hindi kıymalarında salmonella'ların varlığı ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi

102 Pages·2008·2.82 MB·Turkish

TÜRKİYE CUMHURİYETİ
ANKARA ÜNİVERSİTESİ
SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

HİNDİ KIYMALARINDA SALMONELLA’LARIN VARLIĞI VE
ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİKLERİNİN BELİRLENMESİ

Özlem İŞERİ

BESİN HİJYENİ VE TEKNOLOJİSİ ANABİLİM DALI
DOKTORA TEZİ

DANIŞMAN
Prof. Dr. İrfan EROL

2007-ANKARA
ii
iii
İÇİNDEKİLER

Kabul ve Onay ii
İçindekiler iii
Önsöz vi
Simgeler ve Kısaltmalar vii
Şekiller ix
Çizelgeler x
Grafikler xi
Resimler xii

1. GİRİŞ 1
1.1. Tarihçe 3
1.2. Salmonella’ların Taksonomisi 3
1.3. Salmonella’ların Morfolojik ve Biyokimyasal Özellikleri 5
1.4. Salmonella’ların Gelişimini Etkileyen Faktörler 8
1.4.1. Sıcaklık 8
1.4.2. Su Aktivitesi ve Tuz 8
1.4.3. pH Değeri 9
1.5. Salmonella’ların Bazı Çevresel Koşullar ve Gıdalarda Canlı Kalma 10
Süreleri
1.6. Salmonella’ların Antibiyotik Dirençliliği 10
1.7. Salmonella’ların Virülens Faktörleri 11
1.8. Salmonella’ların Minimal İnfeksiyon Dozu ve Patogenezi 13
1.9. Salmonella İnfeksiyonlarında Semptomlar 15
1.9.1. Enterokolitis 16
1.9.2. Sistemik Hastalık 16
1.10. Salmonella’ların Gıdalarda Bulunuşu 17
1.10.1. Kanatlı Eti ve Ürünleri 17
1.10.2. Kırmızı Et ve Ürünleri 20
1.10.3. Yumurta 21
iv
1.10.4. Diğer Bazı Gıdalar 22
1.11. Salmonella’ların Kontaminasyon Kaynakları 23
1.12. Salmonella İnfeksiyonlarının Epidemiyolojisi 25
1.13. Salmonella’ların Gıdalardan İzolasyon ve İdentifikasyonu 28
1.13.1. Klasik Kültür Tekniği 28
1.13.2. İmmunomanyetik Separasyon 30
1.13.3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu 30
1.14. Korunma ve Kontrol 31

2. GEREÇ VE YÖNTEM 33
2.1. Gereç 33
2.1.1. Salmonella spp.’nin İzolasyon ve İdentifikasyonunda Kullanılan 33
Besiyerleri ve Diğer Kimyasallar
2.1.2. PCR İçin Kullanılan Malzemeler 37
2.1.3. Antibiyotik Dirençlilik Testinde Kullanılan Besiyerleri ve Antibiyotik 39
Diskleri
2.2. Yöntem 40
2.2.1. Klasik Kültür Tekniği 40
2.2.1.1. Ön Zenginleştirme 41
2.2.1.2. Selektif Zenginleştirme 41
2.2.1.3. Katı Besi Yerine Ekim 41
2.2.2. İmmunomanyetik Separasyon Tekniği 43
2.2.3. Salmonella spp.’nin İdentifikasyonu 44
2.2.3.1. Biyokimyasal Testler 44
2.2.3.2. Aglütinasyon Testi 45
2.2.4. PCR Tekniği 47
2.2.5. Antibiyotik Dirençliliğin Belirlenmesi 49
2.2.6. İstatistiksel Analizler 50

3. BULGULAR 51
3.1. Klasik Kültür ve IMS Teknikleri ile Analiz Sonuçları 51
3.2. PCR Sonuçları 55
3.3. Antibiyotik Dirençlilik Sonuçları 56
v
3.4. Mevsimsel Dağılım 57

4. TARTIŞMA 60
5. SONUÇ VE ÖNERİLER 75
ÖZET 76
SUMMARY 77
KAYNAKLAR 78
ÖZGEÇMİŞ 90
vi
ÖNSÖZ

Hindi eti, çocukların yetişkinlerden daha fazla ihtiyaç duyduğu başta lizin olmak üzere
alanin, serin, aspartik asit, metiyonin, glutamik asit ve tirozin amino asitlerini yüksek
düzeyde içeren önemli bir protein kaynağı olmasının yanısıra, düşük seviyede
kolesterol de içermektedir. Ülkemizde kanatlı eti tüketiminde piliç eti önemli bir paya
sahip olmasına rağmen, son yıllarda hindi eti ve ürünlerine olan talep artmıştır. Bununla
beraber, kanatlı hayvanlarda insanlar için patojen olan bazı mikroorganizmaların
yaygın olarak bulunması ve çiftlikten sofraya kadar geçen aşamalarda gerekli hijyenik
önlemlerin yeterince alınmaması insanlarda hindi eti tüketimine bağlı infeksiyon ve
intoksikasyonların şekillenmesine neden olabilmektedir.

Hindi kıyması, uygulanan teknolojik işleme bağlı olarak parçalanıp yüzeyinin
genişlemesi sonucu, yalnızca düşük düzeyde Salmonella’lar ile kontamine olması
halinde bile risk taşımakta ve uygun olmayan koşullarda muhafaza edilmesine bağlı
olarak mevcut Salmonella’ların hızlı bir şekilde üreyebilmesine ve çapraz
kontaminasyonlara neden olabilmektedir.

Bu çalışmada, hindi kıymalarında Salmonella’ların varlığının klasik kültür ve
IMS teknikleri kullanılarak saptanması, elde edilen izolatların oriC gen sekansı esas
alınarak PCR ile doğrulanması, antibiyotiklere karşı dirençlilik durumlarının
saptanması ve mevsimsel dağılımının incelenmesi amaçlanmıştır.

Tez çalışmamım seçilmesi ve yürütülmesinde ilgi ve yardımlarını esirgemeyen
başta danışmanım Prof. Dr. İrfan EROL olmak üzere Prof. Dr. Sadi AKGÜN, Prof. Dr.
T. Halûk ÇELİK, Doç. Dr. U. Tansel ŞİRELİ, Prof. Dr. Nejat AYDIN ve tüm değerli
öğretim üyelerine, PCR çalışmasında yardımlarını esirgemeyen Araş. Gör. Dr.
Muammer GÖNCÜOĞLU ve Araş.Gör. N. Deniz AYAZ’a, laboratuvar çalışmaları
boyunca yardımını ve desteğini esirgemeyen Sema BAL’a, tüm araştırma görevlisi
arkadaşlarıma ve hayatım boyunca her zaman desteklerini hissettiğim annem ve babam
Hacer-Ergül İŞERİ ile ablam ve eniştem Gülay-Seyit YILMAZ ve minik Gülsem’e
sonsuz teşekkürlerimi sunarım.
vii
SİMGELER VE KISALTMALAR

a : Activity of water - Su aktivitesi
w
AOAC : Association of Official Analytical Chemists
APHA : American Public Health Association - Amerikan Halk Sağlığı Örgütü
BGA : Brilliant Green Agar
BHI : Brain Heart Infusion
BPLS : Brilliant Green Phenol- red Lactose Sucrose
BS : Bismuth Sulfite
CDC : Center for Disease Control and Prevention- Amerikan Hastalık Kontrol ve
Korunma Merkezi
DİE : Devlet İstatistik Enstitüsü
DNA : Deoksiribonükleik asit
ELISA : Enzyme Linked Immunosorbant Assay
FDA : Food and Drug Administration - Gıda ve İlaç Dairesi
FSIS : Food Safety and Inspection Service - Gıda Güvenliği ve İnspeksiyonu
Servisi
fur : Ferrichrome uptake, Regulation of Iron
GM : Granulocyte-monocyte - Granulosit-monosit
HACCP : Hazard Analysis and Critical Control Points – Tehlike Analizi ve Kritik Kontrol
Noktaları Sistemi
HE : Hektoen Enteric
HPB : Health Protection Branch - Sağlık Koruma Bölümü
IMS : Immunomagnetic Separation - İmmuno Manyetik Separasyon
ICMSF : International Commission on Microbiological Specifications for
Foods
IFN : Interferon
IL : Interleukin
inv : Invasion gene
ISO : The International Organization for Standardization - Uluslar arası
Standardizasyon Ofisi
kob : Koloni oluşturan birim
LIA : Lysine Iron Agar
LPS : Lipopolisakkarit
MKTB : Mueller-Kauffmann Tetrathionate Buyyon
NAS : National Academy of Sciences – Ulusal Bilim Akademisi
NCCLS : National Committee for Clinical Laboratory Standards - Klinik
Laboratuvar Standartları Ulusal Komitesi
omp : Outer membran protein
oriC : Origin of replication of chromosome
oxyR : Oxidative Stres Resistans
pag : PhoP Activated Gene
PBS : Phosphate Buffered Saline
PCR : Polymerase Chain Reaction - Polimeraz Zincir Reaksiyonu
PhoP : Phosphate P; Phosphorylated Transcriptional Activator
PhoQ : Membrane sensor kinase
prg : PhoP Repressed Gene
viii
rck : Resistance to Complement Killing
RVB : Rappaport Vassiliadis Buyyon
SCB : Selenite Cystine Buyyon
Sip : Salmonella invasion protein - Salmonella invazyon proteini
SPI : Salmonella Pathogenicity Islands - Salmonella patojenite bölgeleri
spv : Salmonella plasmid virulence
stx : Salmonella toksin
TNF : Tumor necrosis factor - Tümör nekroz faktör
TPS : Tamponlanmış Peptonlu Su
TSA : Tryptone Soya Agar
TSB : Tryptone Soya Buyyon
TSIA : Triple Sugar Iron Agar
TTB : Tetrathionate Buyyon
USDA : United States Department of Agriculture - Amerikan Tarım Bakanlığı
via : Vi antigen
WHO : World Health Organization - Dünya Sağlık Örgütü
XLD : Xylose Lysine Deoxycholate
ix
ŞEKİLLER

Şekil 1.1. Salmonella’ların konakçı bağırsak epitel hücrelerine invazyonu 14

Şekil 1.2. Salmonella’ların gıdalara bulaşma zinciri 24

Şekil 2.1. Salmonella spp.’nin klasik kültür tekniğiyle izolasyon ve 46
identifikasyon şeması

Şekil 2.2. Salmonella spp.’nin izolasyonunda IMS tekniğinin kullanılması 47
şeması
x
ÇİZELGELER

Çizelge 1.1. Çeşitli ülkelerde yıllık hindi eti üretim miktarları 2

Çizelge 1.2. Kauffmann-White Salmonella şeması 5

Çizelge 1.3. Salmonella’ların biyokimyasal ve serolojik özellikleri 7

Çizelge 1.4. Salmonella’ların bazı virülens faktörleri 12

Çizelge 3.1. Hindi kıymalarından klasik kültür ve IMS teknikleriyle saptanan 52
Salmonella spp. pozitif örneklerin dağılımı

Çizelge 3.2. Selektif zenginleştirme buyyonlarındaki Salmonella spp. pozitif 52
örneklerin dağılımı

Çizelge 3.3. Salmonella’ların izolasyonunda kullanılan BPLS ve XLD selektif 54
katı besiyerlerindeki pozitif örnek dağılımı

Çizelge 3.4. Klasik kültür tekniğiyle izole edilen Salmonella’ların selektif 54
zenginleştirme buyyonları ve katı besiyerlerine göre dağılımları

Çizelge 3.5. PCR tekniği ile doğrulanan 113 Salmonella spp. izolatının 56
antibiyotik dirençlilik tablosu

Çizelge 3.6. Hindi kıymalarından izole edilen ve PCR ile doğrulanan 57
Salmonella’ların mevsimsel dağılımı

Çizelge 3.7. Hindi kıymalarından izole edilen ve PCR ile doğrulanan 58
Salmonella’ların aylara göre rastlanma sıklığı