Aplicação de Monte Carlo para a geração de ensembles e análise termodinâmica da interação ...

114 Pages·2016·4.52 MB·Portuguese

UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO
INSTITUTO DE FÍSICA DE SÃO CARLOS

JOÃO VICTOR DE SOUZA CUNHA

Aplicação de Monte Carlo para a geração de ensembles e análise
termodinâmica da interação biomolecular.

São Carlos
2016

JOÃO VICTOR DE SOUZA CUNHA

Aplicação de Monte Carlo para a geração de ensembles e análise
termodinâmica da interação biomolecular.

Dissertação apresentada ao Programa de
Pós-Graduação em Física do Instituto de
Física de São Carlos, da Universidade de
São Paulo, para obtenção do título de
Mestre em Ciências.

Área de Concentração: Física aplicada
Opção: Biomolecular.
Orientador: Prof. Dr. Alessandro Silva
Nascimento

Versão Corrigida
(versão original disponível na Unidade que aloja o Programa)
São Carlos
2016

Dedico do fundo do meu coração o meu trabalho à
mulher mais forte a qual tive o privilégio de
conhecer e a qual chamo com muito
orgulho de mãe

AGRADECIMENTOS

Penso nos agradecimentos como algo que representa um pouco do agradecimento
que gostaria de falar para pessoas as quais me ajudaram, mas não tive coragem de
dizer.
Em primeiro lugar, agradeço a minha mãe, Adriana, a qual não se eu tentar dizer o
quanto amo e o tudo o que ela representa para mim, toda a dissertação ficaria um
texto minúsculo em comparação a minha dedicatória para ela. Te amo mãe.
Agradeço a minha irmã, a qual a saudade não cabe no peito durante todos esses
anos morando longe, e a qual o abraço e a atenção são insubstituíveis.
Obrigado, Prof. Dr. Alessandro, o qual não só me ajudou, me apoiou, me ensinou
toneladas de conhecimento (não sei se conhecimento pode ser medido em
quilogramas), mas também me ofereceu oportunidades e discussões cientificas
impressionantes sobre termodinâmica e ciência.
Agora, sendo menos formal, digo um imenso valeu para o Prof. Milton Taidi Sonoda,
o Grande Dragão oriental das técnicas lendárias de Bash, Fortran e dinâmicas, e
seu eterno azar nos dados do Catan. Se não fosse você segurando minhas barras
cientificas, o caminho teria sido bem mais tortuoso. Saudades eternas.
E o que falar dos meus amigos da sala 9? Muitas noites de comida, jogos e piadas
nerds. Sempre lembrarei de vocês Erika, Erick, Heloisa, Karina, Mariana e Lilian.
Galera, um dia nos ganharemos todos os jogos!
Falando nisso, gostaria de dizer o quanto, durante esses dois anos, o quanto eu
enchi a paciência do Erick, mas espero que ele entenda que sempre foi uma forma
de mostrar quão bom amigo e confidente ele foi durante esse período,
#ChiclayoForever.
Quero também agradecer alguns amigos muito especiais, os quais foram chave na
minha graduação e até hoje são grandes companheiros meus: Lucas, Marcelo,
Leon, Hingryd, Jhonas e Ruan. Muitos cafés, muitos domingos no ICMC, muitas
noites de relatório, muitas Lan nights. Obrigado por escutar meus choros das
disciplinas, que acho que foram em todas, e Marcelo, valeu pela companhia durante
todos esses anos, companheirão dos companheirões..
Assim, se eu tentar citar o nome de todos os meus amigos os quais carrego no
peito, eu vou gastar um espaço substancial e esquecer alguém. Então, eu digo
obrigado pessoalmente (um dia (se eu lembrar)).
Gostaria de agradecer em especial uma pessoa, que é a minha amiga há anos, se
tornou uma das minhas melhores amigas há um tempo e a cada dia que passa, e
que cada dia mais cresce para mim como pessoa e como companheira – é para
você Paola, minha melhor amiga, minha brother.
Agora, mudando um pouco de longitude e latitude, vamos dar uma voltinha no sul da
Califórnia e agradecer amigos eternos: A dupla de ninjas Mike e Brian, que mesmo
sem me conhecer, se tornaram grandes companheiros, nas nossas noites de
salgadinho e cerveja. Obrigado também a “gangue” brasileira dos meus amigos Ana,
Lorene, André, Ítalo, Thiago, Aline, Hamanda e Priscila, os quais formaram minha
“home far from home”. Em especial, agradeço uma grande amiga que está do outro
lado do atlântico, mas que os momentos que passamos juntos sempre carregarei,
obrigado France.
Agradeço profundamente (Mais profundamente que a Fossa das Marianas) o Prof.
Dr. Michael K. Gilson, meu supervisor na UCSD, que além da força e da
oportunidade oferecida, me ensinou muito do que sei hoje.
Antes de terminar, gostaria de agradecer a Dra. Joci Neuby, minha orientadora de
IC, que mesmo que eu tenha mudado de área (por culpa da minha falta de
coordenação motora) tenho comigo os ensinamentos de competência, seriedade e
assiduidade com o trabalho, sendo que mesmo eu não pondo minhas mãos num
AKTA de novo, esses ensinamentos eu carrego para qualquer área.
Agradeço ao pessoal do serviço de pós-graduação, Sílvio e Ricardo, pela atenção e
dedicação.
Agradeço ao IFSC pela infraestrutura.
Agradeço à FAPESP pela bolsa de mestrado concedida e à CAPES e ao CNPq pelo
auxílio financeiro para o desenvolvimento deste projeto.
“Apertem os cintos, pois iniciaremos
os procedimentos para decolagem “
(Instruções de Voo)