Carbon-carbon double-bond shift in the biosynthesis of the antibiotic corallopyronin A CorJ DH

177 Pages·2015·5.69 MB·English

by  Friederike Lohr

Carbon-carbon double-bond shift in the biosynthesis of the
antibiotic corallopyronin A

CorJ DH*: a shift domain

Dissertation
zur
Erlangung des Doktorgrades (Dr. rer. nat.)
der
Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät
der
Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn

vorgelegt von
Diplom-Pharmazeutin (Dipl.-Pharm.)
Friederike Lohr
aus
Haan

Bonn 2014
Angefertigt mit Genehmigung der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen
Fakultät der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn

1. Referentin : Prof. Dr. G. M. König
2. Referent : Prof. Dr. M. Gütschow

Tag der Promotion : 16. Dezember 2015
Erscheinungsdatum : 2015

II
Für meine Eltern und Maxim.

III
IV
Publications

Ö. Erol, T. F. Schäberle, A. Schmitz, S. Rachid, C. Gurgui, M. El Omari, F. Lohr, S.
Kehraus, J. Piel, R. Müller, G. M. König; Biosynthesis of the myxobacterial antibiotic
corallopyronin A. Chem Bio Chem 2010, 11, 1253–1265

M. Frizler, F. Lohr, N. Furtmann, J. Kläs, M. Gütschow; Structural optimization of
azadipeptide nitriles strongly increases association rates and allows the
development of selective cathepsin inhibitors. J Med Chem 2011, 54, 396–400

M. Frizler, F. Lohr, M. Lüllsdorf, M. Gütschow; Facing the gem-dialkyl effect in
enzyme inhibitor design: preparation of homocycloleucine-based azadipeptide
nitriles. Chemistry 2011, 17, 11419–11423

A. Schmitz, S. Felder, T. Höver, S. Kehraus, F. Lohr, G. M. König, T. F. Schäberle;
Antibiotics from gliding bacteria. Phytochem. Rev. 2013, 12, 507–516

F. Lohr, I. Jenniches, M. Frizler, M. J. Meehan, M. Sylvester, A. Schmitz, M. Gütschow,
P. C. Dorrestein, G. M. König, T. F. Schäberle; alpha, beta –> beta, gamma double-
bond migration in corallopyronin A biosynthesis. Chem Sci 2013, 4, 4175–4180

T. F. Schäberle, M. Mir Mohseni, F. Lohr, A. Schmitz, G. M. König; Function of the
loading module in CorI and of the O-methyltransferase CorH in vinyl carbamate
biosynthesis of the antibiotic corallopyronin A. Antimicrob. Agents Chemother. 2014,
58, 950–956

T. F. Schäberle, F. Lohr, A. Schmitz, G. M. König; Antibiotics from Myxobacteria.
DOI:10.1039/C4NP00011K.

V
Conferences

International VAAM (Vereinigung für angewandte und allgemeine Mikrobiologie)-
Workshop 2010 „Biology of bacteria producing natural products“; 26–28 september
2010 in Tübingen, Germany. Poster presentation: “Biosynthesis of the myxobacterial
antibiotic corallopyronin A”. Abstract published in program & abstract book
International VAAM-Workshop 2010 “Biology of bacteria producing natural
products”.

International VAAM (Vereinigung für angewandte und allgemeine Mikrobiologie)-
Workshop 2011 „Biology of bacteria producing natural products“; 28–30 september
2011 in Bonn, Germany.

XIV International symposium on marine natural products (MaNaPro) 2013, 8 ECMNP
(European conference on marine natural products); 15–20 september 2013 in La Toja
Island, Spain. Poster presentation: “Investigation of the double-bond shift in
corallopyronin A biosynthesis”. Abstract published in program & abstract book XIV
International symposium on marine natural products.

Internationale DPhG-Doktorandentagung 2014; 10–12 march 2014 in Wuppertal,
Germany. Oral presentation: “Investigation of the double-bond shift in corallopyronin
A biosynthesis”. Abstract published in program & abstract book Internationale DPhG-
Doktorandentagung 2014.

Workshop

International workshop for young researchers 2013; 10–12 july 2013 in Lille-
Villeneuve d’Ascq, France. Bioinformatics tools for NRPS discovery: from genomic
data to the products.

VI
Further professional education

Fortbildungsveranstaltung zur Ausbildung von Projektleitern und Beauftragten für
biologische Sicherheit nach §15 (2) und (4) GenTSV 2012; 25–27 september 2012 at
the University of Cologne, Germany.

VII
Danke!

Ich möchte meinen besonderen Dank meiner Doktormutter Frau Professorin König
aussprechen, dafür dass sie mich in ihre Arbeitsgruppe aufgenommen hat und mir die
Möglichkeit gegeben hat, auf dem vielseitigen Feld der bakteriellen Biosynthese zu
arbeiten. Ich möchte ihr sehr dafür danken, dass sie mir während meiner praktischen
Arbeit und während des Schreibens der Dissertation immer zur Seite stand,
wissenschaftlich und persönlich.

Herrn Professor Gütschow möchte ich zum einen für die erfolgreiche Kooperation im
Bereich der hier beschriebenen Synthese und zum anderen für die Bereitschaft zur
Übernahme des Coreferats dieser Arbeit danken.

Frau Professorin Wägele und Herrn Professor Wagner danke ich für ihre Bereitschaft
Teil der Prüfungskommission zu sein.

Meinem Freund Dr. Maxim Frizler möchte ich an dieser Stelle herzlich für seinen
Einsatz bei der Synthese des in dieser Arbeit verwendeten Substrats danken, welche
im Rahmen der Kooperation mit dem Arbeitskreis von Professor Gütschow
durchgeführt wurde. Ich bin ihm dankbar für etliche wissenschaftliche Diskussionen
und für seine liebevolle Unterstützung zu jeder Zeit. Danke.

Bei Herrn Dr. Marc Sylvester (Institut für Biochemie und Molekularbiologie der Uni
Bonn) möchte ich mich für die massenspektrometrischen Messungen im Rahmen des
„ppant ejection assays“ bedanken.

Herrn Dr. Till Schäberle danke ich für die Betreuung während meiner Promotion, für
viele konstruktive Diskussionen und für das Korrekturlesen einiger Teile meiner
Arbeit.

VIII
Herrn Dr. Stefan Kehraus möchte ich für die Unterstützung bei allen HPLC- und NMR-
Fragen und für die Aufnahme von NMR Spektren in der Pharmazeutischen Chemie
danken. Vielen Dank auch für das Korrekturlesen einiger Teile meiner Arbeit.

Bei Frau Edith Neu möchte ich mich für die Einführung in das Arbeiten mit
Myxobakterien, besonders deren Isolierung und Kultivierung, bedanken. Frau
Ekatarina Eguereva danke ich für LC/MS Messungen und Frau Mila Goralski für Tips
und Hilfestellungen im S1 Labor. Allen dreien danke ich von Herzen für eine richtig
schöne Zeit.

Ich danke Herrn Thomas Kögler für seine Hilfe bei Problemen aller Art mit dem
Computer und anderen technischen Geräten.

Den Damen Kirsten Knapp und Annika Orland danke ich für die voranbringende
Zusammenarbeit während der Promotion und noch viel mehr für ihre Freundschaft.

Den Herren Alexander Bogdanov, Stephan Felder, Henrik Harms und Peter Hufendiek
möchte Danke sagen für die Unterstützung bei HPLC und NMR Fragen, für manches
gemeinsam getrunkene Bier und für eine tolle Zeit.

Allen Kollegen und Kolleginnen des Arbeitskreises der Pharmazeutischen Biologie in
Bonn danke ich herzlich für die gute Zusammenarbeit, für vielseitige Gespräche und
für die ausgewogene Mischung aus lustiger und konzentrierter Arbeitsatmosphäre.

Meiner Mutter danke ich für das Korrekturlesen der Arbeit.

Meinen Eltern und Maxim danke ich für ihren Glauben an mich, der mir immer sicher
ist und der alles leicht macht.

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