Céline CORDIER Internalisation cellulaire et activité biologique de PNA bloqueurs stériques de la

266 Pages·2014·10.25 MB·French

by  Céline Cordier

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THESE DE DOCTORAT DE L(cid:213)UNIVERSITE PARIS DESCARTES — PARIS V
Ecole Doctorale M(cid:142)dicament, Toxicologie, Chimie, Environnement
Discipline : Biologie cellulaire et mol(cid:142)culaire

Pr(cid:142)sent(cid:142)e par

C(cid:142)line CORDIER

Pour obtenir le grade de Docteur de l(cid:213)Universit(cid:142) Paris Descartes
Internalisation cellulaire et activit(cid:142) biologique de PNA
bloqueurs st(cid:142)riques de la traduction, conjugu(cid:142)s au peptide
(R/W)9

Soutenue le 23 janvier 2014 devant le jury compos(cid:142) de :

Pr.Claude Malvy Universit(cid:142) Paris Sud, Paris Rapporteur
Dr. Sandrine Sagan Universit(cid:142) Pierre et Marie Curie, Paris Rapporteur
Dr. Virginie Escriou Universit(cid:142) Paris Descartes, Paris Examinateur
Dr. Jean-Jacques Toulm(cid:142) INSERM, Bordeaux Examinateur
Pr. Michel Vidal Universit(cid:142) Paris Descartes, Paris Examinateur
Pr. Tula Saison-Behmoaras Mus(cid:142)um National d(cid:213)Histoire Naturelle, Directrice de th(cid:143)se
Paris

Th(cid:143)se r(cid:142)alis(cid:142)e au sein du laboratoire de R(cid:142)gulation et Dynamique des G(cid:142)nomes du Mus(cid:142)um
National d(cid:213)Histoire Naturelle, INSERM U565, CNRS UMR 7196

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(cid:136) mes parents
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Remerciements

Je remercie vivement le Docteur Sandrine Sagan et le Professeur Claude Malvy d!avoir
accept" d!#tre rapporteurs de cette th$se. Merci "galement au Professeur Michel Vidal et aux
Docteurs Virginie Escriou et Jean-Jacques Toulm" d!avoir accept" d!#tre membres du jury et
d!"valuer ce travail.
Je remercie l!"cole doctorale M"dicament, Toxicologie, Chimie et Environnement %MTCE& et
l!universit" Paris Descartes pour avoir financ" cette th$se.
Je remercie le Docteur Carine Giovannangeli et le Professeur Jean-Fran’ois Riou pour
m!avoir donn" la chance de travailler dans leur unit". Je tiens ( remercier ma directrice de th$se, le
Professeur Tula Saison-Behmoaras, pour sa disponibilit" et pour m!avoir toujours apport" son
soutien et sa confiance.
Un grand merci ( toutes les personnes avec qui nous avons eu l!occasion de collaborer sur ce
sujet : les Docteurs Fabienne Burlina et G"rard Chassaing pour les CPP, les Docteurs St"phanie
Bonneau et Christine Vevert-Bizet pour les aspects PCI, et le Docteur Alain Joliot et Edmond
Dupont du Coll$ge de France pour les exp"riences de microcopie confocale.
Je remercie les membres de l!"quipe avec qui j!ai travaill", les Docteurs Carine Giovannangeli
et Fanny Marlin pour notre travail commun sur l!internalisation cellulaire des PNA et pour nos
nombreuses discussions ( ce sujet, le Docteur Fatima Boutimah et le Docteur Sabine Lecosnier pour
son travail sur la partie IGF1R et l!exp"rience qu!elle m!a transmise. Merci "galement au Docteur
Jean-Christophe Fran’ois pour ses comp"tences et son investissement dans le projet sur IGF1R.
Je tiens "galement ( remercier les diff"rents "tudiants qui m!ont assist"e sur ce projet :
Arlette Le Grand de Mercey, Myriam Rahhab, Mathilde Bourdeloux, Florian Dupuy et Elisabeth
Met. J!ai beaucoup appr"ci" travailler avec vous tous et je vous souhaite une bonne continuation
dans vos "tudes ou emplois.
Mes remerciements se tournent ensuite vers plusieurs personnes du laboratoire qui m!ont
particuli$rement aid"e au cours de ma th$se et avec qui j!ai appr"ci" pouvoir interagir : Fran’ois
Loll pour son aide pr"cieuse au microscope, Lo)c Perrouault pour #tre toujours pr#t ( apporter son
aide pour tous genres de gels et pour ses conseils pratiques, Patrizia Alberti pour les exp"riences de
spectroscopie d!absorption et pour nos discussions int"ressantes qui les accompagnaient, Charlotte
Boix pour tous ses conseils sur la culture cellulaire ou autre, Anne De Cian pour son aide pour tout
type de clonage ou PCR et pour ses conseils pour la r"daction de ma th$se, Lo)c Ponger pour ses
r"ponses ( mes questions de bioinformatique, Sacha Boutorine pour m!avoir initi"e ( la
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chromatographie HPLC et Julien Cochennec pour sa disponibilit" pour nous les *d!jeun!s! et son aide
pour r"soudre tous mes probl$mes informatiques.
Je remercie tous les membres de l!unit" pour leur sympathie et pour la bonne ambiance qui
r$gne au laboratoire. Une pens"e pour tous les anciens doctorants que j!ai eu la chance de conna+tre :
Julien, Kahina, Elodie, Tiphanie, Fatima, Alex, Pierre, Fanny, Sabine, Christine, C"line M, Asta,
Najah, Layal(cid:201) Merci ( Fara, Corinne et Patricia du secr"tariat pour leur patience et leur
gentillesse. Des remerciements sp"ciaux pour Charlotte et Fran’ois avec qui j!ai partag" mon bureau
%le bureau des *k!, on se comprend(cid:201)& avec grand plaisir. Merci pour votre humour %sp"ciale d"dicace
( Frankois& et votre bonne humeur quotidienne. Je remercie bien s,r les doctorants encore pr"sents
au laboratoire : Jean, Armelle, Vivien, Karine, Marion, Hind, Lorena. Merci pour votre
enthousiasme et votre bonne humeur et bon courage pour la fin de votre th$se. Une pens"e
particuli$re pour Jean, qui soutiendra sa th$se quelques semaines apr$s moi. Merci "galement aux
post-doctorants, notamment ( X"nia, merci pour ta gentillesse, je te souhaite de trouver ta voie et ne
doute pas que ta culture scientifique te permettra de t!"panouir dans un nouveau projet. J!adresse
ensuite mes remerciements aux personnes qui m!ont le plus soutenue au quotidien au labo, dans les
bons moments comme dans les moments difficiles. Merci Fanny pour nos midis au badminton ou au
stretching, nos heures partag"es dans le L2 et pour m!avoir transmis une partie de ton talent
d!imitatrice. Merci Hind pour ta sinc"rit", pour notre humour commun %la cr$me br,l"e& et tes
bricks d!anniversaire. Merci Charlotte pour tes petites attentions qui m!ont souvent touch"e. J!ai "t"
heureuse de vous c-toyer, au labo ou ailleurs et je ne compte pas nos fous rires et les bons souvenirs
que je garderai, et ceux ( venir ;&
Enfin, je remercie tr$s affectueusement mes amis et ma famille, chez qui je puise mon souffle
et mes forces. Merci de m!avoir support"e dans des moments parfois difficiles. Merci ( Aur"lie, mon
ex-voisine de quartier, pour nos s"ances sportives et nos discussions sur nos avenirs professionnels.
Merci ( Sana et Bibi pour votre soutien, bon courage pour votre derni$re ann"e de th$se. Merci (
Laurent, mon bisontin pr"f"r", mais j!esp$re que tu ne comptes pas t!exiler encore apr$s ta th$se ;&
Merci ( Mathilde et Audrey pour votre amiti", votre confiance et votre patience. L!UPMC restera
toujours un lieu particulier pour nous, emprunt de tant de souvenirs. Merci ( ma meilleure amie
Lorena d!#tre pr"sente ( chaque instant et de me redonner un peu de confiance en moi quand cela
me fait d"faut. Nos petits d"jeuners matinaux et tous ces moments pass"s ensemble au labo vont
beaucoup me manquer. Je ne peux trouver de mots suffisants pour te remercier ( la hauteur de ton
soutien. Merci ( ma s.ur et ( mon fr$re. Merci ( mes grands parents. Merci ( mes parents d!avoir
toujours cru en moi et de m!avoir donn" les moyens de r"ussir, je leur d"die cette th$se.

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Abr(cid:142)viations

ADN Acide D(cid:142)soxyribonucl(cid:142)ique
AGO Argonaute
AHX Acide 6-aminohexano(cid:149)que
ARNi ARN interf(cid:142)rence
ARN Acide Ribonucl(cid:142)ique
ATP Ad(cid:142)nosine Triphosphate
CFTR Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator
CHO Chinese Hamster Ovary
CMV Cytom(cid:142)galovirus
CPP Cell-penetrating Peptides
DMD Duchenne Muscular Dystrophy
DMEM Dulbecco’s Modified Eagle Medium
DOG 2-D(cid:142)oxy-D-Glucose
DOPE 1,2-Dioleoyl-sn-Glycero-3-Phospho(cid:142)thanolamine
DOSPA 2,3-Dioleyloxy-N-[2(Sperminecarboxamido)ethyl]-N,N-dim(cid:142)thyl-1-
Propanaminium Trifluoroacetate
DOTMA N-[1-(2, 3-dioleyloxy)propyl]-N,N,N-trimethylammonium chloride
dsARN Double Stranded ARN
EMSA Electrophoretic Mobility Shift Assay
ESE Exonic Splicing Enhancers
ESS Exonic Splicing Silencers
GTP Guanosine Triphosphate
GAG Glycosaminoglycanes
HCV Hepatitis C Virus
HDL High Density Lipoprotein
HeLa Henrietta Lacks
HRP Horseradish Peroxydase
HS H(cid:142)parane Sulfate
HSPG H(cid:142)parane Sulfate Prot(cid:142)oglycanes
IGF-1 Insulin-like Growth Factor-I
IRES Internal Ribosome Entry Site
IR Insulin Receptor
ISE Intronic Splicing Enhancers
ISS Intronic Splicing Silencers
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LDH Lactates D(cid:142)shydrog(cid:142)nases
LDL Low-Density Lipoprotein
LNA Locked Nucleic Acid
MALDI-TOF MS Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight Mass
Spectrometer
MAPK Mitogen-activated Protein Kinase
miARN Micro ARN
2(cid:213)-MOE 2(cid:213)-O-M(cid:142)thoxyethyl
NLS Nuclear Localisation Signal
nt Nucl(cid:142)otide
2(cid:213)-OMe 2(cid:213)-O-M(cid:142)thyl
pb Paire de Bases
PCI Photochemical Internalization
PCR Polymerase Chain Reaction
PEG PolyEthyl(cid:143)ne Glycol
PEI Poly(cid:142)thylenimine
PKA Prot(cid:142)ine Kinase A
PKC Prot(cid:142)ine Kinase C
PKR Prot(cid:142)ine Kinase R
PNA Peptide Nucleic Acid
PO Phosphodiester
PRR Pattern Recognition Receptor
PS Phosphorothioate
PSMA Prostate-Specific Membrane Antigene
RFP Red Fluorescent Protein
RISC RNA-Induced Silencing Complex
RNase Ribonucl(cid:142)ase
ROS Reactive Oxygen Species
RPMI Roswell Park Memorial Institute Medium
SDS-PAGE Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis
shARN Short Hairpin ARN
siARN Small Interfering ARN
SLO Streptolysine O
SVF S(cid:142)rum de Veau Fˇtal
SV40 Simian Vacuolating virus 40
TAMRA Carboxytetramethylrhodamine
TLR Toll-Like Receptors
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Tm Melting temperature
TPPS T(cid:142)traph(cid:142)nylporphine disulfonate
2a
TRBP TAR RNA Binding Protein
TR Texas Red
UR! ! ! ! Untranslated Region
VIH Virus de l(cid:213)Immunod(cid:142)ficience Humaine
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