Antimicrobial resistance surveillance in Europe

208 Pages·2010·5.98 MB·English

SURVEILLANCE
REPORT
Antimicrobial resistance
surveillance in Europe
2009
www.ecdc.europa.eu

Antimicrobial resistance
surveillance in Europe
Annual report of the European Antimicrobial
Resistance Surveillance Network (EARS-Net)
2009
Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2009 SURVEILLANCE REPORT
Suggested citation for full report:
European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial
resistance surveillance in Europe 2009. Annual Report of the
European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net).
Stockholm: ECDC; 2010.
Cover picture © istockphoto
ISBN 978-92-9193-227-6
doi 10.2900/35994
© European Centre for Disease Prevention and Control, 2010.
Reproduction is authorised, provided the source is acknowledged.
ii
SURVEILLANCE REPORT Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2009
Contents
Abbreviations and acronyms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .vii
Countries participating in EARS-Net 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .ix
National institutions/organisations participating in EARS-Net . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xi
Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3
2 Escherichia coli and Staphylococcus aureus: bad news and good news.
Analysis of data from laboratories reporting continuously from 2002 to 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5
2.1 Methods of analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8
2.2 Limitations of the analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8
2.3 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8
3 External Quality Assessment Exercise (EQA) 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
3.1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
3.2. Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
3.3 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4 EARS-Net laboratory/hospital denominator data 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.2 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.3 Participation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.4 Population coverage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.5 Hospital denominator information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.6 Hospital characteristics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.7 Laboratory denominator information. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
4.8 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5 Antimicrobial resistance in Europe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19
5.1 Streptococcus pneumoniae . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.2 Staphylococcus aureus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .28
5.3 Enterococci . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
5.4 Escherichia coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36
5.5 Klebsiella pneumoniae . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
5.6 Pseudomonas aeruginosa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
5.7 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70
Annex 1: Technical notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Annex 2: Country summary sheets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
iii
Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2009 SURVEILLANCE REPORT
List of tables
2.1: Average numbers of Escherichia coli and Staphylococcus aureus isolates per country reported yearly from 2002 to 2009 by
laboratories participating continuously in EARSS/EARS-Net during this time interval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
3.1: Escherichia coli (9448): Minimum inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by reference laboratories and the
overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.2: Klebsiella pneumoniae (9449): Minimal inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by the reference laboratories
and the overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.3: Streptococcus pneumoniae (9450): Minimum inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by the reference
laboratories and the overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.4: Pseudomonas aeruginosa (9451): Minimum inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by the reference
laboratories and the overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.5: Pseudomonas aeruginosa (9452): Minimum inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by the reference
laboratories and the overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.6: Staphylococcus aureus (9453): Minimum inhibitory concentration (MIC) and intended results reported by the reference laboratories
and the overall concordance of the participating laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.1: Hospital denominator data for 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
4.2: Hospital characteristics for 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
4.3: Laboratory denominator information for 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.1: Number of invasive S. pneumoniae isolates and proportion of penicillin-non-susceptible (PNSP), penicillin-resistant (PRSP),
macrolide non-susceptible (MNSP), single penicillin (PEN), single macrolides (MACR) and dual non-susceptible (DUAL) isolates, including
95% confidence intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
5.2: Distribution of single penicillin, single macrolides and dual penicillin-macrolides non-susceptibility, among the most common
serogroups reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
5.3: Number of invasive S. aureus isolates and proportion resistant to meticillin (MRSA) and rifampin (RIF), including 95% confidence
intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29
5.4: Number of invasive E. faecalis and E. faecium isolates and proportion of high-level aminoglycoside-resistant E. faecalis and
vancomycin-resistant E. faecium (%R), including 95% confidence intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .34
5.5: Number of invasive E. coli isolates and proportion aminopenicillins, third-generation cephalosporins, fluoroquinolones,
aminoglycosides and multiresistance (%R), including 95% confidence intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
5.6: Number of invasive E. coli isolates resistant to third-generation cephalosporins (CREC) and proportion of ESBL positive among these
isolates, as ascertained by the participating laboratories in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
5.7: Overall resistance and resistance combinations among invasive Escherichia coli isolates tested against aminopenicillins,
fluoroquinolones, third-generation cephalosporins and aminoglycosides (n= 42 898) in Europe, 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40
5.8: Number of invasive K. pneumoniae isolates and proportion of fluoroquinolones, third-generation cephalosporins, aminoglycosides
and multiresistance (%R), including 95% confidence intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
5.9: Number of invasive K. pneumoniae isolates resistant to third-generation cephalosporins (CRKP) and proportion of ESBL positive
among these isolates, as ascertained by the participating laboratories in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
5.10: Overall resistance and resistance combinations among invasive Klebsiella pneumoniae isolates tested against fluoroquinolones,
third-generation cephalosporins and aminoglycosides (n= 10 952) in Europe, 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56
5.11: Number of invasive P. aeruginosa isolates and proportion of piperacillin±tazobactam, fluoroquinolones, ceftazidime,
aminoglycosides, carbapenems and multiresistance (%R), including 95% confidence intervals (95% CI), reported per country in 2009 . . . . . . . . . .68
5.12: Overall resistance and resistance combinations among invasive Pseudomonas aeruginosa isolates tested against at least three
antibiotic classes among piperacillin±tazobactam, ceftazidime, fluoroquinolones, aminoglycosides and carbapenems (n= 8 376) in
Europe, 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69
List of figures
2.1: Yearly number of bloodstream infections caused by Escherichia coli and Staphylococcus aureus. EARSS/EARS-Net 2002–2009 (22
countries/198 laboratories) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
2.2: Proportion of third-generation cephalosporin-resistant Escherichia coli (CREC) and meticillin-resistant Staphylococcus aureus
(MRSA). EARSS/EARS-Net 2002–2009 (22 countries/198 laboratories) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
2.3: Combined resistance (R) of Escherichia coli to aminopenicillins, third-generation cephalosporins, fluoroquinolones and
aminoglycosides. EARSS/EARS-Net 2002–2009 (22 countries/198 laboratories) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
3.1: Proportion of participating laboratories returning reports per country, 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.2: Adherence to guidelines: number of laboratories per country . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.1: Number of laboratories and hospitals reporting AMR and/or denominator data in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
iv
SURVEILLANCE REPORT Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2009
4.2: Proportion of small, medium and large hospitals per country, based on the number of beds, for all hospital reporting both
antimicrobial resistance data and denominator data in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.1: Streptococcus pneumoniae: proportion of invasive isolates non-susceptible to penicillin (PNSP) in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5.2: Streptococcus pneumoniae: proportion of invasive isolates non-susceptible to macrolides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22
5.3: Streptococcus pneumoniae: proportion of invasive isolates with dual non-susceptibility to penicillin and macrolides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . .22
5.4: Streptococcus pneumoniae: trend of penicillin non-susceptibility by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .23
5.5: Streptococcus pneumoniae: trend of macrolides non-susceptibility by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24
5.6: Streptococcus pneumoniae: trend of dual non-susceptibility (penicillin and macrolides) by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
5.7: Distribution of serogroups and the resistance profile of S. pneumoniae isolates per serogroup in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
5.8: Staphylococcus aureus: proportion of invasive isolates resistant to meticillin (MRSA) in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29
5.9: Staphylococcus aureus: trend of meticillin-resistance (MRSA) by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30
5.10: Enterococcus faecalis: proportion of invasive isolates with high-level resistance to aminoglycosides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .32
5.11: Enterococcus faecalis: trends of high-level aminoglycoside resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33
5.12: Enterococcus faecium: proportion of invasive isolates resistant to vancomycin in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .34
5.13: Enterococcus faecium: trends of vancomycin resistance by country 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
5.14: Escherichia coli: proportion of third-generation cephalosporin resistance in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40
5.15: Escherichia coli: proportion of invasive isolates with resistance to fluoroquinolones in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.16: Escherichia coli: proportion of invasive isolates with resistance to aminoglycosides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.17: Escherichia coli: trends of aminopenicillin resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42
5.18: Escherichia coli: trends of third-generation cephalosporin resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
5.19: Escherichia coli: trends of fluoroquinolone resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
5.20: Escherichia coli: trends of aminoglycoside resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
5.21: Escherichia coli: trends of combined resistance (resistant to fluoroquinolones, third-generation cephalosporins and
aminoglycosides) by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46
5.22: Klebsiella pneumoniae: proportion of invasive isolates resistant to third-generation cephalosporins in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
5.23: Klebsiella pneumoniae: proportion of invasive isolates resistant to fluoroquinolones in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
5.24: Klebsiella pneumoniae: proportion of invasive isolates resistant to aminoglycosides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .50
5.25: Klebsiella pneumoniae: proportion of invasive isolates resistant to carbapenems in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .50
5.26: Klebsiella pneumoniae: trend of third-generation cephalosporins resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
5.27: Klebsiella pneumoniae: trend of fluoroquinolones resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
5.28: Klebsiella pneumoniae: trend of aminoglycosides resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
5.29: Klebsiella pneumoniae: trend of multiresistance (third-generation cephalosporins, fluoroquinolones and aminoglycosides) by
country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54
5.30: Pseudomonas aeruginosa: proportion of invasive isolates resistant to piperacillin±tazobactam in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
5.31: Pseudomonas aeruginosa: proportion of invasive isolates resistant to ceftazidime in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
5.32: Pseudomonas aeruginosa: proportion of invasive isolates resistant to fluoroquinolones in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
5.33: Pseudomonas aeruginosa: proportion of invasive isolates resistant to aminoglycosides in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
5.34: Pseudomonas aeruginosa: proportion of invasive isolates resistant to carbapenems in 2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.35: Pseudomonas aeruginosa: trend of piperacillin±tazobactam resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62
5.36: Pseudomonas aeruginosa: trend of ceftazidime resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63
5.37: Pseudomonas aeruginosa: trend of fluoroquinolones resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64
5.38: Pseudomonas aeruginosa: trend of aminoglycosides resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65
5.39: Pseudomonas aeruginosa: trend of carbapenems resistance by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66
5.40: Pseudomonas aeruginosa: trend of multiresistance (R to three or more antibiotic classes among piperacillin±tazobactam,
ceftazidime, fluoroquinolones, aminoglycosides and carbapenems) by country, 2006–2009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
v

SURVEILLANCE REPORT Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2009
Abbreviations and acronyms
AMR Antimicrobial resistance KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase
AmpC Ampicillinase C MIC Minimum inhibitory concentration
ARMed Antibiotic resistance surveillance and MLS Macrolide, lincosamide and streptogramin
control in the Mediterranean region
MNSP Macrolide non-susceptible S. pneumoniae
AST Antimicrobial susceptibility testing
MRSA Meticillin-resistant Staphylococcus aureus
BSAC British Society for Antimicrobial
NDM-1 New Delhi metallo-beta-lactamase 1
Chemotherapy
NRL National reference laboratories
BSI Bloodstream infections
NWGA Norwegian Working Group on
CC Clonal complex
Antimicrobials
CMY Cephamycinase
OXA Oxacillinase gene
CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute
PBP Penicillin-binding protein
CREC Third-generation cephalosporin-resistant
PCV Pneumococcal conjugate vaccine
E. coli
PNSP Penicillin-non-susceptible Streptococcus
CRKP Third-generation cephalosporin-resistant
pneumoniae
K. pneumoniae
PRSP Penicillin-resistant Streptococcus
CSF Cerebrospinal fluid
pneumoniae
DCFP Data Check and Feedback Programme
RNA Ribonucleic acid
DEFS Data Entry & Feedback Software
SeqNet European Network of Laboratories for
DG SANCO Directorate-General for Health and Sequence Based Typing of Microbial
Consumer Protection Pathogens
DIN Deutsche Industrie Norm (German) SFM Comité de l’Antibiogramme de la Société
Française de Microbiologie (French)
DNA Deoxyribonucleic acid
SIR Sensitive, intermediate, resistant
EARSS European Antimicrobial Resistance
Surveillance System SHV Sulfhydryl-variable extended-spectrum
beta-lactamase gene
EARS-Net European Antimicrobial Resistance
Surveillance Network Spa-typing S. aureus protein A-gene sequence typing
ECDC European Centre for Disease Prevention SRGA Swedish Reference Group for Antibiotics
and Control
TESSy The European Surveillance System (at
ENSP Erythromycin non-susceptible ECDC)
Streptococcus pneumoniae
TEM Temoneira extended-spectrum beta-
EU European Union lactamase gene
EQA External quality assessment UK NEQAS United Kingdom National External Quality
Assessment Scheme for Microbiology
ESAC European Surveillance of Antimicrobial
Consumption VISA Vancomycin-intermediate Staphylococcus
aureus
ESBL Extended-spectrum beta-lactamase
VIM Verona integron-encoded
ESCMID European Society of Clinical Microbiology
metallo-beta-lactamase
and Infectious Diseases
VRE Vancomycin-resistant enterococci
ESGARS ESCMID Study Group for Antimicrobial
Resistance Surveillance VREF Vancomycin-resistant Enterococcus faecalis
EUCAST European Committee on Antimicrobial VRSA Vancomycin-resistant Staphylococcus
Susceptibility Testing aureus
FREC Fluoroquinolone-resistant E. coli WHO World Health Organization
GISA Glycopeptide intermediate-resistant WHONET WHO microbiology laboratory database
Staphylococcus aureus software
GRC Commissie Richtlijnen
Gevoeligheidsbepalingen (Dutch)
ICU Intensive care unit
IMP Imipenemase
vii