In De jacht van de Phoenix is opnieuw de hoofdrol weggelegd voor Michael Pacino, de charismatische commandant, die in De missie van de Devilfish en Aanval van de Seawolf geïntroduceerd werd.
De oorlog tussen de Verenigde Staten en het Verenigd Islamitisch Front heeft zijn hoogtepunt bereikt. In het diepste geheim bereiden de Amerikanen een aanslag voor op het islamitische hoofdkwartier om opperbevelhebber Mohammed al-Sihoud uit te schakelen. Maar dan zet het Front een nieuw wapen in...
De onderzeeboot Hegira wordt uitgerust met Scorpion-torpedo's die zo krachtig zijn dat ze een stad als Washington kunnen vernietigen. En dan zet de Hegira onafwendbaar zijn vernietigende koers in, vanuit de Middellandse Zee naar de kust van Amerika, waarbij hij voor geen vijandelijke onderzeeboot wijkt.
Aan commandant Michael Pacino de taak om de Hegira op te sporen en onschadelijk te maken - in een bizarre strijd van de meest geavanceerde wapentechnologie ter wereld tegen primitieve wraak en vergeldingsdrang...