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DNA antico Il DNA antico (aDNA) «Con Il termine DNA antico (ancient DNA = aDNA) si indica qualsiasi traccia di DNA proveniente da un organismo morto o da parte di esso, o anche DNA estratto da campioni biologici non recenti come il DNA contenuto in una goccia di sangue coagulata, nello sperma, o nelle poche cellule epiteliali che si possono ritrovare nel mozzicone di una sigaretta. Quindi se vogliamo essere più precisi si può considerare antico qualsiasi DNA che è stato sottoposto a processi autolitici o diagenetici.» FATTORI CHE DETERMINANO LA DEGRADAZIONE DEL DNA ATTIVITÀ ENZIMATICA CELLULARE ATTIVITÀ MICROBICA pH AZIONE DELL’OSSIGENO TEMPERATURA RADIAZIONI U.V. UMIDITÀ STRESS MECCANICO Caratteristiche del DNA antico Post morten damages: - comparsa di siti abasici (depurinazione) - modificazione di residui glicosidici e di pirimidine - comparsa di cross-link intermolecolari filamento indebolito DNA altamente degradato La deaminazione delle citosina rappresenta il danno più frequente durante la degradazione del DNA. Essa determina una misincorporazione durante la replicazione del DNA che è una sorta di ‘signature’ del DNA antico: C T CITOSINA URACILE Caratteristiche del DNA antico • poche molecole • grande frammentazione • presenza di siti nucleotidici non identificabili • presenza di composti chimici ‘inquinanti’ • procedure di determinazione delle sequenze molto laboriose • grande attenzione all’autenticità del risultato La contaminazione Uno dei principali problemi per lo studio del DNA antico/degradato è la contaminazione da parte di DNA esogeno di origine moderna. Il DNA esogeno può essere di origine batterica (principale), vegetale, animale o umana, o può anche essere il prodotto di precedenti esperimenti (DNA amplificato). Nello studio del DNA antico umano la contaminazione da parte di DNA umano moderno è una delle principali limitazioni. La contaminazione deposizione deposito scavo/museo laboratorio TEMPO aDNA/ modDNA modDNA aDNA modDNA personale, personale sepolture microorganismi, archeologi, del multiple, piante, animali antropologi laboratorio riti funerari, patogeni PCR CAUSE
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