosurfactant from Bacillus sp. ODTY34. 2000. Memories of the
Institute of Science & Engineering, Ritsumeikan Univ. 59, 99-111.
• Mechanism of thermostability in thermolysin - analysis of subsite S2 mutant
enzymes of thermolysin. 1991. Lett. in Appl. Microbiol. 28, 431-434.
• Isolation and characterization of polychlorinated biphenyls (PCBs) degrading
bacteria from a municipal sewage treatment plant. 1998. Environ. Eng.Res.
3, 67-78.
• The present study of advanced engineering course in chemical field of
Japanese national college technology. 1997. Numazu Coll. Technol. Res.
Ann. 31, 63-71.
• A novel use of biomass resources. 1996. Bio Industry. 13, 44-51.
• Alteration of specific activity and stability of thermostable neutral protease by
site-directed mutagenesis. 1992. Appl. Environ. Microbiol. 58, 3779-3783.
• Cloning and nucleotide sequence of the highly thermostable neutral protease
gene from Bacillus stearothermophilus. 1988. J. Gen. Microbilol. 134, 1883-
1892.

Academic society membership
• Environmental biotechnology society
• Japanese biochemical society
• Japanese society od soil science and plant nutrition
• American society of microbiology
• Japan society for bioscience, biotechnology and agrochemistry
• Society for biotechnology, Japan.
Subjech of research
• Studies on the (fat and high salt) liquid waste disposal
• Studing on the new use of biomass resources
• Study on oil degradation and protease from microorganism.

Awards
• Watanabe Mitsuhiko Invention Award 03/2010
• Sapporo Bioscience Foundation Award a research grant in analysis of plant
growth promotin peptides from biomass resources. 2009.

e. Deskripsi rincian rencana kegiatan.
Judul : Aktifitas antimikroba dari bakteri yang berasosiasi dengan ascidian.
Rencana Kegiatan
Bakteri laut merupakan sumber senyawa bioaktif baru yang banyak menjadi
perhatian sekarang ini. Bakteri laut yang miskin nutrisi banyak dijumpai hidup
dengan cara berasosiasi dengan organisme laut bentik, seperti ascidian. Asosiasi
bakteri dengan organisme laut dapat mempengaruhi proses metabolisme bakteri, hal
ini terjadi karena kompetisi hidup yang tinggi antara bakteri dan keterbatasan nutrisi
(Mearns-Spragg et al., 1998). Bakteri dapat menghasilkan senyawa bioaktif untuk
berbagai aktivitas biologis, misalnya antimikroba. Produksi senyawa antimikroba
merupakan salah satu cara bakteri beradaptasi terhadap lingkungan dalam upaya
bakteri mempertahankan diri dari bakteri lain dan inangnya (Penesyan et al., 2010).
Data di atas menunjukkan bahwa ada simbion yang teridentifikasi positif
menghasilkan komponen bioaktif yang sama dengan inangnya. Dengan demikian
penelitian ini dilakukan untuk mencari bakteri indigenous yang bersimbion dengan
ascidian dari papua dan berpotensi sebagai penghasil antimikroba terhadap mikroba
patogen.
Skema kegiatan
Lokasi kerja
No Rencana kerja Kegiatan Waktu
1 Langka 1: yang telah Mengisolasi Laboratorium
dikerjakan yaitu bakteri yang mikrobiologi

memperoleh isolat bakteri dapat FMIPA UB
indegenus yang menghambat

berasosiasi dengan mikroba patogen
ascidian Mengumpulkan November
bakteri yang 2012 – Juli

memiliki 2013
aktivitas
antimikroba

2 Langka 2 yang akan Identifikasi Oktober – Ritsumeikan
dilakukan di laboratorium bakteri Desember
University
bioengineering, Fakultas menggunakan 2013
MIPA Universitas 16S rDNA
Ritsumeikan yaitu
identifikasi bakteri

f. Deskripsi Luaran (output) kegiatan :
1. Data hasil genom DNA bakteri,
2. Data hasil kuantitas DNA dan jumlah sel bakteri dalam kultur
3. Data PCR dan analisa sekuens bakteri.
g. Deskripsi Dampak (outcome) kegiatan :
1. Memperdalam kajian dalam penulisan disertasi
2. Menambah wawasan ketrampilan dalam pengerjaan DNA bakteri
3. Dapat bertukar pikiran dan pengalaman dengan peneliti dari berbagai Negara.