1 CINCUENTA AÑOS DE ADN LA DOBLE HÉLICE PEDRO GARCÍA BARRENO, ED. ESPASA FÓRUM – ENSAYO y PENSAMIENTO SOCIEDAD ESTATAL DE CONMEMORACIONES CULTURALESMADRID 2003 2 Jan Cossiers (siglo XVII) - Museo del Prado, Madrid. «Behold’st thou not two shapes from the east and west Come, as two doves to one beloved nest, Twin nurslings of thee all-sustaining air On swift still wings glide down the atmosphere?» Percy Bysshe SHELLEY (Prometheus Unbound, Act I) A Francis Harry Compton Cricck Y James Dewey Watson. 3 INTRODUCCIÓN «We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose acid (D.N.A.). This structure has novel features which are of considerable biological interest». Esas palabras representan la culminación de un brillante trabajo que supuso la llave de la biología molecular y de la biotecnología. James Dewey Watson y Francis Harry Compton Crick resolvieron el rompecabezas formado por las diferentes piezas confeccionadas por diversos científicos y cuyo resultado —– A structure for deoxyribose nucleic acid— fue publicado por la revista Nature en su número 4356, correspondiente al día 25 de abril de 1953. El trabajo —conciso, comprensible y sólido— establece cuatro características incuestionadas: la molécula de ADN está formada por dos cadenas, antiparalelas, complementarias, que se enrollan sobre un eje común de simetría en una conformación en doble hélice. El trabajo concluye: «It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material» Ello despejó las dudas sobre la naturaleza del material genético, hasta entonces en pugna con las proteínas, y supuso la explosión de la genómica, la consolidación de la medicina molecular y el despegue de una industria de imprevisible futuro. Tal vez, el trabajo más influyente de la biología contemporánea. Todo ello hace que las «bodas de oro» de la «doble hélice» sean un acontecimiento celebrado por los científicos, para quienes ha supuesto una herramienta conceptual inagotable, y por la sociedad, para la que abrió las puertas a una nueva medicina y a una industria sin fronteras. La ciencia, en ocasiones, se comporta más como un péndulo que como el camino de progreso descrito, normalmente, en los libros y en los medios de comunicación. Una idea puede oscilar entre dos extremos. Una de ellas es si los genes son o no, reales. En efecto, durante los últimos 150 años, la idea de la herencia ha estado sometida a las oscilaciones de un péndulo conceptual entre un gen real y otro abstracto1. La palabra «gen» fue acuñada por Wilhelm Ludvik Johannsen, un botánico danés que presenció el cambio secular del XIX al XX. Durante los cuarenta años precedentes, Gregor [Johann] Mendel, Charles Darwin y muchos otros científicos habían propuesto teorías de cómo los rasgos hereditarios pasaban de una a otra generación. Para Mendel, el padre canónico de la genética, los caracteres —Merkmale— deberían yacer en el núcleo de la célula, pero no distinguió entre los rasgos observables y los elementos hereditarios que los producen. Para Mendel, tales elementos eran pura abstracción. Una abstracción útil para comprender los patrones de herencia. Los elementos hereditarios propuestos por Darwin fueron más tangibles. Desconocedor del trabajo de Mendel, Darwin dio a conocer su hipótesis de la pangénesis en 1868; los caracteres hereditarios eran transportados en unas partículas —gémulas— cuya gemación ocurría en todos los tejidos del organismo, siendo recolectadas en las células reproductoras donde permanecían en espera de pasar a la progenie. Al físico James Clerk Maxwell no le gustó la idea: «Algunos exponentes de la teoría —manifestó Maxwell— intentan eludir la dificultad de ubicar un mundo de maravillas en un corpúsculo tan pequeño [las gémulas] privado de una estructura definida». Algo equivalente al misticismo. __________________________________________________________________________________________ 1. Comfort, N.C. (2001) Are genes real? Natural History, 110 (5): 28-37. 4 Sin embargo, en la última década de los 1800s ni la teoría de Mendel ni la teoría de Darwin tenían influencia alguna. Mendel murió en 1884 y su publicación seguiría ignorada hasta la vuelta del siglo, y la pangénesis fue, simplemente, rechazada. Las teorías de la herencia construidas en las décadas de 1880s y 1890s, también asumieron la existencia de partículas hereditarias reales, físicas, que recibieron nombres exóticos como «ids», «bióforos» y «pangenes». Cuando los principios de Mendel, con su concienzudo tratamiento matemático de la herencia, fueron redescubiertos en 1900 el péndulo osciló hacia las teorías abstractas del gen. William Bateson, un biólogo inglés, vio en las unidades abstractas un arma útil para atacar la idea darviniana de las variaciones continuas en la naturaleza. Thomas Hunt Morgan, un joven embriólogo norteamericano siguió los pasos de Bateson. En 1903, Walter Stanborough Sutton, un citólogo de igual nacionalidad, ofreció una explicación de los principios de Mendel sugiriendo que los elementos mendelianos se localizaban en los cromosomas. Dos años después, el genetista Nettie Stevens, uno de los primeros estudiantes de Morgan, demostró que el sexo estaba asociado con un misterioso y accesorio cromosoma (cromosoma X). Morgan, sin embargo, se mostró escéptico; pero en 1910, abruptamente, tomó la dirección opuesta. Experimentos de cruzamiento revelaron que el color de los ojos se heredaba junto con un “factor” que determinaba el sexo. Los resultados de Sutton no pudieron ignorarse: color de los ojos y sexo estaban ligados por asociación con el cromosoma X. Morgan y sus discípulos hicieron a los genes, otra vez, reales. Durante los años siguientes desarrollaron los primeros mapas génicos, asignando los genes para diversos rasgos en diferentes cromosomas, y midieron la distancia entre genes en términos de la probabilidad de que dos rasgos se heredaran juntos. Para aquellos genetistas de la mosca un gen era algo parecido a un locus, un punto físico en un cromosoma. En 1922, Hermann Joseph Muller, otro de los estudiantes iniciales de Morgan, fue más lejos describiendo los genes como partículas ultramicroscópicas. Los integrantes de esta “clásica” escuela de genética ignoraron la cuestión de la composición de los genes; el interés lo centraban en qué hacían. Trabajando con el hongo Neurospora, George Wells Beadle, un genetista, y Edward Lawrie Tatum, un químico por formación, apuntaron una elegante contestación en 1941. Identificaron mutaciones genéticas que interrumpían pasos específicos en la síntesis de una molécula compleja. Conocían por los bioquímicos que cada paso metabólico está catalizado por una enzima particular; concluyeron que cada mutación noqueaba una enzima. En genética clásica los genes habían sido definidos como “cosas” que, cuando mutaban, cambiaban un rasgo: una mutación, un gen. Beadle y Tatum redefinieron la definición mostrando que un gen era «algo» en un cromosoma que especificaba una enzima: un gen, una enzima. Según el trabajo de Beadle y Tatum fue siendo aceptado, más y más científicos se fueron adhiriendo a la hipótesis de la realidad de los genes. Cuando, en 1953, James Dewey Watson y Francis Harry Compton Crick publicaron sus dos trabajos describiendo la doble hélice de ADN, el que esta molécula es el material genético era una idea ampliamente aceptada. La genialidad del modelo W-C fue que la estructura de la molécula y la estructura del gen son una y la misma cosa. Quedó establecido que un gen era una secuencia particular de subunidades nucleotídicas en las bandas del ADN (Capítulos 1 - 3). Para la mayoría de los genetistas el descubrimiento de la doble hélice zanjó, inequívocamente, el debate a favor de la realidad génica, aunque quedó algún incrédulo. Cuentan que el bioquímico ruso Vladimir Engelhardt relataba una anécdota sucedida en un encuentro con su compatriota el agrónomo Trofin Denisovich Lysenko, quién había abjurado de Mendel y de Darwin. Lysenko, ante un vial de ADN liofilizado, exclamo: «El ADN es un ácido; los ácidos son líquidos; eso es un polvo. No puede ser ADN». 5 Pero no habían pasado más de cuatro años de la publicación de Watson y Crick, cuando el suelo bioquímico se tambaleó de nuevo. Seymour Benzer, un físico reconvertido en genetista viral, de la Universidad de Purdue, propuso que existía más de un tipo de gen, y sugirió el término «cistrón» para referirse a un segmento de ADN que codifica una proteína. En esencia, el cistrón era el gen de Beadle y Tatum expresado en el lenguaje de Watson y Crick. El término hizo mella y aún se utiliza. Por su parte, «recones» y «mutones», otros tipos de gen propuestos por Benzer cayeron en el olvido. Ello sirvió, sin embargo, para que surgieran fisuras en el término monolítico de gen. Mientras tanto, un grupo de genetistas franceses, liderados por Françoise Jacob y Jacques Monod, mostró que las fronteras de los genes eran más imprecisas de lo que los biólogos habían supuesto. Primero, los genes trabajan, a menudo, en grupo; Jacob y Monod describieron el gen como un conjunto de «genes estructurales» que codifican proteínas, y «genes reguladores» que activan o silencian a aquellos en respuesta a las señales celulares. Más aún, Jacob y Monod demostraron que los genes no se restringen a los cromosomas; encontraron elementos génicos libres, denominados episomas y plásmidos, en bacterias, y que otros investigadores pronto localizaron también en los organismos superiores. Mitocondrias -las plantas intracelulares productoras de energía- en las células animales y cloroplastos en las células vegetales poseen sus propios genes, heredando sus características de manera independiente de aquellas que residen en los cromosomas. En 1967, James Shapiro, un norteamericano que en aquellas fechas trabajaba en Londres y Sankhar Adhya, de la Universidad de Wisconsin, dieron otra vuelta de tuerca: regiones del ADN bacteriano pueden separarse por sus propios medios del lugar que, normalmente, tienen asignado en el cromosoma y reinsertarse, sin ayuda alguna, en otro sitio. Llamaron a esas regiones «elementos móviles de inserción». Veinte años antes, Barbara McClintock, una brillante genetista del maíz en la Institución Carnegie de Washington, había demostrado que ciertos elementos cromosómicos —no creyó que fueran genes— podían mudarse, pero fueron Shapiro y Adhya los que primero advirtieron como se desarrollaba dicha mudanza. Diez años después, los elementos de inserción eran un acontecimiento universal. Las bacterias los utilizan para pasarse los genes que confieren resistencia a los antibióticos; una de las principales razones de que las cepas resistentes se difundan con tanta rapidez. Los elementos de inserción capacitan a los retrovirus (VIH o virus del sida, por ejemplo) para incorporar sus genes en los cromosomas hospedadores. Hacia 1980, los biólogos habían aceptado que ciertos genes se mueven, de manera rutinaria, dentro de un cromosoma y entre cromosomas; dentro de una especie y entre especies. Los genes móviles torpedearon la idea del gen como un locus en el cromosoma. Un gen pasó a ser «uno o más segmentos de ADN que especifican una proteína». El ADN es transcrito en un producto intermedio denominado ARN, que transborda el mensaje genético a los ribosomas, donde es traducido en una cadena polipeptídica. En 1977 dos grupos de investigación, uno dirigido por Richard J. Roberts en el Cold Spring Harbor Laboratory, y el otro liderado por Phillip A. Sharp en el MIT, encontraron que numerosos segmentos de ADN que constituyen un solo gen se encuentran dispersos en un cromosoma; segmentos que, una vez transcritos en un preARN serán unidos en la molécula del ARN mensajero. Más aún, esos mismos segmentos pueden reagruparse combinándose de diferentes guisas, de tal manera que «un solo gen» es capaz de producir una familia de productos: un gen, a veces, varias enzimas. Y la historia sigue complicándose. Los biólogos han encontrado genes dentro de genes, y genes que se solapan. Y, en algunos casos, la misma secuencia de ADN especifica una proteína si se lee de derecha a izquierda, y otra proteína cuando se lee de izquierda a derecha. Por su parte, en el fenómeno conocido como «edición» del ARN, un «salteador» intercepta el ARN en ruta hacia el ribosoma y lo modifica, con lo que la proteína resultante de la traducción del ARN revisado no corresponde a la 6 especificada por el ADN. En resumen, las instrucciones codificadas en el ADN no siempre alcanzan los ribosomas como una transcripción exacta. De alguna manera, aunque se ha validado la realidad del gen, éste, de nuevo, se parece más a un ideal. Poco debe sorprender que algunos, como el historiador y filósofo de la biología Evelyn Fox Séller, hayan propuesto revisar el término gen y sustituirlo por otro que exprese mejor el dinamismo de los cromosomas. El ADN no está formado por unidades discretas con bordes nítidos; lo está por secuencias que metamorfosean, reptan y se reciclan (Capítulos 4 – 6). El péndulo sigue su movimiento oscilatorio. De la mano de la secuencia del genoma, uno de los temas más candentes de la actualidad es la utilización de chips de ADN para obtener fotos panorámicas de la actividad de los diferentes genes en una célula. El investigador puede observar, de una tacada, qué genes se activan en una situación determinada. Es una herramienta poderosa y con un prometedor futuro en biología del desarrollo, en medicina — diagnóstico y predicción— y en el descubrimiento de nuevos fármacos. También, las particularidades del genoma permiten identificar sus «huellas dactilares» y bucear en la evolución de la especie humana. Todo ello de la mano de potentes herramientas de computación. Por su parte, los chips de ADN, de nuevo, hacen reales a los genes al imponer fronteras nítidas entre ellos. Y el péndulo completa otra oscilación. El siguiente movimiento ofrecerá, sin duda, nuevos conocimientos (Capítulos 7 – 14). Deseo agradecer a la Sociedad Estatal de Conmemoraciones Culturales, y especialmente a su director Luis Miguel Enciso Recio, su disposición para sumarse a las diferentes iniciativas que, las distintas instituciones científicas de todo el mundo, han organizado para celebrar los “cincuenta años de ADN”. Una acción explicitada en la edición, de la mano de Editorial Espasa Calpe, S. A., de este libro. Mi cordial gratitud y sincero afecto a los autores —Begoña Aguado, Ángel Carracedo, José A. Melero, Francisco Montero, Lluis Montoliú, Andrés Moya, Emilio Muñoz, Juan Ortín, José M Sánchez Ron, Eugenio Santos, Eduardo Úrculo y Alfonso Valencia—, quienes respondieron con prontitud a la llamada para sumarse a esta iniciativa. Gratitud que hago extensiva a Dolores Cruz, editora. Y, ante todo, nuestro reconocimiento y felicitación a Francis Harry Compton Crick y a James Dewey Watson, por su biscincuentenario. Pedro García Barreno Madrid, Navidades 2002 PAZ y BIEN 7 Watson y Crick delante del modelo del ADN (En: James D. Watson, The Double Helix. A Personal Account of the Discovery of the Structure of DNA. A Signet Book – The New American Library, New York 1969). 8 2 SENDERO DE ADN Pedro García Barreno ____________________________________________________________ LOS CIMIENTOS QUÍMICOS Hacia 1820, hidratos de carbono, grasas y proteínas habían sido reconocidos como distintos ingredientes de los organismos vivos. Habrían de pasar cincuenta años antes de que Miescher identificara un cuarto componente. Friedrich Miescher nació, en 1844, en Basilea, en cuya universidad estudió medicina. Su formación como químico tuvo lugar en el laboratorio de Felix Hoppe-Seyler, en la Universidad de Tübingen. Su intención fue estudiar la química del núcleo celular, para lo que necesitó células ricas en «núcleo» y pobres en «citoplasma»: leucocitos. Miescher obtuvo leucocitos a partir del pus de heridas infectadas. Lavaba los vendajes con sulfato sódico para separar las células, eliminando la grasa con alcohol caliente y disolviendo las células con ácido hidroclorhídrico diluido; ello precipitaba los núcleos, de los que eliminaba las proteínas mediante digestión con un extracto de estómago porcino (rico en la enzima proteolítica pepsina). Cuando los núcleos así purificados eran disueltos en álcali diluido y luego neutralizado, se obtenía un precipitado floculante. Este material, que Miescher denominó «nucleína», contenía 14% nitrógeno, 6% fosfato y 2% azufre, además de carbono, hidrógeno y oxígeno. El contenido de nitrógeno era similar al de las proteínas, y el contenido de fosfato al de la lecitina, un fosfolípido que acababa de descubrirse. Dado que nitrógeno y fosfato parecía que estaban presentes en la misma sustancia, Miescher concluyó que «es muy probable que tengamos una sustancia sui generis, no comparable a cualquier otro grupo hasta ahora conocido»1. La composición elemental sugiere que las primeras preparaciones de nucleína fueron una mezcla de diferentes componentes. Con todo, el estudio de Miescher de 1869 —publicado en 1871— representa la primera preparación conocida del material que llegaría a conocerse como «ácido desoxirribonucleico» (ADN). Miescher intuyó que debería tratarse de una molécula de gran tamaño, y que en el esperma de salmón aparecía formando un complejo con una proteína básica que denominó «protamina». El trabajo de Friedrich Miescher había demostrado que un constituyente principal del núcleo celular era una molécula acídica que contiene nitrógeno y fósforo; sin embargo, la caracterización de este material correspondió al trabajo de otro discípulo de Hoppe-Seyler, Albrecht Kossel. Karl Martin Leonhard Albrecht Kossel nació en 1853, en Rostock (FIGURA 1). Concluidos sus estudios en medicina, sus trabajos iniciales (1879-1880) se centraron en la nucleína de levadura, que no se asocia con proteína. Demostró que este material contiene las bases nitrogenadas xantina e hipoxantina descritas a principios del s XIX y de las que se conocía su relación con el ácido úrico. Otro compuesto similar, guanina, había sido aislada del núcleo del esperma. Pocos años después, Kossel descubrió un cuarto componente nitrogenado que denominó adenina. 1.-Lagerkvist U. (1998) DNA pioneers and their legacy. Yale University Press, ISBN 0-300-07184-1. En: www.fmi.ch/members/marilyn.vaccaro/ewww/dna.pioner.excerpt.htm (acceso: dic 02). 9 Figura 1. Albrecht Kossel (1853–1927) Las estructuras de tales compuestos fueron determinadas por Hermann Emil Fischer entre 1881 y 1898. Fischer demostró que guanina, xantina, hipoxantina y adenina, así como cafeína y ácido úrico, derivaban, todas ellas, de una molécula parental común que denominó «purina». En reconocimiento de su trabajo sobre la síntesis de azúcares y de purinas, Fischer fue galardonado con el Premio Nobel de Química 1902. En 1889, Richard Altmann demostró que la nucleína era un complejo formado por proteína y un compuesto rico en fosfato que denominó ácido nucleico. Y a principios de los 1890s Kossel, tras separar las bases púricas del ácido nucleico, encontró dos nuevos componentes nitrogenados a los que llamó timina y citosina; compuestos más simples — constan de un solo anillo— que pertenecen a una clase de moléculas conocidas como pirimidinas. Un tercer componente del ácido nucleico —tras la identificación de las bases nitrogenadas y del fosfato— fue un azúcar, que Kossel aisló del ácido nucleico de levadura en 1893. El tercero de los grandes químicos que se ocuparon del ácido nucleico fue Phoebus Aaron Theodor Levene, nacido en 1869, en Sabor, Rusia. Estudió fisiología con Ivan Pavlov y química con Alexander Borodin. En 1891 emigró a EE.UU., iniciando, en 1896, su trabajo con los ácidos nucleicos. En aquellos días estaba bien documentado que tales sustancias constaban de cuatro tipos diferentes de componentes: bases púricas, bases pirimidínicas, azúcar y ácido fosfórico. Se habían identificado cuatro bases púricas —guanina, adenina, xantina e hipoxantina— pero pronto de comprobó que las dos últimas no formaban parte de los ácidos nucleicos. También se conocían tres bases pirimidínicas: timina, citosina y uracilo. Las investigaciones iniciales de Levene arrancaron de su creencia de que los ácidos nucleicos jugaban un papel importante en el desarrollo y en la regeneración de los tejidos. En 1899 escribió que «los nucleoproteidos son la clave para comprender como el organismo repara su desgaste». Si estaba en lo cierto, los diferentes tejidos deberían contener ácidos nucleicos diferentes; con esa idea, comenzó a analizar ácidos nucleicos procedentes de diferentes tejidos y diferentes organismos. En 1901 apareció la primera de una serie de doce publicaciones: Preparación y análisis de diferentes ácidos nucleicos2. Si la variación en la composición de bases se debía a diferencias específicas de los tejidos o era mero artefacto experimental, fue la gran pregunta. Para 1907 Levene había abandonado su investigación, concluyendo que las proteínas nucleares y no los ácidos nucleicos eran las responsables de las funciones del núcleo en la herencia y en el desarrollo. Sin embargo, no perdió su interés por los ácidos nucleicos, concentrándose en determinar sus estructuras. 2.-The Rockefeller Archive Center. En: www.rockefeller.edu/archive.ctr/ (acceso: dic 02). 10 Levene aprendió a hidrolizar ácidos nucleicos en unidades más simples, compuestas por una sola base. Estos bloques estaban formados por la base, fosfato y azúcar, siendo este último una pentosa (D-ribosa). Levene acuñó el término «mononucleotidos» para este nuevo tipo de compuestos, sugiriendo que los ácidos nucleicos complejos eran «polinucleotidos». Levene completó la primera estructura de un ácido nucleico en 1909. Tal estructura fue confirmada, quince años después, por Alexander R. Todd, quién recibiría el Premio Nobel de Química 1957 por su trabajo sobre los nucleótidos y coenzimas nucleotídicas (FIGURA 2). Figura 2. (Izq.) Estructura del ADN propuesta por P. Levene y S. Tipson. Muestra un esqueleto de azúcar-fosfato, fruto de enlaces fosfodiéster, al que se anclan, vía de las pentosas, las bases nitrogenadas (Modificada de: J Biol Chem 109: 625, 1935). (Dcha.) Fragmento de ADN tal como fue imaginado por el grupo de Alexander Todd, en 1951. Los engarces internucleotídicos eran enlaces fosfodiéster. A Todd y cols., como químicos, les interesaba la forma en que se unían los átomos; la disposición tridimensional de ellos era un problema de los cristalógrafos (Modificada de: JD Watson, The Double Helix, pg 40). EL MECANISMO DE LA HERENCIA Johann Mendel nació en 1822, en Heinzendorf, Silesia austriaca. Entró en el monasterio de Santo Tomás, en Brünn (actual Brno), como novicio tomando el nombre de Gregor. Brünn era el centro cultural y científico de Moravia. La mayoría de los monjes enseñaban en el Gymnasium de Brünn y muchos de ellos alcanzaron puestos universitarios. La investigación científica, en particular sobre hibridación de plantas, era una actividad común en el monasterio. El currículo de Mendel no auguraba un genio científico —en 1856 no fue capaz de concluir los exámenes de profesor de física e historia natural en la Real Escuela Superior— cuando inició el programa de experimentos de hibridación con plantas, que le aportaría fama inmortal como fundador de la genética. Mendel quiso estudiar la estabilidad de las especies mediante la observación de los caracteres heredados por la progenie híbrida de varias cepas de plantas. Utilizó guisantes porque producen híbridos fértiles, se cultivan con facilidad y tienen un tiempo de generación relativamente breve. Durante ocho años estudió 34 variedades de tres especies. Variedades que diferían en siete caracteres: perfil y color de la envoltura de la semilla, color del endospermo, forma y color de la vaina, posición de la flor y longitud del tallo. Mendel realizó
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