Business Intelligence with R

301 Pages·2016·29.71 MB·English

by  Dwight Barry

Business Intelligence with R
From Acquiring Data to Pattern Exploration
Dwight Barry
This version was published on 2016-09-28
ThisworkislicensedunderaCreativeCommonsAttribution-ShareAlike3.0UnportedLicense
Contents
About . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
AbouttheAuthor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
SessionInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
VersionInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
CodeandData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
CoverImage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Proceeds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Contact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
install.packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Whatyouneed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Website/Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Happycoding! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Chapter1:Anentireprojectinafewlinesofcode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Theanalyticsproblem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Acquiredata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Wranglingdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Analytics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Explorethedata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Runaforecastingmodel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Reporting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
CreateaninteractiveHTMLplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Documentingtheproject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Chapter2:GettingData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Workingwithfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
CONTENTS
Readingflatfilesfromdiskortheweb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Readingbigfileswithdata.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
UnzippingfileswithinR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
ReadingExcelfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Creatingadataframefromtheclipboardordirectentry . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
ReadingXMLfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
ReadingJSONfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Workingwithdatabases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Connectingtoadatabase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Creatingdataframesfromadatabase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Disconnectingfromadatabase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
CreatingaSQLitedatabaseinsideR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
CreatingadataframefromaSQLitedatabase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Gettingdatafromtheweb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Workingthroughaproxy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Scrapingdatafromawebtable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
WorkingwithAPIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Creatingfakedatatotestcode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Writingfilestodisk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Chapter3:CleaningandPreparingData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Understandingyourdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Identifyingdatatypesandoverallstructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Identifying(andordering)factorlevels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Identifyinguniquevaluesorduplicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Sorting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Cleaningup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Convertingbetweendatatypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Cleaningupaweb-scrapedtable:Regularexpressionsandmore . . . . . . . . . . . . 50
Missingdata:ConvertingdummyNAvalues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Rounding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Concatenation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Mergingdataframes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Joins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Unionsandbindings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Subsetting:filterandselectfromadataframe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Creatingaderivedcolumn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Peekingattheoutcomewithdplyr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Reshapingadataframebetweenwideandlong . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Reshaping:meltandcast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Reshaping:Crossingvariableswith(cid:24)and+ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Summarizingwhilereshaping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Pipingwith%>%:Stringingittogetherindplyr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
CONTENTS
Chapter4:KnowThyData—ExploratoryDataAnalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
Creatingsummaryplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Everythingatonce:ggpairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Createhistogramsofallnumericvariablesinoneplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Abetter“pairs”plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Mosaicplotmatrix:“Scatterplot”matrixforcategoricaldata . . . . . . . . . . . . . . 75
Plottingunivariatedistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Histogramsanddensityplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Baranddotplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Plottingmultipleunivariatedistributionswithfaceting . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Plottingbivariateandcomparativedistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Doubledensityplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Boxplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Beanplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Scatterplotsandmarginaldistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Mosaicplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Multiplebivariatecomparisonswithfaceting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Paretocharts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Plottingsurveydata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Obtainingsummaryandconditionalstatistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Findingthemodeorlocalmaxima/minima . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
Inferenceonsummarystatistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Confidenceintervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Toleranceintervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Dealingwithmissingdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Visualizingmissingdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Imputationformissingvalues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Chapter5:EffectSizes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Effectsizes:Measuringdifferences betweengroups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Basicdifferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Standardizeddifferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Determiningtheprobabilityofadifference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Effectsizes:Measuringsimilarities betweengroups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Correlation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
BootstrappingBCaCIsfornon-parametriccorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Determiningtheprobabilityofacorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Partialcorrelations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
Polychoricandpolyserialcorrelationforordinaldata . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
Associationsbetweencategoricalvariables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
Cohen’skappaforcomparisonsofagreement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
Regressioncoefficient . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
CONTENTS
R²:Proportionofvarianceexplained . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Chapter6:TrendsandTime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Describingtrendsinnon-temporaldata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Smoothedtrends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
Quantiletrends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Simplelineartrends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Segmentedlineartrends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Themanyflavorsofregression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Plottingregressioncoefficients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Workingwithtemporaldata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Calculateameanorcorrelationincirculartime(clocktime) . . . . . . . . . . . . . . 149
Plottingtime-seriesdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
Detectingautocorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Plottingmonthlyandseasonalpatterns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Plottingseasonaladjustmentonthefly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Decomposingtimeseriesintocomponents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Usingspectralanalysistoidentifyperiodicity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
Plottingsurvivalcurves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
Evaluatingqualitywithcontrolcharts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Identifyingpossiblebreakpointsinatimeseries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
Exploringrelationshipsbetweentimeseries:cross-correlation . . . . . . . . . . . . . . 165
Basicforecasting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
Chapter7:ADog’sBreakfastofDataviz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Plottingmultivariatedistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Heatmaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Creatingcalendarheatmaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
Parallelcoordinatesplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
Peekingatmultivariatedatawithdplyrandabubblechart . . . . . . . . . . . . . . . 175
Plottingatable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
Interactivedataviz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Basicinteractiveplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Scatterplotmatrix. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
Motionchart:amovingbubblechart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
Interactiveparallelcoordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
InteractivetableswithDT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
MakingmapsinR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Basicpointmaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Chloroplethmaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
ChloroplethmappingwiththeAmericanCommunitySurvey . . . . . . . . . . . . . . 188
Usingshapefilesandrawdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Usingggmapforpointdataandheatmaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
CONTENTS
Interactivemapswithleaflet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
WhymapwithR? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
Chapter8:PatternDiscoveryandDimensionReduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
Mappingmultivariaterelationships . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
Non-metricmultidimensionalscaling(nMDS) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
DiagnosticsfornMDSresults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
VectormappinginfluentialvariablesoverthenMDSplot . . . . . . . . . . . . . . . . 203
ContourmappinginfluentialvariablesoverthenMDSplot . . . . . . . . . . . . . . . 204
PrincipalComponentsAnalysis(PCA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
nMDSforCategories:CorrespondenceAnalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
Clusteranalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Groupingobservationswithhierarchicalclustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Plottingaclusterdendrogramwithggplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
ExploringhierarchicalclusteringofnMDSresults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Howtopartitiontheresultsofahierarchicalclusteranalysis . . . . . . . . . . . . . . 213
IdentifyinganddescribinggroupmembershipwithkMeansandPAM . . . . . . . . . 215
Howtochooseanoptimalnumberofclusterswithbootstrapping. . . . . . . . . . . . 218
Determiningoptimalnumbersofclusterswithmodel-basedclustering . . . . . . . . . 219
Identifyinggroupmembershipwithirregularclusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228
Variableselectioninclusteranalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231
Error-checkingclusterresultswithknownoutcomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
Exploringoutliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235
Identifyingoutlierswithdistancefunctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235
Identifyingoutlierswiththelocaloutlierfactor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
Anomalydetection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
Extremevalueanalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239
Findingassociationsinshoppingcarts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246
Chapter9:ReportingandDashboarding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
Outputformatsfor.Rmddocuments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
Dashboards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
SimpledashboardingwithRMarkdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254
Dashboardingandreportingwithflexdashboard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
Reportsandtechnicalmemos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
Slidedecks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
purl:scrapingtherawcodefromyour.Rmdfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
Shinyapps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
TweakingtheYAMLheaders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
Appendix1:Settingupprojectsandusing“Make”files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
SettingupaprojectwithRStudioandGit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
Committingyourchanges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
CONTENTS
Rollingbacktoapreviousstate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
Packagingaproject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
“Make”filesinR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
Appendix2:.RmdFilefortheChapter1finalreportexample . . . . . . . . . . . . . . . . 270
Appendix3:.RfileforChapter9 Shinyappexample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278
Appendix4:.RmdfilefortheChapter9 flexdashboardexample . . . . . . . . . . . . . . 285
Appendix5:RMarkdownQuickReference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290
About
About the Author
DwightBarryisaLeadDataScientistatSeattleChildren’sHospital,inSeattle,Washington,USA.
Session Info
Thecodeinthisbookwastestedon:
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows Server 2008 R2 x64 (build 7601) Service Pack 1
Version Info
Version1.0,September2016
Code and Data
Thecodeanddataareavailablefromthebook’sGitHubsite.
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breaks, primarily in long URLs to acquire data or code from the web. The book’s code on Github
doesnotcontaintheselinebreaks,soitshouldworkas-is.So,ifyoucut&pastefromthebook,note
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Cover Image
ThecoverphotowastakenbyGerdAltmann,andwasreleasedasCC0.
About 2
Proceeds
All proceeds will benefit the Agape Girls Junior Guild, supporting mitochondrial disorder
researchatSeattleChildren’sResearchInstitute andSeattleChildren’sHospital.
Contact
Rmadillo
DwightBarry
DwightBarry
@healthstatsdude