Épidémiologie descriptive et circulation des virus influenza chez les animaux et chez l'homme

15 Pages·2010·0.57 MB·French

Colloque « Grippes animales et humaines »
1er juin 2010 - Afssa Ploufragan
Résumés des interventions
Épidémiologie descriptive et circulation des virus
influenza chez les animaux
et chez l’homme

Jean-Claude Manuguerra
Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence, Institut Pasteur F-75724 Paris

La pandémie meurtrière dite de "Grippe espagnole" qui a frappé le monde entier en 1918/1919 a
stimulé l'intérêt des microbiologistes pour cette maladie. C'est au lendemain de la première guerre mondiale et
de la première pandémie du vingtième siècle, que René Dujarric de la Rivière, qui fut un des premiers
scientifiques à s'intéresser à la grippe au laboratoire, démontra que l'agent étiologique de la grippe était un
"virus filtrable". Il a fallu attendre 1931 pour que Richard Shope, intrigué par la simultanéité de la grippe
espagnole chez l'homme et d'une maladie similaire chez le porc vers 1918/1919, isola le premier virus de grippe
chez le porc. Ce n'est que deux ans plus tard, en 1933, à la faveur d'une épidémie de grippe en Angleterre, que
trois chercheurs du National Institute for Medical Research au Nord de Londres (Wilson Smith, C.H. Andrewes et
P.P. Laidlaw) isolèrent pour la première fois un virus de grippe humaine grâce au furet. Toutes ces études ont
confirmé le caractère ultrafiltrable de l'agent étiologique de la grippe. Une contamination de laboratoire permit
en 1936 de confirmer que l'isolat de 1933 était bien l'agent de la grippe humaine.
En réalité, la souche “Hollandaise” de virus de la peste aviaire avait été isolée bien avant en Indonésie
avant 1927 ou 1928 mais il a fallu attendre les progrès des connaissances virologiques pour se rendre compte
que ce virus était de structure similaire aux virus porcins et humains et donc un virus de type grippal ou
influenza. Dès 1971, la nomenclature des virus grippaux ou influenza humains et animaux était unique et en
1980, la nomenclature allait encore plus loin dans l’unification puisque les types moléculaires d’hémagglutinine
(HA) et de neuraminidase (NA) ont été groupés : par exemple Neq2 est devenu N8 : il y a depuis lors des virus
A(H3N8) équins et aviaires.

Les Influenzavirus A, qui forment un des trois genres de virus grippaux (aussi appelés types), infectent
naturellement un spectre plus ou moins large d’espèces hôtes en fonction du sous-type, voire du génotype. Les
oiseaux constituent le groupe zoologique qui se trouve au cœur du monde grippal, certains ordres regroupant
des espèces que l’on peut qualifier d’hôtes ancestraux, très généralement porteurs asymptomatiques, comme
les Ansériformes. D’autres ordres sont constitués d’espèces très sensibles aux infections comme les Galliformes.
Tous d’origine aviaire plus ou moins anciennes, les virus influenza circulent au sein d’espèces de Mammifères
(en particulier les chevaux, les humains et les porcs), chez lesquels ils s’installent durablement et s’y inféodent
en infléchissant leur évolution comme les virus A(H1N1) ou A(H3N2) chez l’homme. Dans d’autres cas, les virus
grippaux ne s’inféodent pas comme par exemple chez les espèces de Cétacées, une des raisons pouvant
expliquer cela tenant à la structure démographique de ces populations.
Le passage de virus grippaux entre espèces peut se faire à la suite d’un ou plusieurs réassortiments chez
l’espèce hôte ou chez un intermédiaire (cas du A(H3N2) de la grippe asiatique chez l’homme). Les échanges de
fragments génétiques entiers sont intratypiques et des études encore assez récentes montrent qu’ils sont
fréquents sans que les conséquences biologiques ne soient systématiquement importantes. Les virus grippaux
une fois adaptés à leur nouvelle espèce sont affranchis de leur(s) réservoir(s) et leur dynamique de circulation se
déroule de manière indépendante dans chaque espèce ou groupes d’espèces. Chez les Mammifères, et l’homme
en particulier, cette circulation est saisonnière et centrée sur la saison froide. Chez les oiseaux domestiques, ce
type pattern saisonnier se retrouve.
La formation d’un nouveau génotype au sein d’un groupe viral proche, entre virus divers, voire
appartenant à des sous-types différents, peut générer des virus phénotypiquement inédits capables de
propriétés épidémiques particulières à l’origine de panzooties (exceptionnelles) comme celles dues aux virus
influenza aviaires hautement pathogènes A(H5N1) depuis la fin de 2003 ou à l’origine de pandémies chez
l’homme comme nous l’avons vécu en 2009/2010.
Les virus influenza aviaires

Véronique Jestin
Afssa-Ploufragan-Plouzané, Unité Virologie Immunologie Parasitologie Aviaires et Cunicoles,
Laboratoire National de Référence pour l’influenza aviaire et la maladie de Newcastle, B.P. 53, 22440 PLOUFRAGAN

Les virus influenza aviaires infectent les oiseaux sauvages (plus d’une centaine d’espèces répertoriées,
essentiellement aquatiques) et captifs (notamment toutes les espèces domestiques) et sont capables de se
transmettre efficacement dans toutes ces espèces. Ces virus appartiennent tous au type A mais se répartissent en
une très large diversité de sous-types correspondant à tout le répertoire connu à savoir 16 sous-types
d'hémagglutinine H1-H16 et 9 sous-types de neuraminidase (N1-N9) ; ces derniers peuvent se combiner aux
premiers en 144 sous-types HN théoriques dont la plupart a été identifiée chez les oiseaux sauvages. La fréquence
de tel ou tel sous type HN dépend de l’espèce, de la zone géographique, de la période de temps considérés, mais
certains sous types apparaissent inféodés à des espèces aviaires (tel H13N6 chez les Laridae).
Au plan vétérinaire, 2 sous-types d’hémagglutinine : H5 et H7 revêtent une importance majeure et sont l'objet
d'une réglementation. En leur sein, un marqueur de virulence correspondant à des motifs particuliers du site de
clivage de l'hémagglutinine sert de base réglementaire pour distinguer les virus faiblement pathogènes (FP) des
virus hautement pathogènes (HP) pour les oiseaux. De plus, comme les virus appartenant à ces sous-types
peuvent avoir un potentiel zoonotique, ils font également l'objet d'une surveillance à des fins de santé publique.
D'autres sous-types présentent un intérêt particulier soit du fait de leur importance en santé animale et/ou
publique, tel le sous-type H9N2 (voir ci-dessous).
Une très grande majorité de virus influenza aviaires possèdent une hémagglutinine se liant à des récepteurs
cellulaires présentant des acides sialiques liés au galactose en α 2.3 (présents de façon majoritaire dans le tractus
respiratoire et digestif des oiseaux aquatiques), avec d’ailleurs des différences subtiles mais notables dans
l’affinité pour différentes polymères sialoglycosylés. Néanmoins les virus influenza aviaires de sous-types H9N2
d’une lignée eurasienne se lient à des récepteurs cellulaires présentant des acides sialiques liés au galactose en α
2.6 abondants dans l'arbre respiratoire et digestif ainsi que l’oviducte de volailles terrestres mais aussi dans
l’épithélium respiratoire supérieur humain.
Comme chez tous les virus influenza, le génome segmenté des virus aviaires leur permet de se réassortir entre
eux mais aussi avec des virus de mammifères. La première situation se produit avec une très grande fréquence
compte tenu du large panel d'oiseaux tant sauvages que domestiques pouvant être infectés et des transmissions
directes ou indirectes de ces virus entre ces espèces à la faveur des rassemblements d'oiseaux sauvages ou des
contacts entre oiseaux sauvages et domestiques ou entre espèces domestiques, contacts favorisés par certains
modes d'élevage (plein air, multi-espèces …). La seconde situation est possible chez tout hôte capable d’être
infecté par des virus des deux origines, à cet égard, le porc constitue un hôte « idéal ». De plus, comme chez tous
les virus influenza, le génome des virus aviaires est constitué d'ARN et montre une grande plasticité. Ainsi il
évolue aussi par mutation ponctuelle, délétion, (et même quoiqu’extrêmement rarement par recombinaison), en
rapport notamment avec une adaptation à un nouvel hôte aviaire voire à une pression de sélection liée à une
vaccination. Un exemple de cette évolution est donné par la distinction de 10 clades de virus H5N1 certains
d’entre eux étant subdivisés en sous-clades (2.2 par exemple qui a diffusé d’Asie en Europe et Afrique en 2006,
2.3 récemment détecté en Roumanie au printemps 2010) et eux mêmes subdivisés en sous sous-clades.
Cette complexité est encore renforcée par le fait que des virus adaptés aux mammifères peuvent encore
néanmoins se transmettre in toto à certaines espèces aviaires par exemple les virus H1N1 porcins appartenant à
la lignée « avian-like » et que des virus retrouvés chez les oiseaux peuvent présenter des gènes provenant de virus
de mammifères, même si ce phénomène est très rare.
Les virus retrouvés chez les oiseaux constituent donc un immense réservoir de gènes qu'il convient de
surveiller. Différents programmes de surveillance et de recherche y concourent. Notamment les programmes de
surveillance mis en place pour traquer plus spécifiquement les virus aviaires de sous-types H5/H7 (voir exposé
spécifique) permettent aussi de récolter des échantillons et d'accumuler des données sur les autres sous-types
aviaires, comme s’y emploie le LNR à Ploufragan. Compte tenu de la grande diversité et complexité de ces virus,
les outils et méthodes de laboratoire doivent être régulièrement actualisés et enrichis pour permettre une
analyse toujours plus poussée. En effet outre le traitement des données d'épidémiologie moléculaire, il convient
de chercher à comprendre les bases moléculaires de la résistance dans l’environnement, de la virulence, d’un
accroissement du potentiel zoonotique, de la contagiosité… et tenter de repérer des signatures particulières
permettant de faire des prédictions et d’aider les gestionnaires du risque.
Les virus influenza chez le porc

Gaëlle Kuntz-Simon
Afssa-LERAPP, Unité Virologie Immunologie Porcines
Laboratoire National de Référence pour les Virus Influenza Porcins - 22440 Ploufragan

Même s’ils apparaissent plus stables que les virus influenza humains d’un point de vue antigénique, les
virus influenza porcins (ou SIV pour swine influenza virus) sont régulièrement soumis à des modifications
génomiques, notamment par le biais de réassortiments rendus possibles lors de co-infections, en raison de la
nature segmentée du génome viral. Le porc semble être le seul mammifère domestiqué susceptible à la fois aux
infections par des virus influenza humains et aux infections par des virus influenza aviaires. Il peut donc servir
d’hôte intermédiaire pour l’adaptation de virus aviaires à l’hôte mammifère et pour la génération de nouveaux
virus réassortants, pouvant à leur tour être transmis à l’Homme, à d’autres mammifères, voire même à des
oiseaux domestiques et sauvages.
Trois sous-types de SIV, H1N1, H3N2 et H1N2, circulent simultanément depuis plusieurs années chez le
porc dans toutes les régions du monde à forte densité porcine. Cependant, les origines et les caractéristiques de
ces trois sous-types viraux varient en fonction des continents et il convient de distinguer les souches circulant en
Europe de celles affectant les porcs d’Amérique du Nord ou d’Asie. Plusieurs lignées génétiques peuvent même
être différenciées au sein d’un même sous-type dans certaines régions. En Europe, les prévalences respectives
des trois sous-types viraux varient d’un pays à l’autre. En France, il n’a plus été détecté de virus H3N2 depuis la
fin des années 90, tandis que circulent à des prévalences similaires les virus européens H1N1 et H1N2. De
nouveaux virus issus de réassortiments entre SIV de ces deux lignées ont été isolés à plusieurs reprises au cours
des dix dernières années dans quelques élevages bretons, sans démonstration toutefois de leur diffusion dans la
population porcine.
En avril 2009 ont été déclarés en Amérique du Nord les premiers cas pathologiques d’infections
humaines par un nouveau virus influenza de sous-type H1N1, devenu responsable de la première pandémie du
XXIème siècle. Ce virus présente une constellation inédite de gènes provenant de SIV, bien que n’ayant jamais
été détecté chez le porc avant d’avoir été isolé chez l’Homme. Six segments génomiques proviennent d’un SIV
multi-réassortant apparu il y a quelques années aux Etats-Unis, tandis que les deux autres gènes proviennent
d’un SIV d’origine aviaire apparu en Europe en 1979, ayant diffusé en Asie en 1993, mais n’ayant jamais été isolé
chez des porcs du continent américain. Les date, lieu et espèce cible du réassortiment entre les SIV « donneurs »
restent non élucidés, mais il a été émis l’hypothèse, dès la connaissance de son émergence, de la capacité de ce
virus pH1N1/09 à transgresser facilement la barrière d’espèce entre l’Homme et le porc. Des études d’infections
expérimentales ont démontré la susceptibilité de l’espèce porcine et la capacité de transmission intra-espèce.
Par ailleurs, depuis un an, des élevages ont été trouvés infectés par le virus pH1N1/09 dans plus d’une vingtaine
de pays du monde entier et il semblerait que l’infection des porcins puisse avoir lieu de manière quasi-
inapparente, voire asymptomatique. On peut donc craindre que ce virus ne s’adapte à l’espèce porcine, comme
ce fut le cas des virus responsables des pandémies de 1918 et 1968, avec le risque de futurs réassortiments avec
les SIV actuellement enzootiques, voire d’autres virus influenza d’origines humaine ou aviaire.
L’émergence du virus pH1N1/09 confirme la nécessité de surveiller et d’étudier l’évolution des virus
influenza en circulation chez le porc, tant d’un point de vue de la santé animale que de la santé publique. Les
facteurs limitant la transmission et l’adaptation des virus influenza d’une espèce à une autre, notamment vers et
depuis le porc, apparaissent multigéniques mais sont encore largement incompris.
Les virus influenza équins

Stéphan Zientara
UMR 1161 virologie Afssa/INRA/ENVA – 94701 Maisons-Alfort

Les virus influenza de type A qui infectent les équidés appartiennent à deux sous types : H3N8 et H7N7
dont les prototypes sont respectivement A/equine/Miami/63 et A/equine /Prague/56. Le sous type H7N7 n’a
plus été isolé depuis 1989. Cette valence a d’ailleurs été retirée de la plupart des vaccins en Europe. Ne circulent
donc actuellement que des virus H3N8 qui peuvent être regroupés en deux lignages selon les séquences
nucléotidiques de leurs segments HA : les lignages américain et européen. Ces lignages sont eux-mêmes divisés
en sous-lignages.
Les virus H3N8 circulent en France avec une évolution saisonnière (hiver, printemps), en particulier dans
les centres équestres, hippodromes et centres d’entraînement. Les chevaux de course sont, en moyenne,
régulièrement et correctement vaccinés (le code des courses impose cette vaccination). La situation est
différente chez les chevaux de propriétaires. La vaccination s’effectue à l’aide de vaccins inactivés purifiés et
adjuvés à base de complexes immunostimulants (ISCOM) ou recombinants (à vecteur canarypox).
En 1994, le Lerpaz, en collaboration avec l’association vétérinaire équine française (AVEF), a constitué un
réseau de vétérinaires sentinelles sur le modèle des GROG (groupes régionaux d’observation de la grippe) en
médecine humaine. Ce réseau a été élargi à d’autres infections (abortives, nerveuses notamment) et s’appelle le
RESPE (réseau d’épidémiosurveillance des pathologies équines). Aujourd’hui, environ, deux cents vétérinaires
sentinelles participent bénévolement à ce réseau.
Les équidés n’échappent pas aux phénomènes de transmissions virales inter-espèces. En Chine, en 1989,
un virus isolé chez des chevaux s’est révélé être d’origine aviaire. Cet événement de transmission « oiseau-
cheval » du virus influenza d’origine non équine à des chevaux a été décrit une seule fois ; cette épizootie de
grippe équine a été provoquée par une souche virale (souche A/Equine/Jilin/1/89) d’origine aviaire puisqu’elle
comportait 6 segments génomiques sur 8 d’origine aviaire.
Les virus équins H3N8 sont capables de franchir la barrière des espèces. Ainsi, en 2004, aux États-Unis,
en Floride, un virus H3N8 du lignage américain a provoqué la mort de lévriers. En Angleterre, des études
virologiques et sérologiques ont montré que des lévriers avaient été infectés par des virus d’origine équine en
2003-2004. De même, en Australie en 2007 alors qu’une épizootie majeure sévissait chez les équidés, un virus
d’origine équine fut capable d’infecter des chiens. Dans tous ces cas, la transmission directe et la contagion
directe entre chiens n’ont pas été observées. Par ailleurs, chez des porcs en Chine, furent isolés des virus
d’origine équine. Enfin, en 2009, en Egypte, un virus H5N1 fut isolé chez des ânes qui présentaient des signes
cliniques de grippe.
Ces données suggèrent fortement que l’espèce équine doit aussi être prise en compte dans le cadre de
la surveillance globale des virus influenza.
Histoire naturelle des virus influenza
et de la maladie chez l’homme

Sylvie van der WERF
Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN, CNR des virus influenzae (Région-Nord),
Institut Pasteur, URA3015 CNRS, Université Paris Diderot Paris 7, Paris, France

Chez l’homme, l’évolution de l’infection par les virus grippaux dépend du statut immunitaire et de la
susceptibilité naturelle de l’hôte ainsi que des souches virales en cause. Il convient ainsi de distinguer, la grippe
saisonnière, la grippe zoonotique et la grippe pandémique.

Lors des épidémies de grippe saisonnière, les virus grippaux de type A(H1N1), A(H3N2) ou de type B sont
transmis par les sécrétions respiratoires par aérosol ou par manuportage. Le virus se multiplie initialement au
niveau de l’épithélium du nasopharynx puis peut gagner l’épithélium bronchique. Lors des infections les plus
sévères le virus gagne les bronchioles voire les alvéoles pulmonaires donnant lieu à la survenue d’une
pneumonie. La symptomatologie clinique est peu spécifique, et varie selon les virus grippaux, les infections à
virus A(H3N2) étant généralement plus sévères. Le syndrome grippal se caractérise par une survenue brutale et
l’association de fièvre plus ou moins élevée, d’au moins un symptôme respiratoire et d’au moins un symptôme
général. L’infection grippale peut donner lieu à des complications par surinfections bactériennes favorisées par
la multiplication virale mais également à des complications de type cardio-vasculaire, neurologiques, etc. ou
encore se traduire par la décompensation de pathologies sous-jacentes. On définit ainsi les sujets présentant
des facteurs de risque pour la grippe, pour lesquels la vaccination anti-grippale est recommandée chaque année.
L’excrétion virale précède la survenue des symptômes. Maximale 2 à 3 jours après l’infection, elle dure environ
une semaine mais est plus prolongée chez les enfants et chez les sujets immunodéficients. Chez les sujets
immunocompétents, l’immunité innée puis l’immunité spécifique permettent de contrôler l’infection.
L’évolution génétique constante des virus et la pression de sélection liée à l’immunité (notamment humorale)
dans la population se traduit par une variation antigénique permettant d’expliquer la survenue des épidémies
de grippe saisonnière.

L’infection humaine par des virus aviaires ou porcins a été décrite pour une variété de sous-types de
virus influenza A (H7N7, H9N2, H5N1, ..). Ces infections zoonotiques qui ne donnent généralement pas lieu à une
transmission interhumaine se produisent notamment dans le cadre d’épizooties. L’expression clinique et la
sévérité chez l’homme varient, donnant lieu pour les virus porcins à des affections respiratoires généralement
sans gravité et pour les virus aviaires à des conjonctivites (sous-type H7), des affections respiratoires bénignes
(sous-type H9) ou des pneumonies virales sévères (sous-type H5) selon les caractéristiques virales, en particulier
mais pas exclusivement en rapport avec la spécificité du virus pour son récepteur.

La grippe pandémique survient lorsque l’introduction chez l’homme d’un virus antigéniquement
nouveau vis-à-vis duquel la majorité de la population ne possède pas d’anticorps donne lieu à une transmission
inter-humaine efficace. La morbidité et la mortalité varient selon les propriétés du virus et le degré d’immunité
préexistante ; très élevée dans le cas de la pandémie de 1918, modérée pour la pandémie de 2009. La grippe
pandémique se caractérise notamment par un impact plus élevé chez les sujets jeunes, une sévérité accrue par
rapport à la grippe saisonnière chez certaines catégories de personnes (femmes enceintes, obèses) et la
survenue de pneumonies virales primaires chez des sujets sans facteurs de risque bien que des pneumonies liées
à des co- ou surinfections bactériennes ou à des réponses immunopathologiques soient également à prendre en
compte. Une excrétion virale prolongée est également observée vraisemblablement en lien avec l’absence
d’immunité préexistante. Dans ce contexte, en absence de vaccination, un traitement antiviral précoce est
bénéfique pour éviter la survenue de formes graves comme observé dans le cadre de la pandémie à virus
A(H1N1)2009, et les sujets immunodéficients chez lesquels des virus résistants au traitement antiviral sont
susceptibles d’émerger doivent faire l’objet d’une attention particulière. Des études complémentaires sont
nécessaires pour identifier et caractériser les déterminants viraux de virulence et d’adaptation à l’homme ainsi
que les éléments impliqués dans l’existence d’une immunité croisée.
Diversité de l’expression clinique
et de ses conséquences en pathologie animale
chez les oiseaux et le porc

Arlette LAVAL
École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l’alimentation, Nantes-Atlantique (ONIRIS)

Les conséquences médicales de l’infection par un virus Influenza chez le porc et les volailles sont très variables
selon la virulence de la souche, l’espèce animale, la nature et la variété des co-facteurs infectieux et
zootechniques présents dans l’élevage.

Chez les oiseaux

La dinde est l’espèce la plus sensible, mais des manifestations très graves sont également constatées chez la
poule et le poulet. Les palmipèdes sont moins sensibles.

Dans les formes très graves, associées à une souche hautement pathogène de virus influenza, les symptômes
apparaissent après une incubation courte, de 2 à 5 jours. Ils débutent par une perte d’appétit, de l’abattement,
une chute de ponte sévère, un gonflement de la tête, des sinus, de la crête et des barbillons qui apparaissent
cyanosés. La respiration est difficile. Les oiseaux s’entassent et meurent rapidement, avec des signes nerveux
agoniques et parois de la diarrhée. Plus de 75% de l’effectif peut être décimé en moins de 3 jours. Les lésions
hémorragiques massives concernent tous les tissus.

Les formes moins graves, dues à des souches modérément pathogènes, se manifestent par des troubles
respiratoires plus ou moins aigus et des chutes de ponte parfois spectaculaires. L’inflammation des voies
aériennes fait le lit des surinfections bactériennes par des mycoplasmes et des colibacilles qui seront finalement
plus difficiles à contrôler que l’infection initiatrice.

Chez le porc

La grippe porcine est connue depuis en France depuis la fin des années 70. C’est une maladie enzootique qui
affecte les porcs de tous âges lorsqu’ils sont dépourvus de protection immunitaire naturelle ou vaccinale. Elle
évolue en général sur un mode très aigu, après une incubation courte, de quelques jours. Les signes cliniques se
manifestent par une fièvre élevée et des troubles respiratoires consécutifs à une bronchiolite et une pneumonie
interstitielle en mosaïque associées à une nécrose puis une hyperplasie de l’épithélium bronchique. Chez la
truie, la fièvre est à l’origine d’avortements, de troubles de la reproduction et d’agalaxie. Les deux souches qui
circulent en France (H1N1 et H1N2) donnent des signes cliniques comparables mais H1N2 peut donner lieu à
des formes apparemment récurrentes en post-sevrage. La guérison est plus ou moins rapide selon les conditions
de conduite d’élevage et la nature des co-infections. La présence de virus SDRP, Mycoplasme, Actinobacillus
pleuropneumoniae sont clairement des facteurs aggravants.
Diversité de l’expression clinique
et de ses conséquence en pathologie animale
Virus influenza équin : de la clinique à la surveillance

Loïc Legrand1, C. Marcillaud-Pitel2, Ph. Pitel1, G. Fortier1, S. Pronost1
1 Laboratoire Frank Duncombe, IFR 146 ICORE, 14053 Caen Cedex
2 Réseau d’Epidemio-Surveillance en Pathologie Equine, 23 rue Pasteur 14120 Mondeville

Le virus influenza A, plus communément appelé virus de la grippe, est l’un des pathogènes majeurs
infectant de nombreux mammifères dont le cheval. Deux sous-types sont à ce jour connus comme agents
infectieux du cheval, H7N7 et H3N8. Le premier, appelé aussi « Equi-1 », a été isolé pour la première fois à
Prague en 1956, et ne semble plus circuler actuellement; le second, H3N8 ou « Equi-2 », isolé pour la première
fois en 1963 à Miami, est donc le seul à ce jour responsable d’épizootie chez les équidés et, comme plus
récemment décrit, chez le chien.
Il existe différents degrés d’infection allant de la forme mineure, quasi inapparente, se traduisant
généralement chez le cheval par une hyperthermie modérée, à une forme majeure pouvant être compliquée par
une surinfection bactérienne. Généralement, l’animal infecté développe un syndrome fébrile avec une
hyperthermie proche de 41°C, une toux forte, sèche avec un jetage nasal séreux. Ces symptômes sont souvent
accompagnés de myalgie, tachypnée et/ou dyspnée. Dans de rares cas, chez les individus les plus jeunes, le virus
influenza équin peut être responsable de bronchites, bronchopneumonies, voire de pneumonies pouvant
s’avérer fatales. Des atteintes plus rares, comme des encéphalites ou des myocardites, ont été également
décrites. Lors d’infections bactériennes secondaires, la fièvre persiste et le jetage devient alors mucopurulent. La
forme mineure est le plus généralement retrouvée dans les populations vaccinées. Ces animaux permettent
alors une propagation du virus qualifiée de silencieuse et favorisent sa dissémination. Au sein d’une population
naïve, le virus se répand rapidement et peut atteindre l’ensemble de l’élevage.
De nombreuses méthodes de diagnostic ont été décrites pour la détection du virus basées sur la
virologie classique, l’immunologie ou la biologie moléculaire. L’isolement du virus influenza équin se fait
principalement par culture sur œuf embryonné de poule qui est la méthode de référence. Cette technique
longue et fastidieuse est le plus souvent remplacée dans les laboratoires par les tests
immunochromatographiques, rapides, mais peu sensibles, ou les outils de biologie moléculaires comme la PCR
(Polymerase Chain Reaction) moins exigeantes que la culture et aux performances équivalentes.
Les échanges commerciaux génèrent de nombreux mouvements et rassemblements de chevaux à
travers les différents pays ce qui favorise les risques de contamination et la dissémination du virus. Afin de
rendre possible un contrôle des chevaux et de réaliser des enquêtes épidémiologiques sur l’ensemble du
territoire, le réseau d’Epidémio-Surveillance en Pathologie Equine (RESPE), via le sous-réseau Syndrome
Respiratoire Aigu (SRA), centralise les informations de vétérinaires sentinelles et permet la recherche de virus
responsables de troubles respiratoires dont le virus influenza équin. Ces enquêtes permettent l’isolement de
souches virales et rendent possible un suivi de l’évolution des virus circulant en France. Cette analyse consiste en
une étude phylogénique et une analyse des mutations qui surviennent au sein d’une protéine de surface,
l’hémagglutinine H3. Ainsi, ces informations peuvent être utilisées pour adapter au mieux la stratégie vaccinale
et compléter les bases de données européennes et mondiales en collaboration avec le laboratoire référent de
l’Office Internationale des Epizooties (OIE), l’Irish Equine Centre, situé à Johnston, Irlande.
Depuis peu, il a été démontré que le virus influenza équin de sous-type H3N8 avait franchi une barrière
d’espèce en passant du cheval au chien. Cette découverte réalisée sur des chiens de courses occupant des boxes
de chevaux infectés ouvre la porte à une nouvelle hypothèse de vecteur permettant la propagation du virus au
sein des haras. Une étude à l’échelle européenne est actuellement mise en place afin de surveiller les chiens
présents dans les haras où le virus a pu être détecté. Des épreuves virologiques et sérologiques seront réalisées
sur ces chiens afin de déterminer s’ils sont systématiquement infectés lors d’un passage viral mais aussi
d’évaluer un potentiel rôle dans le processus de dissémination du virus.
Ainsi, l’ensemble de ces moyens et outils participe à la surveillance, la compréhension de la transmission
du virus et à la mise en place d’une prophylaxie adaptée sur le territoire français.
Surveillance de l’influenza aviaire

Hélène Sadones
Direction générale de l’alimentation – bureau de la santé animale

Principes généraux
Le dispositif de surveillance de l’Influenza aviaire en France repose sur deux volets qui visent à la fois les oiseaux
domestiques et sauvages :
- la surveillance active correspondant à des enquêtes sérologiques au sein des élevages de volailles, à
des prélèvements sur des canards appelants et à des captures ou des tirs d'oiseaux sauvages,
- la surveillance passive correspondant à des investigations menées suite à des suspicions cliniques en
élevages et des mortalités au sein de la faune sauvage.
Les modalités de cette surveillance sont définies au niveau communautaire.
Objectifs
La surveillance passive a principalement pour objectif d’assurer une détection précoce en élevage ou parmi les
oiseaux sauvages, de l’apparition de souches influenza aviaire hautement pathogène.
La surveillance active a pour objectif d’estimer la circulation des souches de sous types H5 et H7 faiblement
pathogènes (IAFP). Compte tenu du risque de mutation de souches faiblement pathogènes et de l’existence d’un
réservoir d’IAFP au sein de l'avifaune, la réglementation européenne a imposé dès 2002 aux Etats membres la
réalisation d’enquêtes sérologiques visant à détecter, dans les élevages de volailles, la présence d’infections
inapparentes par des virus de sous-types H5 et H7 faiblement pathogènes (IAFP).
Modalités de mise en œuvre
Surveillance active
Les modalités de réalisation de l’enquête sérologique obligatoire dans les élevages de volailles sont précisées
chaque année par une note de service et sont conformes aux exigences européennes. Chaque année, un
échantillon de 900 à 1000 élevages de différentes filières font l'objet de prélèvements pour sérologie, les
élevages sont ciblés en fonction de leur risque d’exposition notamment vis-à-vis de la faune sauvage (parcours
plein-air) et de la sensibilité de certaines espèces (dindes par exemple). Ces élevages sont répartis sur
l’ensemble du territoire.
Les canards appelants font également l’objet d’un plan d’échantillonnage qui prévoit le prélèvement
d’écouvillons cloacaux à la fin de la saison de chasse.
La surveillance active sur l’avifaune est conduite par l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS)
et concerne environ 2000 oiseaux capturés ou tués à la chasse.
Surveillance passive
La surveillance des mortalités en élevage repose sur le réseau de vétérinaires sanitaires et le système d’alerte
précoce au sein des services vétérinaires déconcentrés.
Pour la faune sauvage, les oiseaux trouvés morts ou malades font l’objet de prélèvements (écouvillons cloacaux
et trachéaux) pour recherche influenza en l’absence d’une autre cause évidente de mortalité.
Résultats
La France a conservé en 2009 son statut indemne vis-à-vis de l’influenza aviaire hautement pathogène au sens
du code zoosanitaire de l’OIE. Trois foyers d’influenza faiblement pathogène (H5N3) ont été mis en évidence au
sein d’élevages de palmipèdes dans le cadre de l’enquête annuelle en 2009.
En 2009, 893 élevages de volailles ont fait l’objet de prélèvement sérologiques, 32 élevages se sont révélés
séropositifs pour le sous type H5 et un seul élevage de canard prêt à gaver positif en PCR H5 (H5N3 FP) .
Environ 2339 oiseaux sauvages ont fait l’objet de prélèvement pour recherche influenza par PCR : 367 oiseaux
trouvés morts et 1972 oiseaux chassés ou capturés. Cette surveillance active a abouti à la mise en évidence de
virus IA faiblement pathogènes mais aucun virus hautement pathogène ( 63 résultats positifs en PCR H5 FP et 14
PCR H7 FP).
La surveillance des infections grippales chez le porc
par l’Afssa Ploufragan-Plouzané

François Madec, N. Rose, E. Eveno, S. Quéguiner, S. Gorin, N. Barbier,
A. Saulnier, S. Hervé, G. Kuntz-Simon
Afssa-LERAPP, Unité Virologie Immunologie Porcines
Laboratoire National de Référence pour les Virus Influenza Porcins - 22440 Ploufragan

La connaissance de la situation des élevages porcins à l’égard des infections grippales est inégale selon
les pays et souvent parcellaire. Elle est rarement obtenue au travers de dispositifs d’épidémiosurveillance
formalisés et pérennes. En revanche des études épidémiologiques sont mises en place ponctuellement, par
exemple dans le sillage de phénomènes sanitaires d’allure grippale. Une surveillance passive est fréquente et
elle est souvent le fait de laboratoires de diagnostic vétérinaire ou d’équipes de recherche ayant en parallèle
une activité diagnostique (e.g. Universités US). Il y a une dizaine d’années l’UE a proposé un programme de
recherche (ESNIP∗) destiné à permettre la surveillance des infections grippales chez le porc.
Le dispositif mis en œuvre par l’équipe de Ploufragan pour la surveillance des infections grippales chez le porc
pour la période 2006-2009 est polymorphe. Ainsi comporte t-il :
1- Une surveillance active, dédiée. Celle-ci possède 3 supports que sont :
 Les signalements à l’Afssa par des correspondants volontaires (vétérinaires, techniciens, éleveurs) de cas
cliniques d’allure grippale survenant dans les élevages essentiellement bretons. Un technicien Afssa se
rend alors sur place, évalue les symptômes et réalise les prélèvements (écouvillons nasaux, cinétique
sérologique). Les isolats sont finement caractérisés.
 La constitution en Bretagne d’un groupe « d’élevages sentinelles ». Au nombre de 22, ces élevages ont été
choisis en fonction de leur localisation géographique (densité des élevages…) et d’autres critères
(historique de grippe, volontariat…). Ces élevages sont visités par l’équipe Afssa deux fois par an et des
examens sérologiques sont pratiqués sur porcs à l’engrais. Dans l’intervalle entre visites en cas de
syndrome grippal signalé, des prélèvements ad hoc sont réalisés (comme au paragraphe ci-dessus).
 Une enquête sérologique d’envergure nationale pratiquée à l’abattoir sur un échantillon de porcs
charcutiers. Les abattoirs sont sollicités au prorata de leur capacité et les lots de porcs sont tirés au sort.
2- Une surveillance indirecte, surtout sérologique, lors de la conduite de programmes de recherche sur des
sujets variés de pathologie porcine. Les travaux sont conduits en étroite collaboration avec les organisations
professionnelles.
3- Enfin des isolats de virus grippaux sont transmis pour caractérisation par des laboratoires de diagnostic
vétérinaire.
Pour la période 2006-2009, le dispositif dans son ensemble a permis d’obtenir 71 isolats. Aucun virus
A/H N n’a été détecté et les virus obtenus sont des virus A/H N et A/H N de lignées européennes. Quelques
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réassortants sont également obtenus. L’étude sérologique sur porcs d’abattoir (n = 1850 porcs, 185 élevages)
montre une prévalence élevage de 28 et de 33 % pour A/H N et A/H N respectivement. Par ailleurs on a pu
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observer une disparité régionale. Ainsi les anticorps A/H N se retrouvent-ils nettement plus fréquemment en
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Bretagne. La valence A/H N est restée muette. Pour le Grand-Ouest, des résultats voisins sont obtenus à partir
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d’un autre échantillon (n = 125 élevages naisseurs-engraisseurs) en 2007-2008. La fréquence élevée d’infections
grippales subcliniques, notamment révélées dans le groupe des élevages sentinelles, complique la surveillance
virologique. Le programme ESNIP 3 nous donnera l’occasion de réfléchir à la question ainsi qu’à la situation à
l’égard du virus pH N .
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∗ ESNIP (European Surveillance Network of Influenza in Pigs). Le programme a été renouvelé (ESNIP 2) et un troisième cycle
(ESNIP 3) vient d’être accepté. Il rassemble une quinzaine de partenaires