Bioinformatics PDF
Preview Bioinformatics
AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY VVOOLLUUMMEE 66 BBIIOOIINNFFOORRMMAATTIICCSS This page intentionally left blank AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY VVOOLLUUMMEE 66 BBIIOOIINNFFOORRMMAATTIICCSS EEddiitteedd bbyy DDiilliipp KK.. AArroorraa CCeennttrree ooff AAddvvaanncceedd SSttuuddyy iinn BBoottaannyy BBaannaarraass HHiinndduu UUnniivveerrssiittyy VVaarraannaassii,, IInnddiiaa RRaannddyy MM.. BBeerrkkaa NNoovvoozzyymmeess BBiiootteecchh,, IInncc.. 11444455 DDrreeww AAvveennuuee DDaavviiss,, CCAA 9955661166--44888800,, UUSSAA GGaauuttaamm BB.. SSiinngghh CCeenntteerr ffoorr BBiiooiinnffoorrmmaattiiccss DDeeppaarrttmmeenntt ooff CCoommppuutteerr SScciieennccee && EEnnggiinneeeerriinngg,, OOaakkllaanndd UUnniivveerrssiittyy RRoocchheesstteerr,, MMII 4488330099,, UUSSAA ELSEVIER AAmmsstteerrddaamm -– BBoossttoonn –- HHeeiiddeellbbeerrgg -– LLoonnddoonn –- NNeeww YYoorrkk –- NNeeww DDeellhhii OOxxffoorrdd –- PPaarriiss –- SSaann DDiieeggoo -– SSaann FFrraanncciissccoo -– SSiinnggaappoorree –- SSyyddnneeyy -– TTookkyyoo EEllsseevviieerr RRaaddaarrwweegg 2299,, PPOO BBooxx 221111,, 11000000 AAEE AAmmsstteerrddaamm,, TThhee NNeetthheerrllaannddss TThhee BBoouulleevvaarrdd,, LLaannggffoorrdd LLaannee,, KKiiddlliinnggttoonn,, OOxxffoorrdd O0XX55 11GGBB,, UUKK FFiirrsstt eeddiittiioonn 22000066 CCooppyyrriigghhtt ©© 22000066 EEllsseevviieerr BB..VV.. AAllll rriigghhttss rreesseerrvveedd NNoo ppaarrtt ooff tthhiiss ppuubblliiccaattiioonn mmaayy bbee rreepprroodduucceedd,, ssttoorreedd iinn aa rreettrriieevvaall ssyysstteemm oorr ttrraannssmmiitttteedd iinn aannyy ffoorrmm oorr bbyy aannyy mmeeaannss eelleeccttrroonniicc,, mmeecchhaanniiccaall,, pphhoottooccooppyyiinngg,, rreeccoorrddiinngg oorr ootthheerrwwiissee wwiitthhoouutt tthhee pprriioorr wwrriitttteenn ppeerrmmiissssiioonn ooff tthhee ppuubblliisshheerr PPeerrmmiissssiioonnss mmaayy bbee ssoouugghhtt ddiirreeccttllyy ffrroomm EEllsseevviieerr’'ss SScciieennccee && TTeecchhnnoollooggyy RRiigghhttss DDeeppaarrttmmeenntt iinn OOxxffoorrdd,, UUKK:: pphhoonnee ((++4444)) ((00)) 11886655 884433883300;; ffaaxx ((++4444)) ((00)) 11886655 885533333333;; eemmaaiill:: ppeerrmmiissssiioonnss@@eellsseevviieerr..ccoomm.. AAlltteerrnnaattiivveellyy yyoouu ccaann ssuubbmmiitt yyoouurr rreeqquueesstt oonnlliinnee bbyy vviissiittiinngg tthhee EEllsseevviieerr wweebb ssiittee aatt hhttttpp::////eellsseevviieerr..ccoomm//llooccaattee//ppeerrmmiissssiioonnss,, aanndd sseelleeccttiinngg OObbttaaiinniinngg p peerrmmisisssioionn t oto u ussee E Elslseevvieier rm maatetreirailal NNoottiiccee NNoo rreessppoonnssiibbiilliittyy iiss aassssuummeedd bbyy tthhee ppuubblliisshheerr ffoorr aannyy iinnjjuurryy aanndd//oorr ddaammaaggee ttoo ppeerrssoonnss oorr pprrooppeerrttyy aass aa mmaatttteerr ooff pprroodduuccttss lliiaabbiilliittyy,, nneegglliiggeennccee oorr ootthheerrwwiissee,, oorr ffrroomm aannyy uussee oorr ooppeerraattiioonn ooff aannyy mmeetthhooddss,, pprroodduuccttss,, iinnssttrruuccttiioonnss oorr iiddeeaass ccoonnttaaiinneedd iinn tthhee mmaatteerriiaall hheerreeiinn.. BBeeccaauussee ooff rraappiidd aaddvvaanncceess iinn tthhee mmeeddiiccaall sscciieenncceess,, iinn ppaarrttiiccuullaarr,, iinnddeeppeennddeenntt vveerriiffiiccaattiioonn ooff ddiiaaggnnoosseess aanndd ddrruugg ddoossaaggeess sshhoouulldd bbee mmaaddee LLiibbrraarryy ooff C Coonnggrreessss CCaattaallooggiinngg--iinn--PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa AA ccaattaalloogg rreeccoorrdd ffoorr tthhiiss bbooookk iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee LLiibbrraarryy ooff CCoonnggrreessss BBrriittiisshh LLiibbrraarryy CCaattaalloogguuiinngg iinn PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa AA ccaattaalloogguuee rreeccoorrdd ffoorr tthhiiss bbooookk iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee BBrriittiisshh LLiibbrraarryy IISSBBNN--1133:: 997788--00--444444--5511880077--11 IISSBBNN--1100:: 00--444444--5511880077--XX FFoorr iinnffoorrmmaattiioonn oonn aallll EEllsseevviieerr ppuubblliiccaattiioonnss vviissiitt oouurr wweebbssiittee aatt bbooookkss..eellsseevviieerr..ccoomm PPrriinntteedd aanndd bboouunndd iinn TThhee NNeetthheerrllaannddss 0066 0077 0088 0099 1100 1100 99 88 77 66 55 44 33 22 11 Working together to grow libraries in developing countries v.elsevier.com v.bookaid.org | www.sabre.org ELSEVIER BOOK AID Sabre Foundation International v Editors Dilip K. Arora* Centre of Advanced Study in Botany Banaras Hindu University Varanasi, 221005 India E-mail: [email protected] Randy M. Berka Novozymes Biotech, Inc. 1445 Drew Avenue Davis, CA 95616-4880, USA E-mail: [email protected] Gautam B. Singh Center for Bioinformatics Department of Computer Science & Engineering, Oakland University Rochester, MI 48309, USA E-mail: [email protected] Editorial Board Frank Kempkcn Christian Albrechts Universitat zu, Kiel, Germany George G Khachatourians University of Saskatchewan, Canada B. Franz Lang Universite de Montreal, Canada Yctng Hawn Lee Seoul National University, South Korea Brendan Loftus Eukaryotic Genomics, TIGR, USA Giuseppe Macino Molecolare Policlinico Umberto, Italy Gregory S. May Anderson Cancer Center, USA Mary Anne Nelson University of New Mexico, USA Helena Nevalainen Macquarie University, Australia Gary A. Payne North Carolina State University, USA Merja Penttila VTT Biotechnology, Finland Ralph Prade Okalhoma State Univesrity, USA Alberto Luis Rosa Instituto de Investigacion Medica, Argentina Nagoya University, Japan Tsuge Takashi Friedrich-Schiller-Universitaet Jena, Germany Johannes Wostemeyer The Hebrew Universtiy of Jerusalem, Israel Oded Yarden Novozymes Biotech, Inc., USA Debbie Sue Yaver *Present affiliation: National Bureau of Agriculturally Important Microorganisms, Kusmaur P. 0. Box 6, Mau Nath Bhanjan, Uttar Pradesh 275 101, India This page intentionally left blank vii Contents Editorial Board for Volume 6 v Contents vii Contributors ix-xi Preface xiii-xiv SECTION A: PRINCIPLES Experimental Design and Analysis of Microarrary Data 1 Claire H. Wilson, Anna Tsykin, Christopher R. Wilkinson and Catherine A. Abbott Method for Protein Homology Modelling 37 Melissa R. Pitman and R. Ian Menz Phylogenetic Network Construction Approaches 61 Vladimir Makarenkov, Dmytro Kevorkov and Pierre Legendre Issues in Comparative Fungal Genomics 99 Tom Hsiang and David L. Baillie SECTION B: TOOLS Fungal Genomic Annotation 123 Igor V. Grigoriev, Diego A. Martinez and AsafA. Salamov Bioinformatics Packages for Sequence Analysis 143 Yeisoo Yu and Sangdun Choi A Survey of Computational Methods Used in Microarray 161 Data Interpretation Brian Tjaden and Jacques Cohen Computational Methods in Genome Research 179 Manoj Bhasin and G. P. S. Raghava Creating Fungal Pathway/Genome Databases Using Pathway Tools 209 Suzanne M. Paley, Michelle Green, Markus Krummenacker and Peter D. Karp Comparative Genomic Analysis of Glycoylation Pathways in 227 Yeast, Plants and Higher Eukaryotes Shoba Ranganathan, Sangdao Wongsai and K. M. Helena Nevalainen SECTION C: APPLICATIONS LARaLINK 2.0: Data Mining for Clinical Cytogenetics 249 Adrian E. Platts, Dawei Wang, Brian Fayz, Robert Lennie, Bin Yao and Stephen A. Krawetz Sequence-Based Analysis of Fungal Secretomes 277 Nicholas O'Toole, Xiang Jia Min, Gregory Butler, Reginald Storms and Adrian Tsang Using Web Agents for Data Mining of Fungal Genomes 297 Audrius Meskauskas Searching Biological Databases Using Biolinguistic Methods 311 Gautam B. Singh Keyword Index 333 This page intentionally left blank ix Contributors Catherine A. School of Biological Sciences, Flinders University, PO Box 2100, Abbott Adelaide, South Australia. David L. Baillie Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University, Burnaby, B.C., V5A1S6, Canada. Manoj Bhasin Institute of Microbial Technology, Sector 39 A, Chandigarh, India. Gregory Butler Department of Computer Science, Concordia University, Montreal, Quebec, H3G 1M8, Canada. Sangdun Choi Department of Biological Sciences, College of Natural Sciences, Ajou University, Suwon, 443-749, Korea; Department of Neurobiology and Anatomy, The University of Texas Medical School at Houston, Houston, TX77030, USA. Jacques Cohen Volen Center for Complex Systems, Brandeis University, Waltham, MA 02454, USA. Brian Fayz Bioinformatics Facility, Applied Genomics Facility, Wayne State University, Detroit, MI 48201, USA. Michelle Green Bioinformatics Research Group, SRI International, Ravenswood Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA. Igor V. US Department of Energy Joint Genome Institute, Walnut Creek, Grigoriev CA 94598, USA. Department of Environmental Biology, University of Guelph, Tom Hsiang Guelph, Ontario, NIG 2W1, Canada. Bioinformatics Research Group, SRI International Peter D. Karp 333 Ravenswood Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA. Dmytro Departement d'informatique, Universite du Quebec a Montreal, Kevorkov C.P. 8888, succ. Centre- Ville, Montreal, Canada. Stephen A. Department of Obstetrics and Gynecology, Center for Molecular Krawetz Medicine and Genetics, Institute for Scientific Computing, Wayne State University, Detroit, MI 48201, USA. Markus Bioinformatics Research Group, SRI International, Krummenacker Ravenswood Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA.
Description:The list of books you might like
