Grenouille crece en un hogar para niños huérfanos hasta los ocho años bajo el cuidado de madame Gaillard. Ella lo entrega a un cruel curtidor de cueros que pone a Grenouille a cargo de los trabajos más peligrosos.
Una noche, durante la celebración anual en honor a la posesión del rey, Grenoille percibe un aroma perfecto. Lo sigue hasta la rue de Marais donde encuentra a su primera víctima: una joven adolecente pelirroja excepcionalmente bella, que se encuentra quitando las semillas de unas ciruelas amarillas. Grenouille la asesina para poder poseer su aroma.
El protagonista, consciente de su talento único, decide trabajar en perfumería y llama la atención del perfumista más prestigioso de París, Baldini. Bajo Baldini, Grenouille aprende los procesos químicos para destilar y materializar perfumes.
Luego de unos años adquiere su libertad y decide recluirse en la soledad de una caverna. Transcurren siete años, hasta que un día tiene una pesadilla y se da cuenta de que él mismo no tiene ningún olor.
Encuentra al Marqués de la Taillade-Espinasse, un hombre interesado en comprobar la teoría del fluido vital que establecía que los objetos relacionados con el aire son sanadores. Para esto decide tomar como ejemplo a Grenouille, por haber vivido en una alta cueva.
Grenouille por su parte logra fabricar un perfume que es imitación de la esencia humana, así es percibido por otros como uno más. Con esto, decide partir rumbo a Grasse y trabaja en el taller de perfumería de madame Arnulfi, bajo el mando de su amante Druot.
Con el propósito de continuar sus experimentos para crear aromas humanos, Grenouille empieza a asesinar a jóvenes mujeres vírgenes. Las mata con un golpe en la cabeza, rapa su cabello y las envuelve en grasa animal para poder destilar su aroma. Así asesina a 24 jóvenes.
Reina el caos y los asesinatos cesan cuando el obispo decreta que el asesino ha quedado excomulgado. Antoine Richis, oficial de alto rango de Grasse, no confía en que los asesinatos hayan terminado. Astutamente, deduce que el asesino es una especie de coleccionista y que en esta colección su hija, Laure Richis, la mujer más bella de Grasse, es la única pieza que falta.
Decide partir de repente con su hija a una posada lejana. Pero Grenouille, siguiendo su aroma la encuentra y la asesina.
Finalmente crea el perfume deseado, con la combinación del aroma de todas las mujeres que ha asesinado. Es capturado, pero antes de ser crucificado, se aplica el perfume. Todos los que acuden se convencen de que Grenouille es un ángel, y entre los asistentes se genera una orgía.
Grenouille, decepcionado, comprende que puede hacer que otros lo amen pero no puede amar. Decide partir hasta el lugar donde nació. Allí usa toda la botella de perfume y las personas de la plaza lo devoran, convencidas de que cometían un acto motivado solo por amor.