Caractérisation des régulateurs transcriptionnels Rgg et étude du rôle de la protéine Rgg0182 de ...

203 Pages·2011·4.62 MB·French

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Ecole doctorale BioSE (Biologie - Santé - Environnement)

Thèse

Présentée et soutenue publiquement pour l’obtention du titre de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE HENRI POINCARE
Mention : « Sciences de la Vie et de la Santé »
par Romain Henry

Caractérisation des régulateurs transcriptionnels Rgg et étude
du rôle de la protéine Rgg de Streptococcus thermophilus
0182

Soutenance le 10 novembre 2011

Membres du Jury :

Rapporteurs : M. Jean-François Cavin Professeur, Université de Bourgogne
Mme Christine Delorme Chargée de recherche (HDR), INRA, Jouy-en-Josas

Examinateurs : Mme Annie Dary-Mourot Professeur, Nancy-Université
Mme Nathalie Leblond-Bourget Professeur, Nancy-Université, co-directeur de thèse

Membres invités : M. Bernard Decaris Professeur, Nancy-Université, co-directeur de thèse
M. Pierre Leblond Professeur, Nancy-Université

Laboratoire de Génétique et Microbiologie – UMR UHP/INRA 1128 – IFR EFABA
Faculté des Sciences et Technologies - 54506 Vandœuvre-lès-Nancy CEDEX

Ecole doctorale BioSE (Biologie - Santé - Environnement)

Thèse

Présentée et soutenue publiquement pour l’obtention du titre de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE HENRI POINCARE
Mention : « Sciences de la Vie et de la Santé »
par Romain Henry

Caractérisation des régulateurs transcriptionnels Rgg et étude
du rôle de la protéine Rgg de Streptococcus thermophilus
0182

Soutenance le 10 novembre 2011

Membres du Jury :

Rapporteurs : M. Jean-François Cavin Professeur, Université de Bourgogne
Mme Christine Delorme Chargée de recherche (HDR), INRA, Jouy-en-Josas

Examinateurs : Mme Annie Dary-Mourot Professeur, Nancy-Université
Mme Nathalie Leblond-Bourget Professeur, Nancy-Université, co-directeur de thèse

Membres invités : M. Bernard Decaris Professeur, Nancy-Université, co-directeur de thèse
M. Pierre Leblond Professeur, Nancy-Université

Laboratoire de Génétique et Microbiologie – UMR UHP/INRA 1128 – IFR EFABA
Faculté des Sciences et Technologies - 54506 Vandœuvre-lès-Nancy CEDEX

Remerciements

Je tiens tout d'abord à remercier Bernard Decaris et Pierre Leblond pour m'avoir accueilli au
sein de leur laboratoire.

Je remercie Bernard Decaris pour m'avoir accueilli au sein de son équipe, pour sa confiance,
pour ses conseils, remarques et discussions constructives. Vous avez eu un premier thésard… et je
suis le dernier… Bonne retraite !

Je remercie également Nathalie Leblond pour m'avoir encouragé et soutenu, pour ses conseils
et nos discussions scientifiques. Je t’ai fait relire plusieurs versions de ma thèse jusqu’à la dernière
minute… et je t’en remercie. Je te remercie également pour ta sympathie et ta bonne humeur.

Je souhaite remercier Christine Delorme (Chargée de Recherche à l’INRA de Jouy-en-Josas) et
Jean-François Cavin (Professeur à l’Université de Bourgogne) pour avoir accepté la lourde tâche
de rapporter ce manuscrit. Je remercie vivement Annie Dary et Pierre Leblond pour avoir accepté
de juger ce travail.

Ce travail est le fruit de collaborations qui, sans elles, n’aurait pas la même saveur et je
souhaite vivement remercier l’ensemble des personnes qui ont participé à ce sujet :

- Emmanuelle Bruneau actuellement en thèse au LGM et qui continue ce sujet. Emmanuelle a
réalisé les clonages pour la production de la protéine Rgg , sa purification et les expériences de
0182
retard de migration sur gel. Merci pour tes nombreux coups de mains sur la fin de ma thèse, pour
ton acharnement à faire fonctionner les gels retards capricieux et pour nos discussions
scientifiques toujours très animées. Je te souhaite de réussir et surtout de t'épanouir dans ce
domaine un peu fou.

- Julien Hiblot qui a su, lors de son stage de master au LGM, redonner une bouffée d'oxygène à
ce sujet. Ton acharnement nous a permis de prendre des orientations importantes pour le sujet.

- Stéphane Bertin (adjoint technique au LGM) pour avoir participé au sujet, notamment les
stress, malgré le temps passé à la préparation des TP et le travail commun du labo. Tu as réussi à
supporter le stress et à faire preuve de grand professionnalisme dans les moments de rush.

- Véronique Monnet, Rozenn Gardan et Betty Fleuchot du laboratoire Peptides et
communications bactérinnes. Rozenn et Betty ont réalisé les fusions transcriptionnelles des petites
ORF bordant « notre rgg » et analyser la luminescence dans les souches sauvage et mutant. Merci
également pour la relecture de l’article.

- Grégory Francius du LCPME à Villers-lès-Nancy. Grégory a réalisé les analyses par
microscopie à force atomique et m’a également appris à utiliser cet appareil (mais pas les
formules de physique très complexes ;-) Ton enthousiaste et ton implication pour les sujets qu’on
te propose sont ta réussite ! Il te faudra un peu de bouteille pour être le spécialiste de la
microscopie à force atomique chez les bactéries mais cela viendra, j’en suis sûr.

- Jérome Duval et Jenny Merlin du LEM pour avoir réalisé les mobilités électrophorétiques.

Je n’oublie pas Brigitte, Ludo, K'ro ! Les trois premiers techniciens avec qui j’ai travaillé. Vous
êtes resté peu de temps mais je garde d’excellents souvenirs de nos collaborations.

Je remercie également tous les stagiaires qui ont participé au sujet, Christophe, Nancy, Fabien,
Alex, Justine, Maude, Stéphanie et Mathieu avec lesquels j'ai passé d'agréables moments. Je vois
déjà la réussite des premiers et je suis fier d’y avoir contribué, même très peu !
Je remercie l'ensemble du personnel du LGM pour leur accueil, leur serviabilité et leur
sympathie.

Une mention spéciale à Emmanuelle et Nico. Nico, mon collègue de rédaction d’article et de
thèse, j’ai pris un peu d’avance sur toi au final ! Merci pour ton soutien et tes encouragements
pendant ces mois de rédaction, pas toujours évidents ! Et Manu, tu as supporté mon humeur
pendant la rédaction, tu m’as encouragé et, parfois, même boosté quand je n’avais plus de jus. Je te
rendrai la pareille quand ce sera ton tour !

Je voudrais remercier plus particulièrement : tout d'abord, les « anciens » Miky, Mag, Nico,
Virge, Guiguix, Céline et Alex (merci à vous 7 pour votre accueil au labo), mais aussi JY, JB, Sibel,
Kevin, Axelle, Jérome et Philippe, pour les soirées, les « murders », la wii, les bonnes bouffes , les
jeux de cartes, de plateau,... et surtout pour cette amitié qui s'est créée et qui continue de se forger
; et ensuite les « petits » (ou ceux qui sont arrivés après moi ;-), Manu, Frisouille, Maxou, Jaja,
Sarah, Aurore, Emilie, Ludo, PV et P’tit Manu pour les soirées, les restos et pour tous nos délires de
toutes sortes. Pour ceux qui sont en thèse, je vous souhaite bon courage pour la suite, je vous
assure qu’il y a une sortie au bout du tunnel !

Je souhaite remercier Bernard Vitoux, Laurence Hensch et Laurence Dendien du Centre
d’Initiation à l’Enseignement Supérieur de Lorraine. Votre implication et votre soutien pour les
thésards a toujours été une source d’énergie ! Le monitorat m’aura permis de développer mon
goût de l’enseignement.

Je souhaite également remercier Mimi et Joëlle, les petites dames du RU qui m’ont fournis les
calories nécessaires et le café du midi, pour tenir tous les après-midi mais aussi pour leur
sympathie !

Je ne voudrai pas oublier les rencontres tels que Smith, Stout, K'ro, Zed et, plus récemment,
Jaja et Maxou (et les rencontres faites par cet intermédiaire, Gaby, Kichou, Zed) pour avoir pu
partager notre passion pour la musique, pour avoir joué ensemble et pour les nombreux, très
nombreux bons moments passés avec vous. Ce fut une source d'énergie pendant ces années
difficiles de thèse, même si cela n’aura duré qu’à peine deux ans...

Enfin, je voudrai remercier ma famille. Merci à mes grands-parents qui m'ont hébergé
pendant toute la durée de mes études, ça fait déjà 11 ans ! Ces années m’auront permis de mieux
vous connaître et de partager des moments uniques avec vous.
Merci à mes parents pour m'avoir encouragé et soutenu (financièrement aussi ;-). Votre
réussite est un exemple pour moi ! Merci pour tout…
Merci à mes frères, Cyril et Sébastien, et leur famille respective pour les moments passés en
votre compagnie. Ma soutenance sera pour vous l’occasion d’essayer de comprendre ce que je fais
;-) Vous avez réussi, formidablement, votre vie professionnelle ! Il ne reste qu’à moi de faire de
même !
Enfin, et surtout, je remercie Emmanuelle, celle qui partage ma vie, qui m'encourage et me
soutient dans tout ce que j’entreprends. Ta présence à mes côtés est une source d’énergie et aura
était plus que bénéfique à la fin de ma thèse. Merci de ta compréhension dans les moments
stressants. Restes telle que tu es !
Je dédicace ma thèse à Manu.

A la mémoire de mes grands-pères.