Centre Inra Bordeaux-Aquitaine Nos faits marquants 2014

64 Pages·2015·7.89 MB·French

Nos faits marquants 2014
Centre Inra Bordeaux-Aquitaine
Membre fondateur de
Conception, réalisation : Mission communication Inra Bordeaux-Aquitaine
Rédaction : Unités de recherche, unités expérimentales, services déconcentrés d’appui à la recherche du centre Inra Bordeaux-Aquitaine et UCPC Inra
© Inra / mars 2015
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La recherche agronomique est au carrefour d’enjeux mondiaux et locaux
dans les champs de l’alimentation, de l’agriculture et de l’environnement.
Répondre à l’exigence d’une agriculture durable, productive et de qualité,
anticiper les effets du changement climatique sur les systèmes vivants
et accompagner le développement des nouvelles énergies renouvelables
issues de la chimie verte, sont autant de problématiques qui questionnent le
citoyen, et interpellent légitimement notre Institut, acteur de la recherche
publique.
À l’échelle régionale, nos recherches déployées dans les champs de la
biologie, de l’écologie, mais aussi de la nutrition animale et humaine,
tentent de répondre à ces enjeux. L’ensemble de notre dispositif de
recherche et d’expérimentation est ainsi tourné vers cette ambition et
inscrit son action dans de nombreux projets conduits avec nos partenaires
académiques et socio-économiques.
Ce recueil qui met en lumière la diversité de nos missions, illustre notre
dynamisme scientifique et rend tangible notre investissement au quotidien
pour une science utile et partagée, au bénéfice de tous.
Hubert de Rochambeau
Président de centre Inra Bordeaux-Aquitaine
Délégué régional Inra
[email protected]
+ D’INFOS
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SOMMAIRE
Produire des connaissances - p5
• Les arbres plus efficaces que les buissons pour lutter contre l’érosion éolienne des sols - p6
• Les saumons recolonisent les zones nouvellement reconnectées dans les rivières du bassin de l’Adour - p8
• Pourquoi le cerveau a-t-il besoin des oméga 3 ? - p10
• De l’intérêt d’une approche métabolomique pour comprendre la régulation de la biosynthèse de trichothécènes B chez Fusarium
graminearum - p12
• Le phosphore : une ressource limitée et un enjeu planétaire pour l’agriculture du 21ème siècle - p14
• Décryptage des trois étapes de l’invasion de la cochenille du pin maritime Matsucoccus feytaudi, responsable du dépérissement de son
arbre hôte dans le sud-est et en Corse - p17
• La programmation nutritionnelle, une approche prometteuse pour améliorer l’utilisation des nouveaux aliments chez la truite - p19
• Colloque anniversaire des 20 ans du GIS Coop - p21
• Le changement climatique affecte la sélection sexuelle chez les truites - p23
• Un partenariat CIRAD - Inra durable sur la génétique de l’eucalyptus - p26
• Premières preuves expérimentales d’un service de régulation des insectes ravageurs forestiers par les chauves-souris - p28
• La présence de deux nouveaux virus de vigne identifiés en France - p 30
• Face au réchauffement, cultiver le Champignon de Paris, même à 25°C - p32
• Jeu minimal de gènes pour réaliser la synthèse de protéines - p34
Concevoir des innovations - p36
• Des marqueurs génétiques pour garantir la traçabilité des bois de chêne de tonnellerie - p37
• Simulation de l’érosion éolienne en présence de végétation - p39
• Mise en service d’une serre de confinement Haute Performance Energétique, projet-pilote en développement durable à l’Inra - p41
• Un nouveau modèle de culture in vitro pour étudier la maturation et le métabolisme du raisin - p43
• Des outils mis à disposition de la communauté scientifique pour l’aide à la décision - p 45
Construire des partenariats scientifiques et institutionnels - p47
• Nutrition et santé du cerveau : Création d’un laboratoire International Associé OptiNutriBrain - p48
• L’Inra et le Conseil régional d’Aquitaine signent une convention pluriannuelle de partenariat pour renforcer les capacités de recherche, de
formation et d’innovation - p49
• Inauguration de deux infrastructures de recherche et d’innovation au service des filières Forêt-bois en Aquitaine - p51

Prix et distinctions - p53
• Michel Mench. Phytomanagement de sites contaminés : des déterminants moléculaires à l’écologie de la restauration - p54
• Lisa Wingate, Lauréate du Laurier Jeune Chercheur de l’Inra 2014 - p56
Participer au dialogue science-société - p58
• « Le poisson à la loupe». Journée portes ouvertes de l’Aquapôle de Saint-Pée-sur Nivelle - p59
• « L’appel des bois… Des recherches pour une gestion durable des forêts » . Journées portes ouvertes Campus Forêt-Bois de Pierroton - p61
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Produire des connaissances
Les arbres plus efficaces que les buissons pour lutter
Centre
contre l’érosion éolienne des sols
Bordeaux-Aquitaine
Résumé
UMR ISPA La revégétalisation des sols est une méthode courante pour limiter l’érosion éolienne dans
Interactions sol plante les régions arides. En renouvelant la manière de modéliser l’érosion éolienne en présence de
atmosphère
végétation, des chercheurs de l’Inra et du CNRS ont montré que les arbres sont plus efficaces que
les buissons pour réduire l’érosion éolienne des sols. Le modèle développé représente un outil
CONTACT
prometteur pour quantifier l’érosion éolienne des régions semi-arides, à l’origine de nombreuses
Sylvain Dupont
[email protected] problématiques environnementales. Ces travaux ont été publiés dans le Journal of Geophysical
Research Earth Surface en février 2014.
© Brigitte Cauvin/ Inra
L’érosion éolienne des sols correspond à l’entrainement de grains de sable par le vent
(saltation) et à l’émission de poussières dans l’atmosphère par impact de ces grains avec le sol.
La saltation peut endommager les cultures par abrasion, ensevelissement ou déracinement, et
former des dunes de sable en zones désertiques. L’émission de poussières diminue localement
la fertilité des sols agricoles, et impacte globalement la formation des nuages et le bilan radiatif
terrestre. Ces poussières atmosphériques ont aussi des conséquences sanitaires liées à leur
inhalation par les êtres humains, à la propagation d’agents potentiellement pathogènes et à la
dispersion de polluants. La revégétalisation des sols est une méthode courante pour réduire
l’érosion éolienne de régions sujettes à la désertification, mais son efficacité suivant le type de
végétation et leur arrangement n’est pas encore bien connu. De plus, les modèles actuels de
quantification de l’érosion éolienne sont peu adaptés aux surfaces végétales éparses en raison
de leur représentation grossière du vent.
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Produire des
connaissances
Un modèle numérique renouvelle la modélisation de l’érosion
en présence de végétation

Des chercheurs de l’Inra et du CNRS ont développé de manière originale une modélisation
de la saltation d’un sol en reproduisant l’interaction complète entre le mouvement de
plusieurs millions de grains de sable et le vent instantané, et leurs interactions avec le sol et
la végétation.
Une première version de ce modèle sans végétation avait déjà été élaborée par ces mêmes
auteurs qui avaient reproduit les banderoles de grains de sable oscillant à la surface d’une
plage par vent fort.

En incluant la végétation dans cette deuxième version du modèle, ils ont montré qu’à
superficie égale, les arbres sont plus efficaces que les buissons pour réduire l’érosion éolienne.
Bien que les buissons piègent les particules en saltation, les arbres induisent une réduction
de vent à plus grande échelle que le simple effet protecteur local des buissons. La réduction
de l’érosion éolienne apparait par ailleurs fortement dépendante de l’arrangement de la
végétation par rapport à la direction du vent.

Une première étape pour quantifier l’érosion éolienne des sols
des régions semi-arides

Les régions semi-arides représentent une source importante de poussières pour l’atmosphère.
Contrairement aux régions désertiques, ces régions sont caractérisées par une végétation
clairsemée saisonnière. Ces recherches permettront de mieux quantifier les émissions de
poussières issues de ces régions. Ceci est d’autant plus important que la perte en fertilité
des sols agricoles de ces régions devrait s’accentuer dans les années à venir sous l’effet
combiné du changement climatique et de la modification de l’usage des sols liée aux activités
© Brigitte Cauvin/ Inra humaines. Ces régions sont en effet des zones de transition climatique notamment en termes
d’amplitude et de fréquence des précipitations qui affectent le couvert végétal des surfaces,
et donc l’érosion éolienne du sol. Elles sont aussi soumises à une croissance importante de
la population conduisant à des changements radicaux dans les usages des terres comme
l’extension et l’intensification des zones cultivées.
RÉFÉRENCE SCIENTIFIQUE
S. Dupont, G. Bergametti, and S. Simoëns, Modeling Aeolian erosion in presence
of vegetation. Journal of Geophysical Research Earth Surface, Vol. 119, pp168-187,
7 DOI:10.1002/2013JF002875, February 2014.
Produire des
connaissances
Les saumons recolonisent les zones nouvellement
Centre
reconnectées dans les rivières du bassin de l’Adour
Bordeaux-Aquitaine
Résumé
UMR ECOBIOP Des chercheurs de l’Inra, de l’Université Laval à Québec, du CIRAD et de l’Université de Pau et des
Écologie comportementale et Pays de l’Adour ont étudié l’impact de l’aménagement de dispositifs permettant aux saumons de
biologie des populations de
franchir les barrages hydroélectriques et de recoloniser les zones nouvellement reconnectées dans
poissons
le bassin de l’Adour. Ils ont montré grâce à des outils de génétique des populations que les sources
CONTACT de recolonisation sont très probablement les secteurs aval des obstacles aménagés et que la perte
Philippe Gaudin de diversité génétique est faible lors de la recolonisation des zones à nouveau disponibles. Ces
Philippe [email protected]
résultats laissent entrevoir un fort potentiel évolutif des populations nouvellement formées.
© BEALL Edward / Inra
Restauration de la libre circulation des poissons migrateurs

La restauration et la maintenance de la connectivité des habitats aquatiques sont des
préoccupations majeures pour les rivières sur lesquelles ont été installés de nombreux barrages
hydroélectriques. En effet, les espèces migratrices comme le saumon atlantique, qui après
être né en rivière, migre en mer pour grandir puis remonte en rivière pour se reproduire, sont
mises en péril notamment par la présence d’ouvrages qui entravent leur libre circulation.
Plusieurs procédés permettent de rétablir cette bonne circulation, comme le démantèlement
des barrages ou l’aménagement de passes permettant aux poissons de franchir les ouvrages.
Des installations de ce type ont été mises en place durant les dernières décennies sur plusieurs
barrages du bassin de l’Adour. Elles ont permis la remontée et la reproduction de saumons
sur des zones anciennement colonisées et nouvellement reconnectées.

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Produire des
connaissances
La génétique pour le suivi de la recolonisation des poissons migrateurs

Les chercheurs ont utilisé des marqueurs génétiques pour déterminer l’origine des individus
recolonisant les zones récemment reconnectées. Ils ont prélevé des morceaux de nageoires sur
près de 1 000 jeunes saumons à différents points en aval et en amont de barrages récemment
aménagés afin d’analyser leur ADN.
Les résultats ont montré que les saumons de la Nive, de la Nivelle et des Gaves sont
génétiquement différenciés. Sur la base de ces résultats, les chercheurs ont pu montrer que les
saumons qui recolonisent de façon spontanée les zones récemment reconnectées du bassin
de l’Adour proviennent très probablement de zones relativement proches, situées à l’aval
immédiat des obstacles.

Pérennité des nouvelles populations

Les auteurs de ce travail ont également constaté que le niveau de diversité génétique des
saumons échantillonnés en amont des obstacles ne présente pas de diminution significative
par rapport aux saumons prélevés en aval. Ces résultats suggèrent que les dispositifs de
franchissement sont non sélectifs et suffisamment efficaces pour qu’il n’y ait pas une
réduction artificielle de la diversité génétique des saumons dans les zones situées en amont.
Du point de vue de la pérennité de la recolonisation, le maintien d’un haut niveau de diversité
génétique est une condition essentielle pour le maintien d’un potentiel évolutif adéquat au
sein de ces nouvelles populations. Des opérations de suivi démographique sont également
mises en œuvre afin de déterminer la productivité des nouvelles populations et le caractère
pérenne ou non de la recolonisation. Les meilleures zones de production de saumon se
trouvant dans les eaux froides et courantes localisées en amont des rivières, il y a fort à
parier que la recolonisation de ces zones à la suite de l’aménagement ou de l’effacement des
barrages permettra un regain à long terme de la productivité des populations de saumon.
Cette étude est donc très encourageante, car elle atteste de l’efficacité de l’aménagement
et du démantèlement de certains obstacles hydrauliques pour faciliter ou restaurer la libre
© THIBAULT Max / Inra
circulation des poissons migrateurs, essentielle à leur cycle de vie.
RÉFÉRENCE SCIENTIFIQUE
Perrier, C., Le Gentil, J., Ravigné, V., Gaudin, P. & Salvado, J.-C. (2014), Origins and
genetic diversity among Atlantic salmon recolonizing upstream areas of a large South
European river following restoration of connectivity and stocking, Conservation Genetics,
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1–15. doi:10.1007/s10592-014-0602-3
Produire des
connaissances
Pourquoi le cerveau a-t-il besoin des oméga 3 ?
Centre
Bordeaux-Aquitaine
Résumé
UMR NUTRINEURO Oméga 3, oméga 6 : comment agissent les acides gras polyinsaturés (AGPI) sur le cerveau ?
Nutrition et neurobiologie Sophie Layé, directrice Inra de l’unité Nutrition et Neurobiologie Intégrée (Inra, Université de
intégrée
Bordeaux) et Richard Bazinet, professeur à l’Université de Toronto font un point sur l’état des
connaissances scientifiques et médicales du fonctionnement de ces AGPI dans le cerveau normal
CONTACT
et pathologique. Publiée dans Nature Reviews Neuroscience le 12 novembre 2014, cette synthèse
Sophie Layé
[email protected] aborde également les nouvelles pistes pour comprendre comment ces lipides protègent des troubles
neuropsychiatriques et des maladies neurodégénératives.
© Inra
Thon, sardine, maquereau et tous les poissons gras en général mais aussi les huiles de noix,
de soja, etc. sont les principales sources d’oméga 3, des acides gras polyinsaturés (AGPI).
Dans le cerveau, les principales formes d’AGPI sont l’acide docosahéxaénoïque (DHA) pour
la famille oméga 3 et l’acide arachidonique (AA) pour la famille oméga 6. Ces lipides sont
issus de précurseurs fournis exclusivement par l’alimentation qui parviennent au cerveau
par le sang. Si DHA et AA sont peu utilisés comme source d’énergie dans le cerveau, ces
lipides et leurs dérivés sont impliqués dans un certain nombre de processus comme la
neurotransmission, la survie des cellules, la neuro-inflammation et par conséquent agissent
sur l’humeur et la cognition.

Des apports essentiels pendant la période périnatale

Chez l’animal de laboratoire, une carence en oméga 3 pendant le développement embryonnaire
et la période de lactation altère le système immunitaire cérébral et la plasticité du cerveau.
10 C’est ce que révèlent pour la première fois dans une récente étude des chercheurs de l’unité
Nutrition et Neurobiologie Intégrée, NutriNeuro (Inra, Université de Bordeaux). Au cours
Produire des du développement, le rôle des AGPI est particulièrement important du fait de leur agrégation
connaissances