Identification and characterization of candidate genes in Rheumatoid Arthritis Identificação e

331 Pages·2009·25.06 MB·English

Identification and characterization of

candidate genes in Rheumatoid Arthritis

Identificação e caracterização de genes

candidatos na Artrite Reumatoide

Identification et caractérisation des gènes

candidats dans la Polyarthrite Rhumatoïde

Vitor Hugo Sousa Teixeira
Universidade de Coimbra
Université d’Evry Val d’Essonne
2009
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Dissertation submitted to the Faculty of Medicine of the University of Coimbra and to
the University of Evry Val d’Essone (Doctoral School «Des Génomes aux Organismes»)
to require the PhD Diploma
in Biomedical Sciences and Molecular and Cell Biology

Dissertação apresentada à Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra e à
Universidade de Evry Val d’Essone (Escola Doutoral «Des Génomes aux Organismes»)
para prestação de provas de Doutoramento em
Ciências Biomédicas e Biologia Molecular e Celular

Mémoire de Thèse présenté à la Faculté de Médicine de l’Université de Coimbra et à
l’Université d’Evry Val d’Essonne (Ecole Doctorale «Des Génomes aux Organismes»)
en vue de l’obtention du Doctorat
en Sciences Biomédicales et en Biologie Moléculaire et Cellulaire

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Identification and characterization of candidate genes in Rheumatoid Arthritis

Vitor Hugo Sousa Teixeira

The research work presented in this thesis was performed at the GenHotel Laboratory -
EA3886 - Research Laboratory in Rheumatoid Arthritis (Evry and Paris-VII Universities),
Evry, France under supervision of Dr Elisabeth Petit-Teixeira and Prof. Catarina Resende de
Oliveira.

Os trabalhos experimentais apresentados nesta tese foram elaborados no laboratório GenHotel
- EA3886 - Laboratório de Investigação em Artrite Reumatóide (Universidades de Evry e
Paris-VII), Evry, France sob a supervisão da Doutora Elisabeth Petit-Teixeira e da Professora
Catarina Resende de Oliveira.

Front cover:
The figure shows a cluster diagram of the expression of significantly expressed genes in 18
RA patients and 15 controls. Genes are organized by hierarchical clustering based on overall
similarity in expression patterns. Red represents relative expression greater than the median
expression level across all samples, and green represents an expression level lower than the
median. Black indicates intermediate expression.

University of Coimbra
2009

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To my Parents,
Grand-Parents
and Rheumatoid Arthritis Patients

Aos meus Pais,
Avós
e Pacientes com Artrite Reumatóide

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Acknowledgements/Remerciements/Agradecimentos

In the Shakespeare language,

I would like to thank all the members of the jury for accepting to attend my thesis defense. I
would like to let you know that your presence is a great honour to me.

I would like also to thank the “Fundação para a Ciência e Tecnologia, Portugal” the
opportunity to accomplish my doctorate (PhD Fellowship - SFRH/BD/23304/2005) as well as
the partial funding of my thesis project.

I would like to thank the Association Française des Polyarthritiques, Société Française de
Rhumatologie, Association Rhumatisme et Travail, European Union for AutoCure,
Association Polyarctique, Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé,
Groupe Taitbout, Genopole, Federation Française de Cardiologie, Société Francaise de
Cardiologie, Boehringer Ingelheim, the French Ministry of Research and Education and The
European Consortium on Rheumatoid Arthritis Families for having partially supported this
work.

I would like to thank to the Rheumatoid Arthritis patients and individual controls for their
participation in this work.

Dans la langue de Molière,

Je remercie le Dr. François Cornélis de m’avoir accueilli au sein de son laboratoire GenHotel,
me permettant de réaliser ma thèse de doctorat. Je vous remercie également pour toutes les
discussions et conseils scientifiques importants pour l’accomplissement de ma thèse de
doctorat.

Je voudrais exprimer mon énorme gratitude à ma directrice de thèse Dr. Elisabeth Petit
Teixeira. Un grand merci pour l’orientation scientifique du travail présenté dans cette thèse,
pour tout l’encouragement et l’enthousiasme démontrés lors de sa concrétisation. Je remercie
aussi tout la disponibilité que vous avez toujours démontrée, nos innombrables discussions,
votre capacité à prendre des initiatives ainsi que vos qualités scientifiques, conditions
indispensables à la concrétisation de ce projet. Je voudrais de plus exprimer ma gratitude
concernant votre contribution à la préparation de la thèse ainsi qu’à sa lecture soignée et
critique. Pour conclure, je voudrais exprimer ma fierté d’avoir réalisé ma thèse de doctorat
sous votre direction ainsi que pour la forte et belle amitié que nous avons construit.

À Céline Pierlot, je remercie tout simplement le fait d’être devenue ma meilleure amie!!!! Je
voudrais te témoigner mon immense gratitude pour tout le soutien scientifique et personnel et
de m’avoir aidé à faire de ses 4 années des moments inoubliables. Il y a des personnes que je
n’oublierai jamais et toi tu en fais partie!!!!

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Aux Dr. Laetitia Michou, Dr. Philippe Dieudé, Dr. Laurent Jacq, Dr. Robert Olaso et Dr.
Marie-Laure Martin-Magniette je voudrais vous remercier pour votre amitié, soutien,
discussions et suggestions scientifiques qui se sont révélées très importantes pour mes projets
de thèse. Cela a été un énorme plaisir d’avoir travaillé à vos côtés. Un remerciement
particulier au Dr Philippe Dieudé pour m’avoir énormément aidé pendant un moment difficile
de ma vie.

Je voudrais remercier toutes les autres personnes appartenant au laboratoire Genhotel pour
leur sympathie et coopération.

Je voudrais aussi remercier tous les collaborateurs français, tunisiens, hollandais et allemands
pour tous les projets réalisés ensemble.

Je voudrais remercier le Professeur Francis Quétier, Mme Florence Hamon et Mme
Véronique Fournier de l’Ecole Doctoral «Des Génomes aux Organismes» de l’Université
d’Evry pour leur aide, accueil et sympathie à mon égard.

À mes potes Alexandre, Romain et Claire, je voudrais vous remercier pour l’énorme amitié,
soutien et humour!!!!! Merci beaucoup pour tous les excellents moments passés ensemble. Un
jour je vous vaincrai à la pétanque...... et je vous attends à Londres!!!!! Et ça sera moi à me
moquer de votre Anglais!!!!!

À mes amies Tiphaine et Coralie, je voudrais vous remercier pour l’amitié, sympathie et tous
les moments passés ensemble. Merci d’avoir contribué à mon aventure parisienne inoubliable.

À mes amis, Samuel, Imen, Cléa, Harry, Steven, Gwen, Hafida, Jean-Gui, Marco, Ghida,
Loubna, un gros merci de votre sympathie, amitié et moments d’excellent humour. Je
n’oublierai jamais toutes les conversations, particulièrement pendant nos fabuleux voyages en
RER D....

Merci à toutes les personnes appartenant au Genopole de votre accueil, sympathie et amitié.
Merci particulièrement pour les moments de détente pendant les pauses café.

Merci à tous mes potes du foot!!!! Inoubliable les mardis midi pendant lesquels nous nous
transformions en Cristiano Ronaldo, Rooney, Messi, Henry….et nous nous amusions comme
des fous!!!!!

Merci à tous les amis que j’ai rencontrés à la Cité Universitaire, ce qui a fait de ces 4 années
de thèse, une belle histoire personnelle et un voyage cosmopolite.

Na língua de Luis de Camões,

Queria expressar a minha enorme gratidão à minha co-directora de doutoramento Prof
Catarina Resende de Oliveira, por todo o seu apoio e encorajamento em todas as etapas deste
doutoramento. Agradeço ainda a disponibilidade que sempre demonstrou, as nossas
discussões científicas, bem como as suas qualidades científicas, condições estas
indispensáveis para concretizar este projecto. Finalmente queria expressar o meu orgulho de
ter realizado o meu doutoramento sob a vossa direcção e também por termos construído uma
grande amizade!!!
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