anresis.ch ARCH-Vet

197 Pages·2017·8.24 MB·German

Usage of Antibiotics and
Occurrence of Antibiotic Resistance
in Bacteria from Humans and
Animals in Switzerland
Swiss
Antibiotic
Resistance
Report 2018
anresis.ch
ARCH-Vet
Publishing details
© Federal Office of Public Health FOPH
Published by the Federal Office of Public Health FOPH
Publication date: November 2018
Editors: Karin Wäfler, Division of Communicable Diseases, Federal Office of Public Health (FOPH), and Dagmar
Heim, Veterinary Medicinal Products and Antibiotics, Federal Food Safety and Veterinary Office (FSVO)
Project coordination: Adrian Heuss, advocacy ag
Design and layout: diff. Kommunikation AG, Bern
FOPH publication number: 2018-OEG-87
Source: SFBL, Distribution of Publications, CH-3003 Bern
www.bundespublikationen.admin.ch
Order number: 316.402.16eng
www.star.admin.ch
Please cite this publication as:
Federal Office of Public Health and Federal Food Safety and Veterinary Office.
Swiss Antibiotic Resistance Report 2018. Usage of Antibiotics and O ccurrence of Antibiotic Resistance in Bacteria
from Humans and Animals in Switzerland. November 2018. FOPH publication number: 2018-OEG-87.
Table of contents
1 Foreword 6
Vorwort 7
Avant-propos 8
Prefazione 9
2 Summary 12
Zusammenfassung 15
Synthèse 18
Sintesi 22
3 Introduction 26
3.1 Antibiotic resistance 26
3.2 About anresis.ch 26
3.3 About ARCH-Vet 27
3.4 Guidance for readers 28
3.5 Authors and contributions 29
4 Abbreviations 32
5 Antibacterial consumption in human medicine 36
5.1 Hospital care 36
5.2 Outpatient care 40
5.3 Discussion 44
Textbox: Antibiotic Prescriptions in Outpatient Medical Care 46
6 Sales of antimicrobials in veterinary medicine 48
6.1 Sales of antimicrobials for use in animals 48
6.2 Sales of antimicrobials for use in livestock animals 49
6.3 Sales of antimicrobials licensed for companion animals 51
6.4 Discussion 52
Textbox: Antibiotic Substances in the Water Cycle 53
Table of contents 1
7 Resistance in bacteria from human clinical isolates 56
7.1 Escherichia coli 56
Textbox: Temporal and Regional Prevalence of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae
from 2013 to 2017 in Switzerland 59
Textbox: The National Reference Center for Emerging Antibiotic Resistance (NARA) 60
7.2 Klebsiella pneumoniae 60
7.3 Pseudomonas aeruginosa 63
7.4 Acinetobacter spp. 63
Textbox: Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii from 2005 to 2016 in Switzerland. 66
7.5 Streptococcus pneumoniae 68
7.6 Enterococci 71
7.7 Staphylococcus aureus 71
Textbox: Treatment of the Tree Disease Fire Blight with Antibiotics 75
Textbox: Antibacterial Resistance in the Aquatic Environment 76
8 Resistance in zoonotic bacteria in animals from primary
production samples 80
8.1 Campylobacter spp. 80
8.2 Salmonella spp. 84
Textbox: Persistence of Quinolone and Tetracycline Resistance in Thermophilic Campylobacter from Poultry 85
Textbox: Modern Microbiological Surveillance for Antibiotic Drug Resistance 93
9 Resistance in indicator bacteria
from livestock animals 98
9.1 Enterococci 98
9.2 Escherichia coli 103
9.3 ESBL / pAmpC-producing Escherichia coli 105
9.4 Methicillin-resistant Sta phy lococcus aureus (MRSA) 110
Textbox: Mcr-1-Based Colistin Resistance: Filling Knowledge Gaps in View of the Spread
of Plasmid-Mediated Colistin Resistance in Switzerland 115
10 Resistance in bacteria isolated from meat 118
10.1 ESBL/pAmpC- and carbapenemase-producing Escherichia coli 118
10.2 MRSA in meat 120
10.3 Discussion 121
11 Resistance in bacteria from animal clinical isolates 126
11.1 Staphylococcus spp. 126
11.2 Streptococcus equi subspecies zooepidemicus 127
11.3 Escherichia coli in dogs 128
11.4 Discussion 129
2 Table of contents
12 Analysis 134
12.1 Association Between Antibiotic Consumption and Resistance in Animals and in Humans,
a One-Health Approach 134
12.2 Molecular features of Swiss methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) 138
13 Materials and methods 146
13.1 Data on antibacterial consumption in human medicine 146
13.2 Data on antimicrobial sales in veterinary medicine 147
13.3 Bacterial isolates from humans (clinical probes) 147
13.4 Bacterial isolates from animals and meat thereof 149
13.5 Susceptibility testing, breakpoints, processing antibiotic resistance data from human isolates 149
13.6 Susceptibility testing, cut-offs, breakpoints, processing antimicrobial resistance data from animal isolates 151
Annex 155
Annex I: Antibiotics with defined daily dose (DDD) and AWaRe classification according to
the WHO Essential Medicines List 156
Annex II: Distribution of minimal inhibitory concentrations (MICs) and resistance patterns in bacterial isolates
from animals and meat 159
Index 191
Figures, tables and textboxes
Table of contents 3

1
Foreword
1 Foreword
One Health is now recognized globally as a pivotal approach The Swiss Antibiotic Resistance Report 2018 integrates for
to overcoming a large number of healthcare-related prob- the first time a One-Health analysis (see Chapter 12). This
lems, especially antibiotic resistance. Just like veterinary firstly involved an evaluation of antibiotic consumption data
medicine, agriculture and environmental protection agen- in human and veterinary medicine compared with antibiotic
cies, the field of human medicine faces challenges in its ef- resistances in humans and animals. Secondly, typing data
forts to maintain the health of everyone. The World Health for methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA)
Organization’s Global Action Plan, and – for example – the from humans and animals were compared to investigate the
efforts being made by the G20 nations or the European question of whether the same “types” occur in humans as
Union, all put the One-Health approach center stage as a in animals.
way of dealing with and combating the issue of antibiotic
resistance. Future editions of the Swiss Antibiotic Resistance Report
will each take an in-depth look at a different resistant bacte-
This approach obviously has great significance in the con- rium.
text of the “Monitoring” field of activity in StAR, which can
only deliver truly meaningful information if all areas contrib- We would like to thank everyone who contributed to this
ute and cross-area analysis takes place. report for their work and hope you will find it instructive
reading.
Monitoring involves the collection of data on antibiotic re-
sistance on the one hand and data on antibiotic consumption
in human and veterinary medicine on the other. These data
provide a good overview of the situation in the various areas.
Although inappropriate use of antibiotics is known to have
an effect on the development of resistance, there is often a
time lag in recognizing the connection among other things,
and it is not apparent in every type of resistance. Obtaining
a better understanding of how resistance comes about
(what causes resistance in which bacteria and in which ar-
eas) and the paths by which it is transmitted requires analy-
sis in greater depth by an interdisciplinary team that brings
together expertise from the various areas and disciplines.
Dr. med. Daniel Koch Dr. med. vet. Joseph Schmidt
Federal Office of Public Health Federal Food Safety and
Veterinary Office
6 Foreword
1 Vorwort
One Health ist mittlerweile als massgebender Ansatz für die Im vorliegenden Swiss Antibiotic Resistance Report 2018
Bewältigung vieler Probleme im Gesundheitsbereich, im wird zum ersten Mal eine One-Health-Analyse integriert
Speziellen der Antibiotikaresistenzen, weltweit anerkannt. (siehe Kapitel 12). Dabei wurde einerseits eine vergleichen-
Gefordert ist der Humanbereich genauso wie der Tier-, der de Auswertung der Antibiotikaverbrauchsdaten in der Hu-
Landwirtschafts- und der Umweltbereich, um die Gesund- man- und Veterinärmedizin mit den Antibiotikaresistenzda-
heit aller zu erhalten. Der Global Action Plan der Weltge- ten bei Mensch und Tier durchgeführt. Andererseits wurden
sundheitsorganisation WHO und beispielsweise die An- Typisierungsdaten von Methicillin-resistenten Staphylococ-
strengungen der G20-Staaten oder der Europäischen Union cus aureus (MRSA) von Menschen und Tieren verglichen,
stellen alle den One-Health-Ansatz ins Zentrum, um das um die Frage zu klären, ob die gleichen «Typen» sowohl
Problem der Antibiotikaresistenzen und deren Bekämpfung beim Menschen als auch beim Tier vorkommen.
anzugehen.
In den nächsten Ausgaben des Swiss Antibiotic Resistance
Dieser Ansatz hat selbstverständlich auch im StAR-Hand- Report soll jeweils ein anderer resistenter Keim vertieft be-
lungsfeld «Überwachung» eine grosse Bedeutung. Die trachtet werden.
Überwachungsdaten sind erst dann wirklich aussagekräftig,
wenn alle Bereiche beitragen und eine übergreifende Analy- Wir danken allen Beteiligten des Reports für ihre Arbeit und
se erfolgt. wünschen Ihnen eine erkenntnisreiche Lektüre!
Bei der Überwachung werden zum einen Daten zu Antibio-
tikaresistenzen, zum anderen Daten zum Antibiotikaver-
brauch in der Human- und Veterinärmedizin gesammelt.
Diese Daten ermöglichen einen guten Überblick über die
Situation in den verschiedenen Bereichen.
Es ist bekannt, dass der unsachgemässe Antibiotikaeinsatz
einen Einfluss auf die Resistenzbildung hat. Jedoch ist die-
ser Zusammenhang unter anderem oft nur zeitverzögert zu
erkennen und nicht bei jeder Art von Resistenz eindeutig.
Für ein besseres Verständnis der Resistenzentstehung
(wodurch entstehen in welchen Gebieten Resistenzen bei
welchen Bakterien) und der verantwortlichen Übertragungs-
wege braucht es weitergehende Analysen durch ein inter-
disziplinäres Team, welches die Expertise aus den verschie-
denen Bereichen und Disziplinen zusammenbringt.
Dr. med. Daniel Koch Dr. med. vet. Joseph Schmidt
Bundesamt für Gesundheit Bundesamt für Lebensmittelsicherheit
und Veterinärwesen
Vorwort 7
1 Avant-propos
L’approche One Health est devenue la référence mondiale Le Swiss Antibiotic Resistance Report 2018 est le premier
pour affronter de nombreux problèmes de santé publique, rapport à intégrer une analyse One Health (voir chapitre 12).
en particulier celui de la résistance aux antibiotiques. Il s’agit Il présente, d’une part, une évaluation comparant les don-
de mobiliser la médecine humaine, la médecine vétérinaire, nées sur l’usage des antibiotiques en médecine humaine et
l’agriculture et la protection de l’environnement dans le but vétérinaire avec les données relatives à la résistance aux
de préserver la santé de tous. Cette approche est au cœur antibiotiques chez l’homme et l’animal. D’autre part, les don-
du Plan d’action mondial de l’Organisation mondiale de la nées de typage pour le Staphylococcus aureus résistant à la
santé OMS et, par exemple, des efforts déployés par les méticilline (SARM) ont été confrontées dans le but de déter-
États du G20 et l’Union européenne pour s’atteler à la pro- miner si les mêmes « types » sont présents chez l’homme
blématique de la lutte contre la résistance aux antibiotiques. et chez l’animal.
L’approche One Health occupe tout naturellement une place Les prochaines éditions du Swiss Antibiotic Resistance Re-
importante dans le champ d’action « Surveillance » de la port se pencheront chacune sur un germe résistant diffé-
stratégie Antibiorésistance. En effet, pour que les données rent.
récoltées dans ce cadre soient vraiment pertinentes, il faut
que tous les domaines participent et qu’une analyse globale Nous remercions tous les participants au rapport pour leur
soit réalisée. travail et vous souhaitons une lecture instructive.
La surveillance consiste à collecter des données relatives,
d’une part, à la résistance aux antibiotiques et, d’autre part,
à l’usage de ces produits en médecine humaine et vétéri-
naire. Ces données offrent un bon aperçu de la situation
dans les différents domaines.
Nous savons que l’usage excessif d’antibiotiques a une in-
fluence sur le développement d’une résistance. Néanmoins,
cette relation de causalité ne peut souvent être connue qu’à
posteriori et n’est pas évidente avec tous les types de résis-
tance. Afin de mieux comprendre l’apparition des résis-
tances (ce qui les provoque, où elles apparaissent et chez
quelles bactéries) ainsi que les modes de transmission res-
ponsables, de plus amples analyses sont nécessaires. Ces
dernières doivent être menées par une équipe interdiscipli-
naire, afin que les expertises issues des différents domaines
et disciplines soient mises en commun.
Dr. Daniel Koch, médecin Dr. Joseph Schmidt, vétérinaire
Office fédéral de la santé publique Office fédéral de la sécurité alimentaire
et des affaires vétérinaires
8 Avant-propos