Étude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel PDF
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Étude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss Yvan Le Bras To cite this version: Yvan Le Bras. Étude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss. Ecologie, Environnement. Université Rennes 1, 2010. Français. NNT: 2010REN1S198. tel-00620203 HAL Id: tel-00620203 https://theses.hal.science/tel-00620203 Submitted on 7 Sep 2011 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. N° d’ordre : 4238 ANNÉE 2010 THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1 sous le sceau de l’Université Européenne de Bretagne pour le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : BIOLOGIE Ecole doctorale Vie-Agronomie-Santé présentée par Yvan Le Bras préparée à l’unité de recherche UR1037 INRA, SCRIBE Station Commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement U.F.R Sciences de la Vie et de l'Environnement Etude génétique et Thèse soutenue à Rennes le 17 décembre 2010 génomique de la devant le jury composé de : Pr Marie-Dominique GALIBERT-ANNE Professeure à l'Université de Rennes 1 réponse à un UMR 6061 CNRS IGDR, Rennes / examinatrice Dr Gwenola TOSSER-KLOPP Chargée de Recherche INRA changement de UMR 444 INRA LGC, Castenet-Tolosan / rapportrice Pr Jean LAROCHE salinité chez la truite Professeur à l'Université de Brest UMR 6539 CNRS-UBO-IRD LEMAR, Brest / rapporteur Dr Viviane BOULO arc-en-ciel Cadre IFREMER UMR CNRS-IFREMER Ecolag, Montpellier / examinatrice Dr Patrick PRUNET Oncorhynchus Directeur de Recherche INRA INRA UR1037 SCRIBE, Rennes / directeur de thèse Dr Pascale LE ROY mykiss Directrice de Recherche INRA INRA UMR0598 GARen, Rennes / co-directrice de thèse N° d’ordre : 4238 ANNÉE 2010 THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1 sous le sceau de l’Université Européenne de Bretagne pour le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : BIOLOGIE Ecole doctorale Vie-Agronomie-Santé présentée par Yvan Le Bras préparée à l’unité de recherche UR1037 INRA, SCRIBE Station Commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement U.F.R Sciences de la Vie et de l'Environnement Etude génétique et Thèse soutenue à Rennes le 17 décembre 2010 génomique de la devant le jury composé de : Pr Marie-Dominique GALIBERT-ANNE Professeure à l'Université de Rennes 1 réponse à un UMR 6061 CNRS IGDR, Rennes / examinatrice Dr Gwenola TOSSER-KLOPP Chargée de Recherche INRA changement de UMR 444 INRA LGC, Castenet-Tolosan / rapportrice Pr Jean LAROCHE salinité chez la truite Professeur à l'Université de Brest UMR 6539 CNRS-UBO-IRD LEMAR, Brest / rapporteur Dr Viviane BOULO arc-en-ciel Cadre IFREMER UMR CNRS-IFREMER Ecolag, Montpellier / examinatrice Dr Patrick PRUNET Oncorhynchus Directeur de Recherche INRA INRA UR1037 SCRIBE, Rennes / directeur de thèse Dr Pascale LE ROY mykiss Directrice de Recherche INRA INRA UMR0598 GARen, Rennes / co-directrice de thèse Remerciements Je tiens tout d’abord à remercier les membres de mon jury Marie-Dominique Galibert- Anne, Vivane Boulo, Gwenola Tosser-Klopp et Jean Laroche pour avoir accepté d’évaluer ce travail de thèse. J'exprime toute ma reconnaissance à Gwenola Tosser-Klopp et Jean Laroche pour avoir accepté la lourde tâche d’être rapporteurs de ce travail. Un grand merci à Pascale Le Roy et Patrick Prunet pour m’avoir proposé ce sujet ambitieux et avoir encadré ma thèse en me laissant évoluer avec autonomie. Recherche Merci tout d'abord à l'école doctorale Vie, Agro, Santé, pour m'avoir accordé un financement MENRT en 2007 et avoir permis le bon déroulement de ce projet de thèse. Je tiens à féliciter l'engagement d' Yvan Lagadeuc et d'Annick Guyomard auprès des doctorants. Merci également à la région Bretagne et à l'Europe pour avoir financé respectivement les programmes Aquagénome et Aquafirst dans lesquels s'intègre cette thèse. Je remercie tous les scribiens pour leur accueil et les échanges que nous avons pu avoir. Merci particulièrement pour leurs conseils lors de mes débuts à Jean-Jacques, Julien et Yann. Merci à toute l’équipe adaptation, Isabelle, Violette, Violaine, Stéphanie, Claudiane et Sandrine pour leur accueil. Merci Aurélie et Jérôme pour votre participation aux expériences et ces bons moments passés en votre compagnie. Merci également Greg pour ces discussions enrichissantes et sympathiques et tous ces moments de rire. Merci à Martin, Guillaume, Thomas, Eloi pour ces grands moments vécus à Nantes. MERCI à mon autre labo d’accueil, GARen. Merci Guillaume, Olivier, Fifi, Nico, Colette, Cécile, Fred H., Fred Le Bolos, Sandrine, Christian. Merci Marion, Yuna et Xiao pour tous ces rires dans notre bureau et en dehors. Merci à tous de m’avoir si bien accueilli dans votre coin de verdure, réputé à travers tout Rennes pour servir les meilleures andouillettes de l’ouest. Ces moments passés en votre compagnie ont toujours été très enrichissants et sympathiques. Je tiens à remercier l’unité GABI et l’équipe de génétique des poissons, particulièrement Edwige et Nicolas qui ont collaboré étroitement avec nous sur ce projet de thèse et toujours de manière fort agréable. Pour leur bonne humeur, merci à Jean-Michel et Hélène pour ces moments sympathiques passés en votre compagnie à Wageningen ainsi qu’à Leipzig. Un grand MERCI aux « repro girls », Aude, Maëlla, Lucie, Vanessa et Barbara ainsi qu’à shrimpy girl. Sans vous, ces années n’auraient pas été les mêmes. Merci pour votre soutien, et tous ces petits moments de bonheur passés en votre compagnie. Merci également pour toutes ces petites recettes et autres repas partagés. Je tiens tout particulièrement à remercier Xavier, Sandrine, Guenièvre pour leur accueil et leur aide lors de mon arrivé à SCRIBE. Merci pour votre soutien et tous ces moments passés en votre compagnie à SCRIBE comme en dehors. Enseignement Je tiens à remercier Mme Jouan de l’Institut d’Etudes Européennes de Saint-Malo pour la confiance qu’elle m’a accordée et pour m’avoir laissé ma chance pour débuter dans l’enseignement dans de bonnes conditions. Je garderai pour toujours un agréable souvenir de ces lundis passés au sein des remparts de la vieille ville. J’adresse également mes remerciements à Joël Boissoles de m’avoir permis d’enseigner dans le cadre si sécurisant du monitorat pendant ces deux dernières années. Merci à Didier Pierre de son investissement dans le projet. Je n’oublie pas bien sûr les moments passés avec les autres moniteurs, particulièrement Désiré et Philippe, avec qui j’ai vécu des épisodes assez épiques. Je remercie vivement les élèves et étudiants que j’ai martyrisés ces trois années. Le retour qu’ils m’ont procuré m’a bien souvent aidé à garder le cap. Je remercie particulièrement François pour sa gentillesse et sa bonne humeur. La famille, les amis Un grand merci à tous mes amis, de m’avoir permis de décrocher de temps en temps de ce projet prenant qu’est la thèse. Je tiens à remercier ma famille qui m’a beaucoup soutenu tout au long de cette période. Merci également à touts ces enfants et éclats de rire qui ont ponctués ces années de thèse. Je pense particulièrement à Gabin, Lucien, Gaël et Maëlla. Je ne remercierai enfin jamais assez Bichoune pour m’avoir soutenu pendant ces 3 années compliquées. A Prattou, Claire, « Hier est un souvenir, demain est un mystère, aujourd’hui est un cadeau, c’est pour cela qu’on l’appelle le présent » Kung Fu Panda
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